Un año después de lo acontecido en Spider-Man 3, Peter Parker ha superado la muerte de Harry y continua viviendo su vida cotidiana, ahora reconciliado con Mary Jane y teniendo de amiga otra vez a Gwen, con Nueva York queriéndolo otra vez y con los criminales aterrados por su presencia, con una excelente relación con George Stacy y la policía, a pesar de los intentos de Jameson por verlo como un fraude, la ciudad quiere a Spider-Man. Además de seguir trabajando en el Daily Bugle, Peter ha conseguido trabajo en Horizon Labs, el cual es dirigido por Adrián Toomes, un misterioso hombre mayor que sueña volar por el aire como las aves, también este se encargó de Oscorp y lo fusiono con su empresa luego de la muerte de Harry, así Peter se ha hecho un nuevo traje y rastreadores para combatir el crimen fácilmente gracias al dinero que le da la empresa, en la misma empresa trabajan Michael Morbius, segundo al mando de la compañía y sujeto misterioso venido desde Rumania y ganador del premio nobel de medicina, y Alistair Smtyhe, hombre frio y calculador interesado en la robótica, en el cementerio, Peter visita a su tío y a Harry, recordando la frase de su tío y los momentos vividos con Harry, luego este se retira a hacer su trabajo, dejándoles flores a ambos.

Todo parece ir bien para Peter, ya que este está considerando volver a proponerle matrimonio a Mary Jane, y tras reconciliarse su relación ha mejorado tal punto de mudarse a vivir juntos a una casa propia, mientras su tía May sigue viviendo en su apartamento, Peter tiene cierto temor si decirle sobre sus actividades heroicas o no, temiendo su seguridad, pero todo cambia cuando aparecen reportes de una figura misteriosa que roba en bancos, joyerías y en las casas de los adinerados, Jameson llama a Peter exigiéndole fotos de esa figura, saliendo como Spider-Man a buscar pistas, en la casa de Connors, este sigue trabajando en su proyecto de regeneración celular, estando Connors interesado en la biología desde que Peter le dio el pedazo de Simbionte, experimentando con diversos animales, principalmente con lagartos, tratando de regenerar su brazo derecho como estos animales, con su esposa Martha exigiéndole que le preste más atención a su hijo, esa noche, Spider-Man finalmente da con la figura misteriosa atrapándola robando una joyería, este la sorprende con su presencia, la mujer dice que se llama Black Cat y huye rápidamente con las joyas, Spider-Man la sigue por los tejados peleando a la vez con ella, Black Cat coquetea con Spider-Man durante la persecución, pero finalmente la pierde de vista, en Horizon Labs, Toomes diseña un traje parecido a un ave para cumplir su sueño, pero a Alistair le parece algo estúpido pero Michael lo apoya diciendo que ya hubo un duende volador, pero Alistair sigue recio con la idea, Peter regresa a casa donde Mary Jane está preocupada por él y los peligros constantes que enfrenta.

Al día siguiente, Peter se gradúa en primer lugar en la universidad, junto con Gwen Stacy y la misteriosa alumna Felicia Hardy, siendo felicitado por Curt, diciéndole que es su mejor alumno, deseándole suerte y retirándose, luego lo felicitan Mary Jane y su tía May, está diciéndole que su tío estaría muy feliz si lo viera, en eso aparece Toomes también felicitándolo y ofreciéndole un cargo más importante en Horizon Labs, Peter solo dice que lo pensara, ya en casa, Peter se pone algo triste por recordar a su tío Ben, consolándolo Mary Jane y su tía diciendo que estaría feliz por ver lo que ha hecho y por el hombre que es, esa tarde, Spider-Man patrullando pensando en su graduación y su fallecido tío, vuelve a encontrarse con Black Cat, retándolo está a una carrera por la ciudad, aunque Spider-Man no quiere hacerlo, se ve obligado cuando ve que esta tiene una de las joyas robadas, al terminar la carrera, Black Cat le da la joya a Spider-Man y se despide de el con un beso diciéndole que esta impresionada, desapareciendo otra vez y dejándolo confundido.

