Nguyên tắc không phân biệt đối xử trong thương mại, hay là đối xử tối huệ quốc (Most Favored Nation): Đây là nguyên tắc quan trọng nhất, quy định các nước thành viên dành cho nhau ưu đãi tối huệ quốc về thuế xuất nhập khẩu và đối xử bình đẳng trong thương mại. Nguyên tắc này có hai ngoại lệ là: 
- Các nước tham gia các khối mậu dịch tự do hay liên minh thuế quan khu vực như EU, NAFTA, AFTA… có quyền áp dụng với nhau một biểu thuế, một hàng rào phi quan thuế riêng. 
- Các nước đang phát triển được ưu đãi riêng, được các nước phát triển dành cho Hệ thống ưu đãi phổ cập (GSP) với thuế suất thấp hơn thuế suất tối huệ quốc. 
Nguyên tắc có đi có lại: Một nước quyết định mở cửa thị trường của mình (hạ thuế nhập khẩu, bỏ bớt các quy định đối với hàng nhập) có quyền đòi hỏi các thành viên khác có những nhượng bộ tương tự. 
Nguyên tắc công khai và cạnh tranh lành mạnh: Yêu cầu các nước thành viên không được tăng và từng bước giảm hàng rào phi thuế quan, thừa nhận quyền đánh thuế chống phá giá và chống trợ cấp xuất khẩu. 
Nguyên tắc khước từ một số nghĩa vụ của GATT: Cho phép mỗi thành viên có quyền áp dụng biện pháp cấp thiết (như hạn chế nhập khẩu hoặc đình chỉ những nhượng bộ về quan thuế) để bảo vệ ngành công nghiệp trong nước đang bị thương tổn, hoặc do khó khăn về cán cân thanh toán. 
Nguyên tắc ưu tiên cho hàng hoá của các nước đang phát triển: Ngoài hệ thống GSP, còn có các ưu đãi về tiếp cận thị trường, hoặc ít bị ràng buộc bởi nguyên tắc có đi có lại. 

NGUYÊN TẮC WTO:

Không phân biệt đối xử. Mỗi thành viên sẽ dành cho sản phẩm của một thành viên khác đối xử không kém ưu đãi hơn đối xử mà thành viên đó dành cho sản phẩm của một nước thứ 3 (Đãi ngộ Tối huệ quốc - MFN). Tuy nhiên, vẫn có một số ngoại lệ trong nguyên tắc này. Chẳng hạn, các nước có thể thiết lập một hiệp định thương mại tự do áp dụng đối với những hàng hoá giao dịch trong một nhóm quốc gia, phân biệt với hàng từ bên ngoài nhóm.

Thương mại ngày càng được tự do hơn thông qua đàm phán. Các hàng rào cản trở thương mại dần dần được loại bỏ, cho phép các nhà sản xuất hoạch định chiến lược kinh doanh dài hạn có thời gian điều chỉnh, nâng cao sức cạnh tranh hoặc chuyển đổi cơ cấu. Mức độ cắt giảm các hàng rào bảo hộ được thoả thuận thông qua các cuộc đàm phán song phương và đa phương. Đến nay đã có 8 vòng đàm phán kể từ khi GATT được hình thành vào năm 1947.

Dễ dự đoán. Đôi khi cam kết không tăng một cách tuỳ tiện các hàng rào thương mại (thuế quan và phi thuế quan khác) đem lại sự an tâm rất lớn cho các nhà đầu tư. Với sự ổn định, dễ dự đoán, thì việc đầu tư sẽ được khuyến khích, việc làm sẽ được tạo ra nhiều hơn và khách hàng sẽ được hưởng lợi từ sự cạnh tranh lành mạnh trên thị trường. Hệ thống thương mại đa phương là một nỗ lực lớn của các chính phủ để tạo ra một môi trường thương mại ổn định và có thể dự đoán.

Hệ thống thương mại này cũng cố gắng cải thiện khả năng dễ dự đoán và sự ổn định theo những cách khác. Một trong những cách làm phổ biến là ngăn chặn việc sử dụng hạn ngạch và các biện pháp khác của các nước hạn chế số lượng hàng nhập khẩu. Bên cạnh đó, WTO cũng giúp các nguyên tắc thương mại của các nước trở nên rõ ràng và minh bạch hơn. Rất nhiều hiệp định của WTO yêu cầu chính phủ các nước thành viên phải công khai chính sách.

Tạo ra môi trường cạnh tranh ngày càng bình đẳng. WTO đôi khi được miêu tả như là một hệ thống "thương mại tự do", tuy nhiên điều đó không hoàn toàn chính xác. Hệ thống này vẫn cho phép có sự tồn tại của thuế quan và, trong một số trường hợp nhất định, vẫn cho phép có các biện pháp bảo hộ. Như vậy, nói một cách chính xác hơn thì WTO đem lại một sự cạnh tranh lành mạnh và công bằng hơn.

WTO cũng có thể hạn chế tác động tiêu cực của các biện pháp cạnh tranh không bình đẳng như bán phá giá, trợ cấp hay dành các đặc quyền cho một số doanh nghiệp nhất định.

Dành cho các thành viên đang phát triển một số ưu đãi. Các ưu đãi này được thể hiện thông qua việc cho phép các thành viên đang phát triển một số quyền và không phải thực hiện một số quyền và không phải thực hiện một số nghĩa vụ hay thời gian quá độ dài hơn để điều chỉnh chính sách.

Qua các vòng đàm phán, lợi ích của các quốc gia, đặc biệt là các nước đang phát triển đã tăng lên khá nhiều. Sau vòng đàm phán Uruguay, các nước giàu trong WTO đã cam kết sẽ rộng mở hơn nữa đối với hàng hoá xuất khẩu từ những nước kém phát triển và trợ giúp kỹ thuật cho các nước này. Gần đây, những nước phát triển đã bắt đầu cho phép nhập khẩu tự do, không thuế, không hạn ngạch đối với tất cả những sản phẩm từ hầu hết quốc gia kém phát triển trong WTO.