Dùng giống kháng sâu bệnh vừa cho hiệu quả kinh tế cao, ít tốn kém chi phí, dễ áp dụng trong các điều kiện, các hoàn cảnh, mọi trình độ sản xuất. Sử dụng giống kháng sâu bệnh phù hợp với nguyên lý IPM, góp phần làm giảm đáng kể việc sử dụng thuốc hóa học BVTV, tránh ô nhiễm môi trường, bảo vệ thiên địch, góp phần xây dựng nông nghiệp bền vững và sản xuất nông sản an toàn.

Tuy nhiên, không phải cây trồng nào cũng có giống kháng sâu bệnh. Giống cây trồng kháng với sâu bệnh này nhưng không kháng với sâu bệnh khác. Chưa có những giống cây trồng cùng kháng nhiều loài sâu bệnh. Giống lúa CR-203 kháng rầy nâu, nhưng nhiễm bệnh khô vằn, rầy lưng trắng. Giống bông lá nhẵn kháng sâu xanh nhưng lại nhiễm nhện đỏ son, rệp muội, rầy xanh hai chấm. Khó kết hợp đặc tính kháng sâu bệnh với đặc tính nông học tốt. Các giống kháng sâu bệnh thường chỉ có năng suất ở mức khá. Việc dùng giống kháng sâu bệnh thì dễ, nhưng tạo ra một giống kháng sâu bệnh phải mất thời gian khá dài. Tạo giống lúa mì kháng sâu bệnh phải mất 15-20 năm. Sử dụng giống kháng sâu bệnh rộng rãi làm xuất hiện biotyp/nòi mới của sâu hại hoặc của vật gây bệnh và dẫn tới giống cây trồng bị mất tính kháng. Đây là hạn chế lớn nhất đối với biện pháp sử dụng giống kháng sâu bệnh