Do mọc tự nhiên trong rừng nguyên sinh nên những người thợ ở Sơn Trang gặp phải tình trạng không xác định được tuổi khi hái và không lựa chọn khi thu hoạch. Vì vậy, nấm có chiều dài chân nấm và kích thước mũ nấm không bằng nhau.
Nấm lim xanh tự nhiên dài khoảng 2-5cm, thân cây cứng không dễ gãy, có cây thân đơn, có cây thân kép, phần gốc có mùn gỗ.Mũ nấm lim xanh khi khô dày, có độ cứng cao, không dễ bẻ gãy bằng tay, bề ngoài thô ráp, mép sần sùi, thân có nhiều lỗ sâu đục nhỏ. Màu sắc của nấm loang lổ, thường có màu nâu đến nâu đậm hoặc nâu. pha màu xám chuyển sang màu đen và màu nâu sang màu vàng.Nấm lim xanh tự nhiên có mùi thơm gần giống vị thuốc bắc, đây là đặc điểm quan trọng, khi nếm có cảm giác đắng ở cổ họng, nước sắc có vị đắng khó uống, sau 24 giờ có mùi hắc. mùi thảo mộc khô. không tìm thấy trong các loại nấm lim xanh khác.