Trên cơ sở nhận thức đúng đắn, đầy đủ những vấn đề về bản chất, nguồn gốc của tôn giáo, chủ nghĩa Mác-Lênin đã đề ra những  nguyên tắc của người cộng sản đối với tôn giáo:

Thứ nhất: Tôn trọng, bảo đảm quyền tự do, tín ngưỡng tôn giáo và không tín ngưỡng tôn giáo của nhân dân. Người cộng sản không tuyên chiến với tôn giáo.

Tôn giáo không chỉ có tiêu cực mà còn có các mặt tích cực của nó, vì tôn giáo luôn hướng đến một xã hội tốt đẹp hơn. Các nguyên tắc của tôn giáo vẫn có những giá trị nhất định và tham gia điều chỉnh hành vi của người có đạo theo hướng tích cực, góp phần ổn định chính trị, xã hội. Mặt khác, chúng ta không thể xóa bỏ tôn giáo một khi nguồn gốc, cơ sở hình thành và phát triển của nó vẫn còn tồn tại”, vì vậy chúng  ta không nên tuyên chiến với tôn giáo, nhưng đồng thời phải xây thiên đường cuộc sống hiện thực để thay thế thiên đường ảo, Lênin đã từng nói “tuyên chiến với tôn giáo là tự sát. Vi phạm nguyên tắc này là cố tình đẩy xã hội tới chổ phân chia, đẩy những người có đạo chống lại chính quyền, là không thấy được chức năng liên kết xã hội của tôn giáo; là đi ngược lại nền dân chủ XHCN, vi phạm quyền được tự do, tín ngưỡng, quyền được tự do theo hay không theo một tôn giáo, là chệch với mục tiêu xây dựng nhà nước pháp quyền XHCN. Trên nguyên tắc đó, Đảng ta đã vận dụng sáng tạo, thể hiện rất rõ trong Nghị quyết hội nghị TW 7 khóa IX, xác định:

Tín ngưỡng, tôn giáo là nhu cầu tinh thần của một bộ phận nhân dân, đã, đang và sẽ tồn tại cùng dân tộc trong quá trình xây dựng chủ nghĩa xã hội ở nước ta. Đồng bào các tôn giáo là bộ phận của khối đại đoàn kết toàn dân tộc. Thực hiện nhất quán chính sách tôn trọng và bảo đảm quyền tự do tín ngưỡng, theo hoặc không theo một tôn giáo nào, quyền sinh hoạt tôn giáo bình thường theo đúng pháp luật. Các tôn giáo hoạt động trong khuôn khổ pháp luật, bình đẳng trước pháp luật.

Thứ hai: Khắc phục ảnh hưởng mặt tiêu cực của tôn giáo là một quá trình gắn liền với quá trình cải tạo xã hội cũ, xây dựng xã hội mới XHCN

Muốn thay đổi ý thức xã hội trước hết phải thay đổi tồn tại xã hội, muốn xóa ảo tưởng trong tư tưởng con người phải xóa nguồn góc sinh ra nó. Chúng ta không thể xóa bỏ hệ tư tưởng mang tính chất duy tâm tôn giáo như là xóa bỏ thành trì của sự trì trệ, bảo thủ, lỗi thời, lạc hậu, của nền tảng cho những sai lầm trong nhận thức và tư duy của con người. Mặt khác, trong giai đoạn đầu xây dựng CNXH, vẫn tồn tại những giai cấp, tầng lớp khác nhau, sự áp bức, bất công, sự ngẫu nhiên, may rủi.. vẫn tồn tại và kéo theo đó là niềm tin vào một đấng siêu nhiên. Hơn nữa, tôn giáo có khả năng biến đổi mình cho phù hợp với hoàn cảnh mới. Việc xóa bỏ và khắc phục ảnh hưởng tiêu cực của tôn giáo trong đời sống xã hội là cả một quá trình khó khăn và lâu dài, Ăngghen cho rằng: tôn giáo chỉ thực sự mất đi khi xã hội đã được cải tạo hoàn toàn. Điều đó cho thấy, việc khắc phục tiêu cực của tôn giáo sẽ không thể thực hiện được nếu tách rời quá trình cải tạo xã hội cũ, xây dựng xã hội mới, để tăng khả năng gạt bỏ dần ảnh hưởng tiêu cực của tôn giáo đối với xã hội, cần coi trọng việc tuyên truyền thế giới quan duy vật biện chứng bằng nhiều hình thức.

Trên nguyên tắc đó, Đảng ta đã vận dụng cụ thể trong Nghi quyết TW 7 khóa IX, xác định:

Đảng, nhà nước thực hiện nhất quán chính sách đại đoàn kết toàn dân tộc, đồng bào theo các tôn giáo khác nhau; đoàn kết đồng bào theo tôn giáo và không theo tôn giáo. Giữ  gìn và phát huy những giá trị tích cực, đồng thời nghiêm cấm sự phân biệt đối xử với công dân vì lý do tín ngưỡng, tôn giáo.

