Rafaela Ybarra Arambarri de Vilallonga urodziła się w Bilbao 16 stycznia 1843 r. w zamożnej rodzinie należącej do klasy wyższej. Jej chrzest odbył się w jej lokalnym kościele parafialnym 17 stycznia, a błogosławiona została ochrzczona jako „Rafaela María de la Luz Estefanía de Ybarra i Arambarri". Jej rodzicami byli Gabriel Ybarra i Maria del Rosario de Arambarri.

W jedenastym roku życia przystąpiła do pierwszej Komunii Świętej i wtedy to już rozmiłowała się w nabożeństwie do Męki Pańskiej. Nauki pobierała w domu, potem w Bayonne, we Francji.

W 1861 r. wyszła za mąż za zamożnego Józefa de Vilallonga. Przez 37 lat małżeństwa wypełniała dom pogodą, usłużnością i wyrozumiałością. Urodziła siedmioro dzieci, z których jednak dwoje zmarło przedwcześnie, a krzyżem jednego z pozostałych okazała się ciężka choroba.

W 1890 r. zdecydowała z mężem wyrzec się pożycia małżeńskiego. Za zgodą swego kierownika duchownego złożyła wtedy śluby czystości, ubóstwa i posłuszeństwa, przy czym to ostatnie praktykowała wobec jednej ze swych służących. Można powiedzieć, że we własnym domu stała się zakonnicą.

Wspierała równocześnie szpitale, przytułki i inne kościelne instytucje. Szczególne współczucie okazywała dziewczętom, które jej zdaniem wystawione były w świecie na rozmaite niebezpieczeństwa. Dla nich to w Bilbao ufundowała przytułek pod wezwaniem Świętej Rodziny.

Rafała przeszła ciężką chorobę podczas pobytu w Paryżu i została uzdrowiona podczas podróży do Lourdes. W tym samym czasie jednak zaczęła się fala nieszczęść. Wpierw zmarła jej matka (24 września 1883 r.), jej ojciec 10 sierpnia 1890 r., a jej mąż 7 maja 1898 r.

Przedwczesna śmierć jej siostry Marii de Rosario skłoniła ją do wychowania i opieki nad na wpół osieroconymi siostrzeńcami, z których jednym był późniejszy baskijski językoznawca Julio Urquijo Ibarra.

Vilallonga promowała szereg instytucji działających na rzecz kobiet i dziewcząt w Bilbao.

8 grudnia 1894 r. - wraz z trzema innymi towarzyszkami - złożyła uroczyste przyrzeczenie, że zostanie matką i wychowawcą wszystkich biednych dzieci w Bilbao.

Z myślą o nich założyła potem zgromadzenie, które oddała w opiekę aniołom stróżom: Sorores ab Angelis Custodibus. Aprobatę papieską otrzymało ono w 1914 r. Kiedy owdowiała w 1898 r., sama chciała do tego zgromadzenia wstąpić, ale już nie zdążyła.

Spracowana i trawiona ukrytą chorobą, zmarła 23 lutego 1900 r.

Jan Paweł II beatyfikował ją w 1984 r.