Cơ chế giải phẫu-hình thái: Nhiều đặc điểm riêng của cây trồng về giải phẫu-hình thái đã tạo tính kháng đối với sự xâm nhập của vật gây bệnh. Đây là nhóm cơ chế quan trọng của miễn dịch thụ động. Các đặc điểm giải phẫu-hình thái có liên quan đến tính kháng bệnh của cây là: độ dày của lớp biểu bì, lớp sáp, đặc điểm phủ lông tơ ở lá, cấu tạo lớp bần, số lượng lỗ khí khổng và hình dạng lỗ khí khổng, đặc điểm nở hoa, hình dạng chung bên ngoài,... Lớp biểu bì lá dày ở các loài cây hoàng liên Berberis spp. làm cho chúng có tính kháng bệnh gỉ sắt thân do nấm P. graminis gây ra. Những giống lúa mì khi phơi màu mà hoa nở kín thì bị bệnh than đen hạt nhẹ hơn giống hoa nở mở. Giống khoai tây có bụi rậm rạp lá bị bệnh mốc sương do P. infestans nặng hơn giống có ít lá và lá dựng thẳng (Cheremisinov, 1973).  

-Cơ chế chức năng-sinh lý:Tính kháng bệnh được hình thành ở đây là do những đặc điểm riêng về chức năng hoặc sinh lý của cây trồng. Trong nhóm cơ chế này, có ý nghĩa thực sự là sự hoạt động mở của lỗ khí khổng, sự tạo thành sẹo khi có vết thương cơ giới, đặc điểm trao đổi chất, đặc điểm nảy mầm của hạt giống,...

Hoạt động mở của lỗ khí khổng ở các giống cây trồng có ý nghĩa lớn đối với một số nấm và vi khuẩn chỉ xâm nhiễm qua lỗ khí khổng của lá. Lỗ khí khổng ở các giống lúa mì kháng bệnh gỉ sắt do nấm P. graminis f. tritici vào buổi sáng thường mở chậm nên những sợi nấm mọc từ các hạ bào từ bị khô không thể xâm nhập vào trong lá được. Tính kháng bệnh thối vòng do C. sepedonicum của khoai tây liên quan tới sự tích luỹ chất glucoza trong cây. Trong trao đổi chất, những giống cây trồng có quá trình tổng hợp mạnh hơn quá trình phân giải thì sẽ biểu hiện tính kháng các vi sinh vật gây bệnh cao hơn (Cheremisinov, 1973). 

-Cơ chế hóa học:Tính kháng bệnh hại của cây trồng được hình thành do độ axít của dịch tế bào và sự tạo thành các chất như anthxian, phenol, glucozit, fitonxit,... cản trở sự lây lan của vật gây bệnh trong mô cây trồng. Tính kháng bệnh sương mai do P. viticola của các giống nho liên quan tới độ axít của dịch tế bào. Hàm lượng các axít tự do trong giống kháng bệnh (6,2-10,3%) cao hơn trong các giống nhiễm bệnh (0,5-1,9%). Chất solanin trong củ khoai tây liên quan tới tính kháng bệnh mốc sương do P. infestans. Các loài khoai tây dại và giống khoai tây kháng bệnh này có hàm lượng chất solanin trong củ cao hơn nhiều so với trong các giống nhiễm bệnh (Cheremisinov, 1973).

+Vết hoại tử bảo vệ:Một phản ứng tích cực của cây trồng đối với sự xâm nhập của vật gây bệnh là sự hình thành các vết hoại tử hay tự chết từng phần mô, sự hóa bần các tế bào mô xung quanh vết thương. Trong phạm vi vết hoại tử, vật ký sinh không thể tồn tại được. Giống lúa mì kháng bệnh gỉ sắt thường tạo thành vết hoại tử ở nơi các sợi nấm xâm nhập vào mô cây (Cheremisinov, 1973).

+Hình thành kháng độc tố và hoạt hóa men:Nhiều nghiên cứu hóa sinh chỉ ra rằng các quá trình hoạt động của men oxi hóa càng mạnh thì giống cây trồng càng thể hiện tính kháng bệnh cao hơn. Dưới ảnh hưởng của độc tố do nấm B. cinerea tiết ra, hoạt tính của men oxi hóa trong giống bắp cải kháng bệnh thối ướt biểu hiện rất rõ và làm tê liệt hoạt tính của độc tố do nấm gây bệnh tiết ra. Điều này không có được ở giống bắp cải nhiễm bệnh thối ướt do nấm B. cinerea (Cheremisinov, 1973).

-Hiện tượng thực bào:Chất nguyên sinh trong tế bào thực vật sống có khả năng tạo ra các thể chống lại vi khuẩn gây bệnh và tiêu diệt chúng khi chúng xâm nhập vào tế bào. Nhân tế bào thực vật đôi khi cũng tiêu diệt vi khuẩn lạ ở trong tế bào. Đây gọi là hiện tượng thực bào (Iachevxkii, 1935). Một số tế bào trong cây ký chủ có khả năng tiêu diệt từng phần sợi nấm gây bệnh (chỉ với nấm ký sinh trong). Những tế bào thực vật có khả năng tiêu diệt vi khuẩn hay một phấn sợi nấm gây bệnh gọi là thể thực bào (phagoxit). Thể thực bào không thể loại trừ được hoàn toàn nấm gây bệnh, chỉ hạn chế sự phát triển của chúng. Cây ký chủ sau đó trở nên miễn dịch đối với sự xâm nhập lần khác của loài nấm này.