Hace años atrás, en la noche de Halloween donde Wilbur Wonka en ese entonces dejo claro lo que pensaba de los dulces a su joven hijo Willy, tras retirarse a su oficina, se da cuenta que ha recibido una señal de vida extraterrestre por medio de su vieja radio conectada a un telescopio que envía ondas hacia fuera de la Tierra. Pasando los días, el dentista continuo teniendo contacto desde su bastante lejano planeta con la raza que se hace llamar los Vermicious Knids.

Un día, le ofrecen deshacerse de todos los dulces de la Tierra, a cambio de colonizarla para ellos, usando su inteligencia para debilitar la atmosfera de la tierra. Por más que en ese entonces haya odiado los dulces, Wilbur niega tal magnicidio. El mismo día más tarde, Willy se rebela contra él diciendo que quiere ser chocolatero. Tras una discusión, su hijo se va de la casa. Sin embargo, pronto los problemas regresan cuando los Vermicious Knids continúan amenazando con invadir, cortando el dentista la comunicación. Sabiendo que podrían venir tras él, decide exiliarse a la fría tundra, moviendo su casa con los arneses mecánicos conectados bajo ella como patas de araña. Al regresar al negársele viajar, Willy se da cuenta que su hogar ya no está.

Varios años después, como dos años después de lo sucedido en la Gran Conspiración, Charlie y sus nuevos amigos han estado trabajando y ayudando en la fábrica cada vez que pueden hacerlo. Esto mismo ha generado que no solo los lazos entre Charlie y Violeta aumenten, sino que haya mayor productividad diversificada en cada área respectiva de la gira original, reemplazando Jacob a Miguel en la Sala de Televisión. A punto de iniciar las vacaciones de Halloween, Veruca con su padre ha estado explorando Zimbabue, Augusto y su familia acaban de ganar Master Chef Alemania, patrocinada por Wonka, Violeta ha ganado con oro bajo la modalidad de gimnasia en los recientes Juegos Olímpicos, de regreso en Kenia, Jacob ha terminado de ayudar a su comunidad másai, en la India, los Oompa Loompas han estado terminando de construir un nuevo palacio, ahora de chocolate que nunca se derrite, para el príncipe Pondicherry.

Sin embargo, surge un pequeño problema cuando accidentalmente cinco Oompa Loompas quedan atrapados en una esquina a punto de caer en chocolate hirviendo gracias a una grúa cuyo sistema empezó a fallar, más que todo, gracias a la inesperada intervención de los envidiosos granjeros Boggis, Bunce y Bean. Afortunadamente, habiendo hecho trabajo de inspección externo y ayudando físicamente en lo posible, Charlie rápidamente planea una pequeña operación de rescate, luchando a su vez con el trio. Pese a pequeñas complicaciones, resulta ser exitosa, derrotando a los granjeros además, justo a tiempo antes de la inauguración del nuevo palacio con un agradecido príncipe.

Tras la inauguración del nuevo palacio, y haber visto el noticiero del hecho varias veces frente a sus jóvenes acompañantes para cierta incomodidad suya, Wonka les muestra una de sus más recientes invenciones aún en construcción inspirada en su viaje al desierto del Sahara tras Oompalandia gracias al gran ascensor de cristal; el Desierto de Postres, un gran desierto hecho de migas de galletas de vainilla, lleno de animales hechos de dulce típicos de un desierto, dunas de arena chocolatada, un oasis de batido de arándano frio, geiseres de refresco, pirámides de chocolate, una esfinge de vainilla y arenas movedizas de caramelo.

Haciendo un poco de sandboarding feliz, teniendo Charlie y Violeta un pequeño momento incomodo al terminar accidentalmente ella encima suyo, llegando al propio ascensor. Antes de partir, depositando la arena dulce en una de sus manos como aperitivo dulce, Willy les enseña que los desiertos no son páramos sin vida, pueden albergar vida, secretos y muchas fuentes de inspiración, como simbolizar humildad, purificación y la eternidad, como soledad, el abandono y la desolación, junto a una oportunidad para reflexionar en un mundo de pura imaginación, palabras que los dejan un poco confundidos.

Antes de retirarse de la sala, Willy le pide a Charlie hablar en privado. En su oficina, sabiendo que pronto será un adulto, y que por tanto algún día podría comprometerse, además de darle su apoyo en su aparente como posible nueva relación con Violeta, algo que incomoda a Charlie, le muestra una clausula opcional junto a la ropa de una posible futura señora Bucket, aunque solo consigue que Charlie se incomode más. Antes de retirarse, Willy le rebela que de hecho una vez hace mucho tiempo estuvo enamorado, pero tuvo que dejar ir a esa persona por su errónea creencia de ese entonces que no sería exitoso si tendría familia.

Pese a que disfruta de la compañía de Charlie junto a su familia y amigos en la fábrica, internamente Willy ha empezado a sentir un sentimiento de soledad que no sabe cómo explicarlo ni siquiera a Roy, su Oompa Loompa de más confianza como psicólogo y amigo personal, como si algo más le faltara. Teniendo una relación bastante cercana, Charlie no puede terminar de comprender que le ocurre cada vez que Violeta está cerca suyo, mientras está siempre ha sentido algo por él por más que lo haya ocultado a simple vista.

Queriendo despejar su mente, bajo una identidad falsa, Willy acepta acompañar a Charlie a una reunión de padres con el como representante suyo, curioso también por conocer a su directora. Al solo presenciar a Jenny, Wonka no solo está impresionado por su apariencia, sino que parecen conocerse de alguna parte, volviendo a sentir algo que nunca antes pensó que podría sentir nuevamente por otra persona, al punto de ni siquiera poder pronunciar palabras delante suyo.

Eso mismo hace que Willy se pregunte si podría vivir una vida normal, al no estar seguro si a Jenny le gustaría hablar al respecto, como vivir en la fábrica junto a todo lo que contiene, pudiendo ser demasiado para ella. Lo mismo le pasa a Charlie al ver a Violeta, teniendo dudas si podría haberse enamorado de ella desde su cambio de actitud, o si solo es amor hacia una hermana lo que siente. En su habitación, Miranda ha estado experimentando con ondas espaciales en su afán de contactar vida extraterrestre.