En casa de Connors, Billy quiere que su padre juegue con el béisbol, pero Curt se encuentra muy ocupado, molestando otra vez a su esposa, por su parte, Curt continua sus investigaciones, logrando crear una fórmula que prueba en ratones, pero se siente desanimado cuando ve que no hay cambios físicos en estos y como mueren a los pocos minutos, en el Daily Bugle, Jameson llama a Peter para felicitarlo por su graduación, pero también para decirle que le consiga más fotos de Black Cat, la nueva villana, proponiéndole Hoffman el nombre Black Panther, pero rechazándolo Jameson, en la casa de Peter, este sigue confundido por el beso que le dio Black Cat y viendo si va a proponerle matrimonio a Mary Jane, en la noche, Black Cat se infiltra en Horizon Labs para robar la caja fuerte de Toomes, pero es descubierta por Alistair que suena la alarma, Black Cat se deshace con facilidad de los guardias y atraviesa con su agilidad los láseres para la salida, pero Spider-Man se presenta, Black Cat huye cuando Alistair activa sus robots, a Spider-Man le cuesta un poco derrotarlos, pero logra finalmente destruirlos, impresionando a Alistair, de vuelta en la casa de Connors, este sin más ratones para experimentar, decide inyectarse su formula el mismo, a pesar del peligro de que pueda morir, en Horizon Labs Toomes furioso ordena aumentar la seguridad, verificando si su proyecto secreto está bien, al dormir, Connors se retuerce de dolor en su cama, su esposa se asusta pero ve sorprendida como el brazo perdido de su esposo vuelve a crecer, Connors ve esto y se alegra enormemente diciendo que ha revolucionado la ciencia, luego va al cuarto de su hijo y lo despierta diciéndole que mañana jugara béisbol con él, alegrándolo y dándole un abrazo a su padre.

Ya de mañana, en la oficina de Toomes, Peter es recibido cordialmente por este, diciéndole este que acepta su propuesta, luego Toomes le cuenta el intento de robo de anoche y le muestra más a fondo las instalaciones de Horizon Labs, con Peter fascinado como niño por lo que ve, también mostrándole el traje que usara para volar, sorprendiendo a Peter, en la universidad, todos ven sorprendidos el brazo regenerado de Connors, pero este empieza a sentir como si alguien hablara en su cabeza, pero lo ignora, en el Daily Bugle, Jameson habla sobre el incidente de Horizon Labs con Black Cat y Spider-Man, diciendo que ambos seguro trabajan juntos, Connors invita por teléfono a Peter a su casa diciéndole que tiene que enseñarle una cosa, este va con Mary Jane y se sorprende al ver el brazo regenerado de Connors, este juega con su hijo béisbol, pero Peter con su sentido arácnido, nota que algo anda mal, más tarde, Spider-Man tiene otro encuentro con Black Cat, estos hablan calmadamente y Spider-Man ve que no es mala, Black Cat le dice que le contara su historia pero unos ladrones asaltan una tienda cercana, Spider-Man va detenerlos, pero cuando escapa uno, Black Cat lo detiene y se lo entrega, luego vuelve a desaparecer, dejando intrigado a Spider-Man sobre ella, en la casa de Connors, este sigue feliz por su brazo regenerado, pero de repente comienza a sufrir dolores extraños y en el cuerpo comienzan a salirle escamas y aun siente una voz en su cabeza.

Peter y Mary Jane investigando por internet descubren que los robos de Black Cat tienen mucha similitud con un antiguo criminal de Nueva York llamado el Gato, creyendo que podrían tener alguna relación, pero el problema es que nadie descubrió quien era el Gato, Peter contesta una llamada siendo Gwen invitándolo a la fiesta de graduación, hiendo con Mary Jane, en la fiesta dada en la universidad, Peter aparte de encontrarse con Gwen y su padre, también se encuentra con la misteriosa Felicia Hardy, que guarda una extraña fascinación por los gatos, esta se muestra algo coqueta con Peter, dejando a Mary Jane celosa, Connors también asiste la fiesta como invitado de honor, con Peter observándolo en guardia por sentir que algo anda mal con él, Connors se retira al sentir más dolor en su cuerpo y con la voz en su mente hablándole más y más fuerte, Martha quiere acompañarlo pero este insiste en que lo deje solo, en Horizon Labs, Toomes le da los últimos toques a su traje, recordando como siempre soñó volar por el cielo, de vuelta en la fiesta, Connors sigue retorciéndose de dolor a las espaldas de todos, entrando en un laboratorio la voz en su cabeza se hace más fuerte diciéndole que lo deje salir, Connors no aguanta más y comienza su transformación, mientras Peter y Mary Jane en los laboratorios quieren un momento a solas, pero Peter siente el peligro y le dice que se aleje, este busca a Connors, pero solo encuentra un enorme lagarto que huye por la ventana, Peter se cambia rápidamente a Spider-Man y lo persigue, peleando ambos en el tráfico de la calle, salvando a Flash Thompson, ahora un honrado policía, y luego en el metro subterráneo, perdiéndolo de vista por las cloacas, pero logran ponerle un rastreador y recoge una muestra de su sangre en el suelo.