- Nội dung cốt lõi của công tác tôn giáo là công tác vận động quần chúng. Mọi công dân không phân biệt tín ngưỡng, tôn giáo đều có quyền và nghĩa vụ xây dựng và bảo vệ tổ quốc. Phải động viên đồng bào nêu cao tinh thần yêu nước, ý thức bảo vệ độc lập và thống nhất của Tổ quốc. Công tác tôn giáo là trách nhiệm của cả hệ thống chính trị. Công tác tôn giáo có liên quan đến nhiều lĩnh vực của đời sống xã hội, các cấp, các ngành, các địa bàn. Làm tốt công tác tôn giáo là trách nhiệm của toàn bộ hệ thống chính trị do Đảng lãnh đạo. Tổ chức bộ máy và đội ngũ cán bộ chuyên trách làm công tác tôn giáo có trách nhiệm trực tiếp, cần được củng cố và kiện toàn. Công tác quản lý nhà nước đối với các tôn giáo và đấu tranh chống việc lợi dụng tôn giáo để chống đối chế độ chỉ thành công nếu làm tốt công tác vận động quần chúng.

Thứ ba: người cộng sản phải biết phân biệt nhu cầu tín ngưỡng tôn giáo với sự lợi dụng tôn giáo vì mục đích ngoài tôn giáo.

Trong xã hội có giai cấp thì tôn giáo cũng ít nhiều mang tính chính trị, tham gia vào công việc của Nhà nước để bảo vệ lợi ích của tôn giáo. Mặt khác giai cấp thống trị hoặc các thế lực đối lập thường sử dụng tôn giáo để thực hiện các mục đích chính trị của mình, duy trì sự thống trị của mình đối với xã hội hoặc nhằm lật đổ, thay thế giai cấp cầm quyền bằng giai cấp khác. Để thực hiện các mưu đồ của mình đa số các thế lực thù địch đều sử dụng số đông giáo dân và và lợi dung mặt tiêu cực tôn giáo để kích động, đẩy họ tới những hành động cực đoan, mù quáng nhằm gây bạo loạn, lật đổ... Nghiên cứu tính chính trị của tôn giáo giúp chúng ta thấy được đâu là nhu cầu chính đáng của nhân dân, đâu là âm mưu của các thế lực thù địch lợi dụng tôn giáo để chống phá nhà nước; phân biệt đâu là công việc nội bộ của nhân dân, đâu là vấn đề địch, ta để có cách giải quyết, xử lý đúng đắn, kịp thời.

Trên nguyên tắc đó, Đảng ta đã vận dụng cụ thể trong Nghi quyết TW 7 khóa IX, xác định:

Mọi tín đồ đều có quyền tự do hành đạo theo quy định của pháp luật. Các tổ chức tôn giáo được nhà nước thừa nhận, được pháp luật bảo hộ hoạt động của mình theo đúng quy định của pháp luật. Việc theo đạo, truyền đạo và mọi hoạt động đều phải tuân thủ Hiến pháp và pháp luật; không được lợi dụng tôn giáo truyên truyền tà đạo, hoạt động mê tín dị đoan, không được ép buộc người dân theo đạo. Nghiêm cấm các tổ chức truyền đạo, người truyền đạo và các cách thức truyền đạo trái phép, vi phạm các quy định của Hiến pháp và pháp luật. Đồng thời, nghiêm cấm lợi dụng tín ngưỡng, tôn giáo để hoạt động mê tín dị đoan, hoạt động trái pháp luật và chính sách của Nhà nước, kích động chia rẽ nhân dân, chia rẽ các dân tộc, gây rối, xâm phạm an ninh quốc gia.

Thứ tư: Người cộng sản phải có quan điểm lịch sử cụ thể khi phân biệt mặt tín ngưỡng thực sự với sự lợi dụng tôn giáo của các thế lực chính trị phản động:

Tôn giáo đến một lúc sẽ mất đi, khi mà nguồn gốc sinh ra tôn giáo không còn nữa, xuất phát từ tính lịch sử của tôn giáo, chúng ta cần có 1 cái nhìn linh hoạt, tránh định kiến đối với những cái do lịch sử để lại và phải giải quyết vấn đề tôn giáo trên lập trường quan điểm lịch sử. Bởi vậy trong mối quan hệ với tôn giáo cũng hết sức linh hoạt và mềm dẻo; đồng thời phải hết sức tỉnh táo trước thủ đoạn của kẻ địch lợi dụng tôn giáo, sử dụng chiêu bài tự do tín ngưỡng, tôn giáo để kích động hận thù, chia rẽ khối đại đoàn kết toàn dân tộc, tuyên truyền chống phá cách mạng như Tin lành ĐÊGA ở Tây nguyên hoặc như vụ giáo xứ Thái Hà ở Hà Nội, nhà thờ Tam Tòa ở Quảng Bình hay vụ bạo động của giới tăng ni phật tử ở Huế năm 1992. . .  Trên nguyên tắc đó, Nghi quyết TW 7 khóa IX, xác định:

Tôn giáo là một phạm trù lịch sử, nhưng tôn giáo đã, đang và sẽ tồn tại không chỉ vì nó có vai trò và tác dụng mạnh mẽ đến các lĩnh vực đời sống xã hội, mà còn biểu hiện của sự bảo lưu, giữ gìn bản sắc văn hóa của từng cộng đồng người trong xu thế toàn cầu hóa hiện nay.

Xuất phát từ lợi ích giai cấp, dân tộc, an ninh quốc gia, Nhà nước XHCN trong đó có Việt Nam, cần thường xuyên đấu tranh loại bỏ yếu tố chính trị phản động trong tôn giáo; nêu cao cảnh giác, xử lý kịp thời, cương quyết đối với những kẻ lợi dụng tôn giáo; tuy nhiên cần tránh khuynh hướng chủ quan, nóng vội.