Acercándose la festividad de Halloween, armando los Oompa Loompas una pequeña fiesta en la fábrica con decoraciones respectivas, surge un problema cuando una ardilla gigante fuera de control ataca todo lo que se le pone en su camino sin importar si es aliado o enemigo. Poniéndose a la acción Charlie y Willy para detenerla, una pelea se desata por casi toda la fábrica, uniéndose los demás chicos. Lo extraño se vuelve más extraño cuando los chicos empiezan a manifestar habilidades inusuales, como Violeta no pudiendo recibir daño y estirar su cuerpo como un chicle, Augusto pudiendo crear armas de chocolate de su cuerpo, y Jacob con la habilidad de tele transportarse y crear portales donde sea. Sometida la gran ardilla gracias a eso, pese a la dificultad de sus usuarios por presentárseles por primera vez, para su horrible sorpresa resulta ser Veruca.

Conducida al hospital de marionetas, despertando sin recordar nada, por un análisis de sangre, Wonka descubre que las habilidades desarrolladas por los chicos son efectos secundarios de sus experiencias en la gira. Preocupados, Charlie pregunta si puede curarlos, respondiendo Willy que sí, pero que tardara tiempo, pidiendo por favor que en el internado no llamen la atención y oculten sus habilidades cuando regresen. A su vez, las desapariciones inesperadas de Charlie y amigos en los recesos han causado ciertas sospechas en Miranda esos dos años, sabiendo que "Highmore" oculta algo. Las sospechas de la joven de lentes aumentan cuando los chicos tienen ciertos problemas en clases para controlar sus nuevas habilidades, solo contenidas por la intervención oculta de Charlie gracias a pasarles caramelos especialmente hechos para aliviar sus síntomas, temporalmente.

Habiendo estado bien las cosas entre él y sus amigos desde que quedaron atrapados en el centro de la tierra, en secreto, Charlie ha tenido miedo de perder esas amistades, teniendo en cuenta lo caótico y sangriento que en cierta forma fue su pasado conflicto, especialmente con Violeta. Por su lado, Jacob y Veruca han tenido ciertas dudas sobre si iniciar una relación o no, en base a que no deciden si lo que sienten es real o solo producto de lo sucedido hace dos años. Con los chicos esperando controlar sus nuevas habilidades para no causar problemas accidentales en el internado, regresando a su habitación ahora compartida con Jacob y Augusto, Charlie es incómodamente interrogado por Miranda tras ser interceptado.

Sabiendo lo de su pasado conflicto con sus compañeros, tratando de manipularlo palabra por palabra para hacerlo confesar lo que oculta, es rescatado por una nueva presencia que casi nadie esperaba volver a ver en el lugar; la hija adoptiva de la maestra Honey, Matilda. Habiendo regresado de una especie de gira mundial por varios países en clubes de ciencia y debate, su presencia desata alarmas entre Violeta, Augusto y Veruca, notándolo Charlie, como cierto gusto en Marvin por volver a verla después de tantos años. Sin embargo, Matilda está más intrigada por Peter que por otra cosa en su regreso. En casa, aun pensando en ello, Matilda se pone al día con su madrastra Jenny.

Esa noche, teniendo temor de regresar a ser como era antes, además de sentir mucho remordimiento por sus pasadas acciones, desatado por la re aparición de Matilda, como su nueva forma de ardilla gigante, Veruca ha estado teniendo pesadillas al respecto. Sintiéndola inquieta Violeta al tampoco ella poder dormir por lo que siempre ha sentido por Charlie, incluido su primer beso, deciden acurrucarse juntas, contándose lo que les sucede, aunque la rubia con más dificultad por no haberlo expresado nunca antes. Veruca rebela que ya lo sospechaba, aunque no lo adivino como piensa Beauregarde, rebelando que solo se lo dijo esa vez para molestarla, desde el principio por su actitud de no querer hacerle daño de gravedad y que la ayudara a ser más femenina al creer que a Charlie le gusta eso.

Eso mismo causa que al día siguiente la joven británica le dé un nuevo look a la joven estadounidense, presentándose vestida de cuero en una reunión con los demás, dejando realmente impactado al joven heredero que ni sabe cómo reaccionar, siendo una situación bastante incómoda para ambos. Además es interrumpida por un nuevo incidente de los chicos pudiendo desatar sus nuevas habilidades. Cerca, Miranda continua espiando con sus propios artefactos, topándose sin querer Marvin con ella, solo diciéndole que no entiende el por qué su obsesión, insinuando aun así que podría ayudarla, rechazándolo ella. Seguido a eso, Marvin trata de coquetear con Violeta para fastidiar a Charlie. Mientras tanto, trabajando en las curas de los chicos, no pudiendo concentrarse al saber que Jenny está cerca suyo, Willy habla con Roy al respecto de lo que aún podría sentir por Jenny, habiéndole parecido imposible que pudiera haberse enamorado nuevamente.

En la tarde, pensando en donde ha visto la cara de Highmore antes, al no poder mirar por la gran cantidad de libros que lleva, como pensando en si realmente pudieran haber cambiado sus viejos enemigos desde que se fue, Matilda tiene un encuentro accidental con Miranda en la biblioteca, que pronto se transforma en un gran regaño hacia ella. La joven se disculpa, sin embargo, nota algo que le parece conocido al llamarla Miranda gusano. Terminado el largo regaño hacia ella, Matilda no puede evitar recordar a cierta persona que por mucho tiempo ha tratado de olvidar; Tronchatoro.

Ayudándola Marvin a su estilo a recoger los libros, presenciándose más de cerca nuevamente, Matilda sigue sintiéndose incomoda ante su presencia y su actitud patanesca de playboy. Ya en casa, Matilda intenta preguntarle a Jenny sobre si había alguien más relacionado a su ex directora, la terrible Tronchatoro, de la que no se sabe nada desde que la derroco años atrás. Quedándose literalmente helada de la pregunta, la joven prefiere dejar el tema de lado por el momento hasta que vea que su madrastra esta lista para responderle. En el espacio exterior, tras años de no haber tenido contacto con la Tierra, los Vermicious Knids han captado la onda enviada por Miranda.