Al día siguiente salen noticias sobre el lagarto de las cloacas, llamando la atención de Jameson pidiéndole fotos a Peter, en casa, Peter analiza la sangre encontrada, descubriendo aterrado que la criatura que vio es Connors, pero teniendo esperanza de hacer un antídoto, como Spider-Man va a la casa de Connors, donde secretamente se lleva varios archivos, en el noticiero se da la desaparición de Connors con su esposa e hijo buscando encontrarlo, en una sala de conferencias, Peter asiste a la presentación del traje de Toomes, pensando a la vez en Connors y su transformación y también en Black Cat, Toomes presenta su proyecto, dejando impresionados a todos, Toomes llama a su traje Buitre y se lo pone, comenzando poco a poco a levitar y finalmente abre sus alas a la mirada atónita y de todos y recibiendo aplausos, en las cloacas, Connors despierta ya en forma humana, buscando una manera de salir de estas, pero la voz se presenta en su cabeza otra vez, diciéndole que ahora es algo nuevo y que debe dejarlo salir por completo, Connors le dice que se valla, pero la voz dice que él es su creación maestra y que la humanidad podría ser como el para tener más fuerza e inteligencia, no como son ahora, débiles y estúpidos, Connors sigue negándose pero al recordar a su esposa e hijo, acepta, pensando que lo verían como un monstruo, apoderándose el Lagarto de su cuerpo, en la casa de Peter, luego de obtener los archivos, Peter decide proponerle matrimonio a Mary Jane, pero esperara el momento adecuado para hacerlo, su teléfono suena y este contesta pensando que es Mary Jane o Gwen, pero Black Cat responde diciendo que se vean como sus alter egos en la torre Midtown a las 4, Peter no sabe cómo Black Cat consiguió su número y si sabe su identidad, pero decide ir, en Horizon Labs, Toomes se reúne con ejecutivos, esperando este que aprueben su idea de producir su traje en masa, pero para su sorpresa, estos lo niegan diciendo que hubo caos con una idea similar en Oscorp, Toomes se enfurece y abandona molesto la junta, saliendo molesto del edificio junto a su traje.

A la hora citada, Spider-Man va al edificio, Black Cat le dice que sabe su identidad pero que no se preocupe y que la mantendrá en secreto, Spider-Man le dice quién es, revelándole que es Felicia y contando su historia, diciendo que su padre era el Gato y que este robo para educar a su hija y darle un mejor futuro, como murió a manos de la mafia, el ocultamiento de la verdad en su madre, y como ella se dedica a lo mismo para sobrevivir y que obtuvo sus poderes por modificaciones genéticas, Spider-Man se conmueve por su historia, recordándole a la suya con sus padres y su tío, en la casa de Toomes, este sigue molesto con todos, prometiendo que su idea si es innovadora y que todos la verán, poniéndole armas a su traje, luego de su encuentro con Black Cat y decirle que use sus poderes para el bien, Spider-Man siente sonar a su rastreador, dirigiéndose a las cloacas con la esperanza de capturar a Connors, aunque no tenga listo el antídoto, este se mueve por las cloacas, mientras el Lagarto se ha construido un laboratorio improvisado robando diversos equipos, este olfatea la presencia de Spider-Man pero decide no actuar aun, Spider-Man siente que está cerca del Lagarto, encontrando su laboratorio y curioseando en este, pero el Lagarto lo embosca, Spider-Man trata de razonar con él, pero este no lo escucha, ambos pelean con el Lagarto atacando con sus dientes, garras y cola, dejando herido a Spider-Man, pero un derrumbe ocurre por excavadoras en la superficie, huyendo el Lagarto entre los escombros, con Spider-Man perdiéndolo de vista otra vez.

Al regresar a casa, Peter le cuenta todo a Mary Jane, con esta desconfiando en Black Cat, mientras Martha y Billy siguen en su campaña por encontrar a Connors, sospechando esta sobre el lagarto en las cloacas y su relación con su esposo, mientras el Lagarto pone en marcha su plan contagiando a varias personas para que sean iguales a él por medio del agua, dirigiéndose estas a las cloacas para encontrarse con su "padre" y ayudarlo en su plan, en casa, Peter comienza a hacer el antídoto para curar a Connors, basándose en sus investigaciones, en los cielos de Manhattan, se reporta la aparición de un ave gigantesca que derribo un helicóptero, llamando la atención de Jameson y más al verlo pasar a toda velocidad por su edificio, en otro lado, Felicia piensa en usar sus poderes para el bien, en eso, Toomes en su traje se presenta por los cielos, rompiendo varias ventanas de edificios con su velocidad y causando caos por la ciudad con sus misiles, dañando Horizon Labs y buscando a Alistair, Felicia se cambia a Black Cat y decide pelear con él, teniendo una batalla aérea, terminando en el Empire State con Toomes superándola, Spider-Man se presenta y le da cara a Toomes, diciendo este que ahora es el Buitre, contando lo ocurrido y aunque Spider-Man trata de razonar con él, ambos pelean con el Buitre atacando con sus filosas alas, y Spider-Man lanzándole gárgolas, logrando dañar su sistema de vuelo, el Buitre debilitado escapa prometiendo que se comerá a la araña.

