Nadat Coby klaar was met haar reis door Johto, besluit ze om naar Sinnoh te gaan. Op het schip komt ze Anna tegen, een Pokémon Coördinator uit Hoenn en haar Plusle. Ze besluiten om hun reis samen te beginnen, maar die gaat heel anders dan dat ze eigenlijk hadden verwacht...…
Als Coby 10 jaar wordt, begint ze meteen met haar avontuur als trainer. Samen met haar partner Charmander reist ze heel Kanto door, om alle badges te verzamelen en uiteindelijk de league te verslaan. Maar op haar weg wordt ze door veel dingen gehinderd. En dan is er ook nog de criminele groep Team Rocket, die Pokémon van anderen stelen. Zal het Coby lukken om Team Rocket te verslaan en Pokémon kampioen te worden?…