Intrigado por lo que Matilda pueda ocultar respecto a su relación con Violeta y Veruca, ayudado de Augusto y Jacob que también tienen curiosidad, moviéndose por los tejados, Charlie en la noche se infiltra en el hogar Honey dentro del internado. En sueños, Matilda recuerda la ocasión de su infancia donde logro rescatar a la muñeca de Jennifer de Tronchatoro, solo para verse encerrada en su sótano a su completa merced. Siempre despertando con miedo y gritando aterrorizada, con su madre adoptiva tranquilizándola. Con la retirada de su madrastra, Matilda decide averiguar dónde ha visto antes la cara de "Peter" al saber que no puede dormir, además de aun pensar en el keniano. Ojeando por la puerta, Charlie se queda realmente impresionado al ver la telepatía de Matilda en acción.

Producto de eso, sin querer se golpea la rodilla, llamando la atención de la joven. Sin embargo, Charlie logra escapar tras previamente encerrarse en el clóset de artículos de aseo antes que las Honey se den cuenta quien es, moviéndose posteriormente por el tejado de la residencia de las chicas, además de refugiarlo Violeta que previamente lo había visto moverse, causando un momento incomodo en ambos por estar accidentalmente sus labios muy cerca del otro, dándose su primer beso. Avergonzados completamente, Charlie se retira de la misma forma que vino sin decir nada. En su planeta, el bastante lejano a muchos años luz en un sistema solar con una estrella muerta, Vermes, los Vermicious Knids informan a su rey que han recuperado contacto con la tierra, sonriendo malvadamente para terminar lo que quería iniciar hace años.

Al otro día, Charlie y Violeta no quieren hablar de lo ocurrido la noche anterior, avergonzándolos profundamente para misterio de los demás. Terminando de unir todas las pistas y evidencias que han recolectado en un mapa mental, tanto Matilda como Miranda por separado finalmente descubren que Peter Highmore no existe y que en realidad es una persona que nunca imaginaron conocer; Charlie Bucket, para alegría de la primera y cólera de la segunda. Hablando finalmente Charlie y Violeta cara a cara durante un receso, el joven no tiene otra opción que finalmente confesarle su verdadera identidad, a cambio que le cuente lo que ocurrió con sus ahora amigos, únicamente expresando que algunas cosas quizá no se arreglen.

En la fábrica, continuando avanzando con antídotos para los jóvenes, Willy también ha estado trabajando en su máxima creación; el Everlasting-Vite, un dulce que rejuvenece a la persona hasta una edad preferida a medida que se mastique, teniendo ciertas dudas sobre si sacarlo a la venta o no por el peligro que representa. Sin embargo sus recuerdos y pensamientos diversos sobre Jenny no lo dejan trabajar tranquilo. En una estación espacial, los Vermicious Knids arriban, acabando con la vida de los astronautas residentes, consumiendo sus cuerpos, además de usarlos como base parasitaria, fijando la Luna como su objetivo para establecer una base segura para iniciar su invasión a la tierra. Haciendo un análisis rápido de la tecnología del planeta al hackear el servidor del transbordador, descubren que Willy Wonka es la persona más inteligente del planeta por encima de Bruce Wayne. Además de su clara relación con cierto dentista, descubriendo su reciente invento, a su rey desde su planeta natal se le ocurre una gran cómo macabra idea para apurar la invasión del único planeta que le falto conquistar.

Pensando en las palabras de Matilda, a Charlie se le ocurre una idea; invitar a Matilda y Jenny a la inauguración de otros de los locos proyectos de Wonka; el Hotel Wonka en la mismísima Luna, planeando su inauguración el día anterior a Halloween. Hablando con su mentor en la fábrica, notando sus nervios cuando menciona a su directora, similar a como pasaba cuando mencionaban a padres o familia, Willy no está seguro si hacerlo al saber que pone en parte en peligro la seguridad de su fábrica y residentes Oompa Loompas con más personas de las que ya saben que existe en el lugar. Sin embargo, también sabe que no podrá evitar a Jenny para siempre, además, lo ve como una oportunidad para probar su Everlasting-Vite en los cultivos del hotel, habiéndole reportado Roy que se han secado repentinamente.

Finalmente, pensándolo y sabiendo que debe enfrentar el pasado y no recluirse como sucedió con su padre, Willy finalmente acepta la presencia de ambas en el nuevo edificio. Comentándole posteriormente a sus compañeros la idea, Violeta y Veruca no están tan seguras de que la idea funcione. Espiando a Charlie y amigos por medio de micrófonos instalados fuera de su residencia, Miranda se entera de lo dialogado, dándole una gran cómo maliciosa idea de cómo sabotear a Wonka desde dentro, para ello necesitando la ayuda de cierto cretino, y podría decirse, mejor amigo sin saberlo, Marvin.

Llegado el día de la inauguración pre inicial del Hotel Wonka, esperándolos Willy y Charlie detrás del internado para transportarlos a todos en una versión mejorada y ampliada del ascensor de cristal, los invitados empiezan a llegar. En medio de la llegada de los presentes, Charlie trata de sacar información a Willy sobre su probable pasado con Jenny, solo respondiendo que a veces las cosas entre los adultos se complican más de lo esperado. Primero llega Violeta con un disfraz de Raven de los Teen Titans, aun negándose a hablar con Charlie sobre su beso inesperado, notando Wonka su extraño comportamiento distante. Segundo llega Augusto vestido como Cartman de South Park, aclarando que solo viste así por ser su personaje favorito y no por aprobar sus acciones. Terceros llegan Jacob y Veruca, el primero vestido como un guerrero nubio y la segunda como bailarina. Las últimas en llegar son Jenny y Matilda, sin disfraz. Aunque, en realidad eso es culpa de Augusto por no avisarles. De solo ver a Matilda, a Willy le parece conocido su rostro de alguna parte.

Sin saberlo, habiendo estado esperando escondidos, Miranda y Marvin logran infiltrarse en el ascensor para sorpresa de todos. Habiendo una discusión en camino a la luna, cuando Wonka intenta llevar el ascensor lo suficientemente alto como para ir al hotel, accidentalmente entra en órbita. Wonka los atraca en el hotel espacial vacío. Dándoles Willy bocadillos a los invitados, para su horror, muy pronto se dan cuenta que está infestado de las criaturas extraterrestres que Charlie y Willy jamás quisieron conocer en su vida; los temibles como viciosos Vermicious Knids, peligrosos seres ajenos a la Tierra cambia formas, no pudiendo creerlo los demás.

No pudiendo hacer nada para dañarlos los chicos por su cuerpo transparente, empezando a fallar misteriosamente la telepatía de Matilda, las criaturas hurtan el Everlasting-Vite, no sin antes dispararle a Wonka con él, aparentemente desintegrándolo. Llorando los demás chicos su perdida al haber ido todo bastante bien entre ellos los dos años transcurridos, Wonka los regaña diciendo que no está muerto. Sin embargo, le ocurrió algo igual de grave; ha vuelto a ser un niño.

Atrapados en el hotel espacial, con el ascensor destruido, sin comunicaciones, y complicándose aún más por ser Willy un niño ahora, Wonka dice que hay una serie de ascensores en el sótano del lugar como salidas de emergencia. El problema radica en no saber si los Vermicious Knids habrán llegado aún a ese lugar. Sin más que perder, y pese a lo peligroso que será el camino, los chicos aceptan ir, acompañándolos Matilda y Jenny de mala gana como con ciertas dudas, como Miranda y Marvin de mala gana.

En el camino, Charlie y Willy relatan que, sabiéndolo gracias a lo que Wilbur les conto al visitarlo esa Nochebuena, más estudios previos que realizo respecto al espacio exterior en su búsqueda de sabores exóticos para sus dulces antes de encontrar Loompalandia, los Vermicious Knids son los responsables de exterminar la vida en todos los planetas del sistema solar como langostas que consumen todo a su paso, a excepción de la Tierra por siempre haber contado con una atmosfera bastante resistente para sus frágiles cuerpos. Lo único que deben averiguar es por que cayeron en la luna. A Matilda le cuesta trabajo comprender y procesar toda esa información, como todo lo que ha visto hasta ahora.

Viendo que todos están hambrientos, no habiendo resultado la nueva gira como lo planeado, Wonka los lleva a una habitación sin puerta tipo jardín inglés de hermosas flores inusuales similar al cuarto de chocolate de la fábrica en la tierra, con una gran mesa llena de todo tipo de alimentos salados, no habiendo llegado aún los Vermicious Knids ahí; el Jardín de Perry Plume. Pasando a sentarse a comer, descansar y aprovisionarse, continuando quejándose Miranda de cualquier cosa, como Marvin en coquetear a las chicas para su desagrado, especialmente Violeta para fastidiar a Charlie, como con Matilda para su molestia.

Avistando Veruca una especie de luciérnaga rosa, dándole la razón Jenny, presentándose en las ortigas luces rosas brillantes entre las hojas. Wonka explica que son las Hadas de Perry Plume, hadas nativas del espacio exterior, habiéndolas rescatado unos Oompa Loompas de una de las chimeneas del sitio, siendo tímidas y asustándose con facilidad. Fascinado por su belleza, Marvin sale de la mesa para intentar coquetear con las hadas. En el mismo instante, Veruca ve que a lo lejos hay otra criatura, atrapada entre las hermosas flores, dándole asco a Miranda. Acompañándola Jacob, descubren que es una curiosa criatura voladora, similar a un elefante de la tierra, pero sin colmillos de menor tamaño, y que va impulsada por el aire al no tener pies. Ayudándolo a salir, tras comunicarse mentalmente con él, sintiendo un gran vinculo, lo llaman Cosmofante.

Dándose cuenta Charlie de su ausencia en la mesa, implorándole Willy que no fastidie a las hadas, no haciendo caso Marvin al creer que les está gustando. No teniendo resultado que Marvin regrese a la mesa frente a los implores de los demás, Charlie decide confrontarlo para que no haga ninguna tontería. Resultado de ello, además de un forcejeo con Marvin, termina roseado de las bocas de las hadas de una niebla purpurea. Tratando Prune de capturar a las hadas, suspendido en pleno aire por la niebla, dándose cuenta que puede controlarla a voluntad, una batalla pronto se desata contra sus forzados compañeros, que ya pueden controlar un poco mejor sus habilidades, extrañamente estabilizadas, a excepción de Jenny y Miranda, no importándole a ella.

Comprendiendo mejor sus habilidades, pese a lo complicado que resultar ser dañar a Marvin, empezando a fallar la telepatía de Matilda nuevamente, la batalla se detiene cuando Marvin queda mudo, saliendo una especie de salpullido por todo el cuerpo, desmallándose. Siendo pasas lo que sale de su cuerpo, Wonka expresa que deberían cosecharlo de una vez, debiendo enterrarlo en la tierra artificial. Matilda y Jenny no pueden evitar horrorizarse, calmándose al ver que dio resultado y Marvin ya volvió a la normalidad tras salir de la tierra.

Ahora poseyendo muchos puntos alrededor de su cuerpo, Marvin se disculpa por su actitud, prometiendo cambiar. Sin más que hacer, el camino debe continuar. Sabiendo el rey Vermicious Knid que Wonka y su grupo podrían sabotear sus planes, y que quizá sus tropas no serían las suficientes, revisando el historial humano del planeta, encuentra a la persona más peligrosa para enviarla al hotel. Revisando al Cosmofante, Wonka recuerda que sus padres son mucho más grandes, y que quizá el espécimen se extravió durante una tormenta espacial. A pesar de poseer propiedades eléctricas, no es suficiente para volver a hacer funcionar todo el hotel. En privado, Miranda está empezando a reconsiderar sus posturas, al ver como todos trabajaron como una amistosa unidad.

En su aislada cabaña, habiéndose puesto en forma tras oír los rumores que Matilda está vulnerable, Tronchatoro recibe la visita de un representante de los Vermicious Knids resguardado por dos guardias, usando los cuerpos de los astronautas que asesinaron. Dándole piedras hermosas de su planeta como paga para que maté a Wonka y los jóvenes, la fornida mujer las rechaza y responde que solo le interesa decapitar con sus manos a Matilda, ni siquiera importándole todo el dinero del mundo. No haciéndose problemas, la criatura rebela que ella está justo ahora con Wonka y los otros en su hotel en la luna, dándole el equipo necesario para atacarlos.

Minutos después dentro de su hogar, Tronchatoro modifica un poco el equipo al saber las habilidades de su enemiga. Al terminar, se siente finalmente lista para cobrar venganza. Producto de su aislamiento, la mujer investigo mucho sobre como su enemiga pudo recuperar la muñeca de Jenny sin tocarla. El fruto de su malvado esfuerzo es el descubrir lo que hace poderosa a Matilda, su inusual telepatía.

Conociéndose Marvin con Augusto y Jacob, prefiriendo Matilda aún estar lejos de él. Violeta finalmente se acerca Charlie para hablar, prefiriendo Charlie expresar que solo fue un simple impulso por los nervios del momento, para cierta decepción de Violeta. El grupo llega a una habitación de filas y filas de tuberías volteadas en forma de caramelo salidas del suelo que expulsan algo similar a azúcar pero que no lo es, vibrando el suelo todo el tiempo. Wonka explica que es el cuarto del Polvo Manchado, una de las numerosas atracciones planeadas para el hotel, aún en construcción.

Con curiosidad, los chicos preguntan que hace exactamente, respondiendo Willy que sirve para ayudar con pistas a los chicos en exámenes o trabajos importantes, advirtiendo que nadie se adentre a la habitación bajo el suelo que alimenta las tuberías al considerarlas peligrosas y que sería mejor que pasen de largo. Escuchando eso, Miranda se pone furiosa, al considerar que eso sería hacer trampa, queriendo destruir la maquinaria debajo de sus pies. Tratando todos de razonar con ella, Miranda rebela que odia a Wonka por haber despedido a sus padres hace años de su fábrica, y aunque Willy intenta hacerle entender que fue porque eran espías de Slugworth, logra entrar al cuarto debajo, siguiéndole solo Charlie y Matilda el rastro al atracarse la puerta, dejando a los demás sin poder hacer nada al no identificar el sistema de seguridad la mano de Wonka al ser un niño.

Dentro del cuarto, Charlie y Matilda realmente se sorprenden al ver que es más grande lo que parece, lleno de engranajes, ruedas y cadenas dando vueltas al parecer sin fin. Encontrando rápidamente a Miranda al moverse con cuidado en el lugar, no tienen más opción que luchar contra ella al negarse a escucharlos, poniendo de pretexto todas sus mentiras al descubierto. Usando Piker vidrios y lo que encuentre como armas a la distancia a la vez que destruye las partes del lugar, Matilda es la que más fácil la lleva gracias a su telepatía con el que puede redirigir los ataques de Miranda, hasta que empieza a fallar nuevamente, complicándosele más a Charlie asestarle no solo gracias a su gran velocidad, sino por fastidiarlo respecto a su relación con Violeta.

En el cuarto de abajo, viendo que separados no conseguirán nada, Charlie y Matilda deciden trabajar en equipo contra Miranda; para ello, Matilda la distrae mientras Charlie se moviliza con mucho cuidado por el lugar para emboscarla por detrás. A pesar de que la sabelotodo se da cuenta de la presencia de Bucket, resulta que ha caído en su trampa al lanzar Matilda al verdadero gracias a su telepatía regresada, aunque fallando al último segundo por sus fallas, habiendo sido el otro una copia. Forcejeando a punto de caer por una tubería llena de vidrios, Charlie logra salvar a Miranda de una muerte segura.

Habiendo visto su vida pasar delante de sus ojos producto de su tontería, además de soltarse a llorar por primera vez en mucho tiempo, Miranda confiesa que nunca ha sabido como divertirse gracias a sus padres tan estrictos, ni siquiera sabiendo que le gusta o gustaría hacer en realidad. Comprendiéndola Charlie y Matilda, mencionando para alegarla que lo sucedido fue divertido en realidad, riendo los tres, por primera vez Piker. Los demás logran ingresar presenciando la escena con un poco de confusión. De vuelta en el piso de arriba, Miranda se disculpa con Wonka y los demás, prometiendo que si regresan nunca más será la sabelotodo mandona que conocían. Aceptando Willy su disculpa, pese a fingir que no al principio como alivio cómico, logran huir justo a tiempo cuando los Vermicious Knids se presentan en su búsqueda, empezando a fallar nuevamente la telepatía de Matilda.

Continuando su camino, Miranda se abre con Matilda, rebelando lo que sospechaba; su conexión con Tronchatoro al haberla educado en su duro sistema, como el hecho que no tiene padres y ella es la única figura materna que conoce. Preguntándose los demás quien es la tal Tronchatoro, Matilda relata su historia, haciéndole recordar a Willy que también ha escuchado sobre sus locuras, rebelando Jacob que también fue otra víctima suya, dejando impactado a todos las crueldades de esa mujer. En el centro de la tierra, moviéndose tranquilamente por el aire como chocolate líquido, Wilbur no puede evitar notar extraños destellos en la superficie como cometas, temiendo que uno de sus mayores temores del pasado se haya hecho realidad.

Queriendo saber la verdad detrás de lo que paso entre Jenny y Willy, Charlie en privado se lo pregunta. Sin más opción que rebelarlo, Willy rebela que se conocieron cuando iniciaba sus primeros días de chocolatero. Su relación inicialmente fue bien, pero con el paso del tiempo, más que nada por la adicción de Wonka al trabajo, se distanciaron. Incluso programaron una boda, de la cuál Willy la planto al no sentirse listo para ser padre y esposo. Escuchándolo Veruca y Violeta, no pueden evitar enojarse con él y reclamarle por que la dejo sola con esa malvada mujer. Willy responde que no ha habido día en que no se arrepienta de ello por su errado concepto de familia de aquel entonces. Escuchándolo Jenny a escondidas, empezando a replantearse si aún siente algo por él, sobre todo al ver cómo ha sacrificado su vida por esos chicos, una gran explosión ocurre, develando al demonio en persona.

Matilda y Jenny no pueden creerlo, la persona con la que más han temido reencontrarse ahora está delante suyo. Tronchatoro expresa con una verdadera sonrisa diabólica que ha esperado mucho por volver a verlas para vengarse. Sin entender los demás que ocurre exactamente, la fornida mujer se lanza al ataque de la joven, amenazando que matara a cualquiera que intente detenerla. Sin dudarlo, Charlie y los demás se lanzan para proteger a Matilda, siendo rápidamente superados por la gran fuerza bruta de la mujer.

No es hasta que Wilbur aparece que logra ponerle un alto al no poder dañarlo físicamente por su cuerpo de chocolate, expulsándola hacia el espacio exterior. Atacándolo Matilda, Marvin y Miranda al no conocerlo y creer que es otro horror espacial, se tranquilizan al explicarles los demás quien es. Wilbur explica que llego gracias al chamán Muuma Luumba, justo a tiempo al presentir que estaban en problemas, sorprendiéndose al ver niño de nuevo a su hijo, como a Matilda por también parecerle familiar su rostro de alguna parte.

Aún con dudas del por qué Matilda ha estado perdiendo sus poderes, sabiendo que, por más que uno se lave los dientes, siempre quedan residuos de comida, Wilbur revisa a Matilda con sus propias manos de chocolate, para cierta incomodidad de la joven. Gracias a ese detalle, analizando Charlie y Willy la muestra obtenida en una máquina, finalmente se descubre que la perdida de telepatía de Matilda se debe a su consumo respecto a productos Wonka; Willy teoriza que la madre de la joven pudo consumir una barra de chocolate o un producto alterado que no se verifico antes de salir a la venta, y de ahí la joven obtuvo sus poderes, similar a lo que ocurre ahora con los demás.

Pero eso no es todo, sino que Jenny es su verdadera madre, y por tanto, Willy su padre, al no haber tenido relaciones con ninguna otra persona tras su separación. No pudiendo creerlo todos, Miranda dice que había notado ciertas similitudes faciales entre ambos desde hace tiempo. Producto del shock, Jenny rebela que hace tiempo tuvo una perdida, y probablemente Troncha Toro dio a Matilda a sus falsos padres. Aislándose al no poder terminar de comprender que estaba más relacionado con ellos de lo que imagino, Marvin le hace compañía. Estando a solas, Marvin le confiesa que la ha echado de menos pese a no demostrarlo. Entrando los demás chicos para hacerle compañía, finalmente se rebela que la relación entre los ex chicos rotos y Matilda no era la mejor del mundo; de hecho fue bastante similar a la que inicialmente tuvieron con Charlie durante la gira y tas reencontrarse. Sin embargo, habiendo visto que han cambiado, ha decidido darles una oportunidad de amistad, aclarando que fue por sus propios problemas de saber quién era ella que se fue y no por ellos. Recompuesta, Matilda le pide un tiempo a Wonka para aceptarlo como padre, como para empezar a llamar mama a Jenny. Hablando con Wilbur, no solo la reconoce como su nieta, sino que le dice que daría la vida sin dudarlo por ella.

Continuando el camino, Matilda y Marvin se conocen más, viendo que no era tan malo como aparentaba, solo muy egocéntrico. Marvin también habla con Charlie, diciéndole que Violeta es suya y que no es su tipo, habiéndole dado celos solo para fastidiar, al amar en realidad a otra persona. En medio de ello, los Vermicious Knids vuelven a atacar. Gracias a un mayor control de sus habilidades únicas, los chicos logran hacerlos retroceder en el gran caos. Afortunadamente, Wonka ha regresado a su edad normal, pudiendo con ello reconocerlo el lugar inteligente y activar las defensas del hotel que hacen retroceder a los alienígenas, al menos hasta cierto tiempo. También salva la vida a Matilda de caer al espacio exterior tras una abertura de una pared, preguntándole amorosamente acariciándola: "¿Estás bien pequeña mía?" solo respondiendo Matilda tímidamente que sí. Sin embargo, otro problema se presenta cuando Jacob lo nota; la falta de energía necesaria para activar los elevadores, algo que ni toda la energía del pequeño Cosmofante podría solucionar.

Con ninguna opción sencilla a la vista, y sabiendo que con los alienígenas merodeando el hotel sería peligroso intentar pedir ayuda a la fábrica en la tierra con la poca energía que hay para conseguir el resto de la energía necesaria, Wonka solo tiene una opción igual de arriesgada; viajar en el tiempo gracias a una maquina experimental en el mismo lugar. Aunque Jenny, Matilda, Marvin y Miranda consideran eso muy improbable, los demás saben que Wonka puede realmente lograr lo imposible, aceptando el plan. Manos a la obra, Charlie y Violeta son enviados al recorrido inicial de la fábrica en la Habitación de Chocolate, Veruca y Jacob al Salón de Nueces, y Wonka junto a Augusto antes del inicio de la gira, quedándose Jenny, Wilbur, Matilda y Miranda para monitorear, y Marvin y el Cosmofante como vigilantes por si vienen los Vermicious Knids.

Bajo las palabras de Wonka que no deben ser vistos por lo que podría afectar en el futuro, Charlie y Violeta tienen cierta dificultad en movilizarse por el salón por sus pocos sitios donde ocultarse, observando el momento exacto donde Violeta insulto a Charlie, expresando la contemporánea que quisiera golpearse a sí misma. Jacob y Veruca caen justo con el Wonka del pasado explicando el Cuarto de Nueces, junto a la pataleta de Veruca en querer una de las ardillas entrenadas, diciendo despacio la contemporánea que ahora con gusto la arrojaría a la basura. Sabiendo que deben aprovechar la oportunidad exacta, los equipos deciden esperar tranquilamente el momento adecuado.

En su parte, Wonka y Augusto lo llevan más fácil al estar la entrada principal de la fábrica desértica en horas de la mañana. Debiendo apurarse por el límite de tiempo de la máquina, Charlie y Violeta recolectan las moras necesarias, aprovechando el musical de los Oompa Loompas tras que Augusto se caiga al río de chocolate al estar los presentes distraídos, como en estirar Violeta sus extremidades. Wonka y Augusto logran arrebatarle su bastón a un Wonka durmiente en su cama. Mientras, aunque más complicado por los pocos lugares donde esconderse, aprovechando el musical sobre Veruca, como la habilidad de portales de Jacob, este y ella logran obtener una cantidad suficiente de nueces, pese a que dos ardillas se les cuelgan de la ropa al haber detectado su presencia.

A punto de regresar al hotel, surgen dos complicaciones para Augusto y Willy; la primera, la entrada de los Vermicious Knids a la habitación con Marvin y el pequeño Cosmofante haciendo lo posible para dar más tiempo, poniéndose temporalmente como fuente de energía cuando estaba a punto de terminarse, llegando los demás justo a tiempo como refuerzos, y el descubrimiento del Wonka del pasado del Wonka del futuro a punto de presentarse en el show de marionetas. Sabiendo que es hora de dar rienda suelta a su nueva habilidad, Matilda sorprende al revelar que puede volar gracias a su telepatía, habiéndola descubierto en sus viajes por el mundo, usándola para expulsar a los invasores al espacio exterior. Wilbur por primera vez se da cuenta que los ataques de los Vermicious Knids si pueden lastimar de gravedad su cuerpo chocolatoso

Tratando de explicarle a su yo del pasado que no es un espía y que si no le da su bastón el futuro pende de un hilo, se ve obligado a luchar contra sí mismo, noqueando Augusto al Wonka del pasado tras golpearlo con sus puños y cuerpo de chocolate. Sin embargo, Wonka se ve obligado a hacerse pasar por sí mismo al no presentarse en el show de marionetas y darle la bienvenida a todos en la fábrica como la línea original, haciendo el cambio una vez dentro. De regreso en el hotel, dándose todos con la sorpresa de encontrar a Veruca y Jacob besándose tras aceptar su amor mutuo, posteriormente atendiendo al débil Cosmofante, los últimos Vermicious Knids huyen en sus naves sepultadas en el suelo lunar, restaurando Wonka gracias a lo obtenido la energía del hotel.

Sabiendo que los Vermicious Knids no se detendrán en sus intentos de invadir la tierra, y más suponiendo lo que quieren hacer con el Everlasting-Vite, una probable invasión a nivel microscópico para expandirse como langostas por todo el planeta, la única manera de detenerlos es que viajen propiamente a su planeta natal, Vernes, para detener su avance. Recordando Miranda su onda lanzada al espacio, además de sentir bastante culpa por haber traído a esas cosas a la Luna accidentalmente, se rastrea el lugar exacto de origen de los Vermicious Knids; lo más profundo, aterrador, lúgubre y oscuro del universo conocido. Wonka dice que el viaje es peligroso y piensa ir solo, alistando un elevador para guiar a los chicos y Jenny de vuelta a la Tierra. Sabiendo que no solo es responsabilidad suya, los chicos ruegan acompañarlo. Wonka acepta vacilante convencido por Jenny al no querer meterlos en más problemas.

Una vez dentro del gran ascensor de cristal, no sin antes Willy golpearse nuevamente antes de entrar, puesto a máxima velocidad para viajar años luz, se transportan por el cosmos oscuro, aterrador y brumoso, recibiendo embestidas y ataques de criaturas espaciales carnívoras en forma de gusano gigante llamadas Gnoolies, antes de ser consumidos por el colosal Dragón Espacial, que pese a su apariencia, según Willy es inofensivo y solo se alimenta de Gnoolies y asteroides. Aguantando el turbulento viaje, accionando los tripulantes las defensas del ascensor, logran llegar a la superficie de Vernes, pudiendo respirar al tener una atmosfera, aunque no de oxígeno, similar a la Tierra, movilizándose para encontrar la ciudad capital de los Vermicious Knids, Nautilia.

Observando la capital desde un monte gracias a binoculares, sabiendo que la ciudad estará muy resguardada por ya saber lo acontecido en el hotel, se idea un plan; un ataque tanto aéreo como terrestre. Aunque Augusto propone también marítimo, pronto se da cuenta de la falta de agua en el lugar. Mientras, los Vermicious Knids alistan sus tropas para invadir la tierra, cargando la creación de Wonka en ellos. Dividiéndose en grupos; Charlie, Violeta, Willy y Wilbur el primero, Jacob, Veruca, Augusto, Marvin, Miranda, Matilda y Jenny en el segundo, deciden ejecutar su plan de doble ataque; el primer equipo atacara la puerta principal del castillo residente del rey, y el segundo atacara por detrás.

Pudiendo ser la última vez que se vean, y aprovechando que están solos, Violeta se sincera completamente con Charlie respecto a lo que siempre ha sentido por él desde que se conocieron, pese a haber fingido desde el principio que no fue así, pidiéndole nuevamente perdón por lo imbécil que fue en la gira y en el internado, dando un suave como amoroso pero apasionado beso al siguiente chocolatero, que a pesar de la impresión inicial, lo corresponde con mucho gusto. Charlie confiesa que también desde el principio le gusto desde que la vio por primera vez en el periódico, y eso se cimento más desde que son amigos/compañeros, y le encantaría tener una cita formal una vez todo acabe. Aceptándolo, se abrazan para finalmente partir a la acción.

Ejecutado el plan, el equipo A distrae a los Vermicious Knids atacando la puerta principal del castillo. Mientras tanto, el equipo B se infiltra en el castillo tras derrotar a los guardias. Sin embargo, las cosas se complican cuando descubren que Tronchatoro está presente. Sintiendo completamente recuperada su telepatía, Matilda decide dejar de huir y encarar a Tronchatoro ahí mismo, quedándose Jenny, Miranda y Marvin. Los demás continúan el camino hacia la sala del trono. El equipo A logra ingresar al castillo, abriéndose camino poco a poco para llegar al rey, que ya está al tanto de su presencia, esperándola tranquilamente.

Gracias a su nueva habilidad de vuelo, Matilda lleva una batalla mucho más equilibrada con su exdirectora, poniéndose más a su favor cuando Marvin y Miranda aparecen dispuestos a ayudarla, principalmente la segunda al estar cansada de haber sido una marioneta toda su vida. Sabiendo que ella también debe tener una habilidad similar a su hija, Jenny logra desbloquear su propia telepatía, poniendo en problemas a Tronchatoro. Con Tronchatoro sepultada entre escombros, Matilda y Jenny intentan auxiliar a Miranda. Con su último aliento, Miranda le agradece por enseñarle a divertirse y que hay más que solo tener deberes, como por ser su primera amiga, y que Marvin la perdone por no haberlo apreciado. Falleciendo su ex enemiga en sus brazos, Matilda tiene poco tiempo para llorarla, como Marvin o Jenny para consolarla al emerger una lastimada pero aún fuerte Tronchatoro.

Molesta, recordando todo lo que esa malvada mujer ha hecho a Jennifer al haber asesinado a su padre, sus ex compañeros, e incluso a ella antes de conocerse, burlándose incluso de la muerte de Piker y amenazando que matara a su noviecito y su bastarda madre, como que nunca será parte de su familia al solo ser una bastarda, la joven y la mujer tienen un último choque, donde una realmente enfadada Matilda como Jenny desatan su máximo poder, aunque manteniendo la calma, resquebrajando la parte del castillo donde están, resguardando a Marvin y el cuerpo de Miranda. Aunque Tronchatoro logra esquivar los escombros y subir hasta un risco, su débil estado hace que quede a merced de Matilda y Jenny. Sin pensarlo demasiado, ayudada de escombros, madre e hija aplastan los dedos de su enemiga, finalmente cayendo hacia el abismo a su muerte. Con el peligro eliminado, Matilda, Jenny y Marvin se abrazan, compartiendo su primer beso los jóvenes.

Reunidos casi todos los integrantes de ambos grupos, la batalla final contra el rey Vermicious Knid da inicio. Pese a todo lo dado, la gran cómo lenta masa amorfa del rey resulta ser mejor contrincante de lo esperado, complicando mucho la batalla. Recordando las palabras de Willy en el Desierto de Postres, relacionándolo con el paisaje desértico del planeta, como por el hecho de que ahora Veruca puede controlar a cualquier tipo de animal telepáticamente, Charlie y los cuatro chicos finalmente entienden a lo que se refería con pura imaginación, teniendo finalmente la respuesta para poner la situación de su lado. Desplegando su poder, Veruca consigue controlar toda la fauna y flora de Vermes, usándola para atacar al rey. Sin embargo, pese al gran daño causado, ni siquiera así es suficiente para destruirlo o herirlo de gravedad.

Sabiendo que no hay más opción para derrotar al rey Vermicious Knid que hacer un importante sacrificio, sabiendo Charlie a lo que se refiere pero los demás no, Willy explica que había instalado un bastante potente sistema de auto destrucción en la fábrica por si una amenaza grande se hubiera presentado, pudiendo redirigirlo hacia el planeta para destruir al rey. Siendo el momento, solo esperando Charlie que sus padres, abuelos y Oompa Loompas sean evacuados por completo, intentando comunicarse con Roy, el grupo es atacado por el rey. Cogiendo Veruca el celular en medio de la conmoción, da las órdenes exactas en su idioma para que todo el personal de la fábrica sea evacuado bajo tierra. Los padres de Charlie son los principales encargados de mantener la calma en todos los residentes para escapar ordenados.

Ganando tiempo, cinco minutos, para distraer al rey, con las últimas evacuaciones realizadas en la fábrica, el cañón finalmente es accionado gracias a toda la energía de la fábrica hacia el exterior, destruyendo su interior. Despegando un gran rayo de energía pura directo al planeta Vernes, sostenido por Wilbur, pese a las suplicas de Willy, él se despide feliz de su familia, diciendo que con gusto está dando la vida por ellos. El rayo cae encima del rey y Wilbur que los evapora por completo. Despertando Charlie y Willy de la conmoción, lo único que observan que quedo del tirano fue un gran cráter azul en el suelo, llegando los demás presenciando lo mismo. Desmoralizados, además de ya no tener quien los gobierne, el resto de Vermicious Knids se rinde finalmente.

Con todo terminado, el equipo se reúne, preguntando por Miranda. Sin responder nada, Matilda solo se suelta a llorar, consolándola todos, especialmente Willy. Pidiéndole a Wonka si puede resucitar a Miranda, responde que eso es imposible hasta para él. Sorpresivamente, atraídos por la energía luminiscente de uno de los suyos, Cosmofantes más grandes llegan al lugar, reconociéndolos inmediatamente su par más pequeño. Viendo que la pequeña bestia atmosférica se ha reencontrado con sus padres, y pese a dolerle su partida al saber que no puede tenerlo como una mascota, Veruca deja ir a su pequeño amigo para reunirse con los demás Cosmofantes, desapareciendo en el gran universo.

Sabiendo que Miranda hubiera preferido descansar en un planeta externo por su gran fascinación por el espacio exterior, el grupo hace un funeral improvisado, depositando Matilda su cadáver en uno de los lagos de ácido de Vernes. Pensando Matilda en lo acontecido, Wonka se acerca a decirle que no murió por su culpa, abrazándola en consuelo. Wonka les ofrece a los chicos curarlos de su condición para que puedan vivir una vida más normal. No obstante, lo rechazan cortésmente al haber comprendido el bien que siempre pudieron realizar, no importándole si para ello nunca puedan comer ningún producto de marca Wonka para siempre.

De regreso en la tierra, reuniéndose con sus padres y los Oompa Loompas en el centro del planeta como zona de refugio, junto a todos los animales reales y creados, equipos y todo lo que se pudo rescatar, Charlie no puede evitar sentirse un poco culpable por la destrucción de la fábrica. Willy lo anima diciendo que no es la primera vez que se le destruye, y que en realidad, cualquier lugar puede ser la fábrica, siendo solo un concepto, más no un sitio permanente. Reanimados todos, y sin peligro ya cerca, se decide planear la reconstrucción de la fábrica, liderada esta vez por Charlie. Intuyendo que es el momento indicado, reuniendo a los chicos cerca de una gran vista, Wonka rebela que en realidad no solo eligió a Charlie como su sucesor, sino al grupo en sí, siendo Miguel su única equivocación, al saber que dirigir semejante fabrica no iba a ser tarea sencilla para una sola persona que no fuera él, sabiendo que no estaban listos aún para ello. También rebela que originalmente si planeo un reencuentro, de no ser porque su reunión en el internado la adelanto. Sin poder creerlo, lo agradecen, comprometiéndose a no decepcionarlo y dejar en alto su legado.

Días después, Charlie y Violeta tienen su cita acordada en Atlanta, Georgia. Se da el mismo caso con Matilda y Marvin en Sídney, pese a la nueva en parte actitud sobreprotectora de su padre. Willy regresa su propio bastón a su yo del pasado sin que lo sepa para no alterar la línea del tiempo. Reuniéndose posteriormente con Jenny, se sincera sobre sus sentimientos con ella, expresando que ahora si quiere casarse y criar a su hija juntos, rebelando ella que también aún siente amor por él, haciéndose pareja nuevamente tras besarse. Sabiendo que tienen que rebelar su nueva relación tarde o temprano, Charlie y Violeta deciden confesarlo todo a Willy en su hogar/oficina temporal de su familia en donde estaba la antigua casa Bucket, sonriéndoles diciendo que no hay ningún problema al saber que se aman de verdad, deseándoles lo mejor a futuro.

Varios años después, Charlie y Violeta se casaron, tras haber resuelto junto a versiones paralelas suyas y los demás un evento cataclismico entre dimensiones. El mismo caso se dio con Veruca y Jacob en una boda en Nigeria, como Matilda y Marvin con su boda privada en Seúl. Augusto también formo familia. Willy se retiró finalmente para vivir en paz con Jenny y su nueva pequeña hija Wally, en honor a su abuela materna.

La vida nunca fue mucho más dulce.

Fin.