Spider-Man auxilia a Black Cat llevándola a su casa, Mary Jane ve esto y no le gusta la idea, pero esta habla con Black Cat y tiene compasión de ella y más al contarle su historia, mientras el Buitre repara su traje y a ponerle más armas, viendo a Spider-Man como amenaza para sus planes, en las cloacas, los lagartos le informan a su creador de la pelea de Spider-Man con el Buitre, mostrándose interesado el Lagarto por este, pero la memoria de Connors ataca exigiendo que pare esto y le devuelva su cuerpo, pero el Lagarto le dice que se calle y no moleste, en la ciudad, cientos de noticias circulan sobre hombres lagarto en las cloacas y sobre el Buitre, con la policía rastreándolos, como siempre Jameson culpa a Spider-Man diciendo que seguro el, el Lagarto y el Buitre son compañeros, en la casa de Peter, la tía May viene de visita, este le encarga a Mary Jane que oculte a Black Cat, Peter habla con su tía amistosamente, con Peter dudando si decirle si es Spider-Man o no, en Horizon Labs, Michael descubre que la negación de la junta hacia Toomes fue planeada por Alistair, este discute con él y Alistair le dice que ahora él es el nuevo jefe y que esta despedido, pero el Buitre se presenta sorpresivamente y deja herido a Alistair diciendo que ya sabe todo, pero deja bien a Michael pero paralizado, luego el Buitre roba los planos de Alistair sobre sus nuevos robots diciendo que le serán de utilidad, mientras Martha descubre que Curt es el Lagarto al revisar las investigaciones de su esposo y que faltan archivos, hiendo a las cloacas para hablar con él, diciéndole a Billy que se quede en casa.

En las cloacas, el Lagarto continua con el desarrollo de su plan, hablando con Connors en su mente sobre los humanos y lo débiles que son y cómo puede surgir una nueva especie más fuerte, cerca de allí, Martha se acerca más a su objetivo, los demás lagartos quieren atacarla pero el Lagarto los detiene al verla, estos hablan diciéndole que ella sigue amándolo a pesar de su apariencia, la conciencia de Curt ataca recordando sus buenos momentos, pero el Lagarto interrumpe diciendo que ella y su hijo pueden ser como el, Martha se niega y decide irse, pero el Lagarto dice que esa no es una opción y la inyecta con su fórmula, transformándolo en una mujer lagarto, diciendo que solo falta Billy y pronto volverán a ser una familia, mientras Peter se despide de su tía, Billy lo llama diciéndole que su madre ha desaparecido y que está muy preocupado por ella, este va a su casa y le dice que Spider-Man los traerá de vuelta y que se quede en ella, Spider-Man se dirige otra vez a las cloacas pero es atacado por el Buitre y sus nuevas armas, buitres robóticos, a Spider-Man le cuesta deshacerse de ellos pero lo logra, pero uno de ellos logra herirlo, el Buitre ataca otra vez con sus alas, rematando a Spider-Man, pero Black Cat aparece y lo salva del Buitre, devolviéndole el favor, pero al ver a mas buitres robóticos huyen por los tejados, el Buitre se enoja y los intenta seguir, pero los pierde de vista con las bombas de humo de Black Cat.

Spider-Man y Black Cat heridos se dirigen a la casa del primero, con Mary Jane atendiéndolos a ambos, al día siguiente, Gwen y su padre se hacen cargo de Billy y con más desapariciones, George Stacy presenta un proyecto de ley en la alcaldía para que haya toque de queda en la noche, siendo aprobado sin oposición, en la casa de Toomes, este continua actualizando su traje cuando el Lagarto se presenta ante él, este siente algo de miedo y amenaza con ponerse su traje, pero el Lagarto le dice que se calme y que no le hará daño, diciéndole que ambos quieren comerse a una araña y que lo necesita para su plan, Toomes viendo que ambos ven a Spider-Man como amenaza acepta, mientas los hombres lagarto comienzan a causar caos por todo Manhattan, con los SWAT disparándoles pero estos terminan siendo contagiados, el Lagarto se presenta en Central Park diciendo que ha terminado la era de los humanos y empieza la de los lagartos, pero la conciencia de Connors ataca otra vez, el Lagarto dice que él no lo detendrá, pero Connors responde que sabe de alguien que puede, Peter continua trabajando en el antídoto, terminándolo justo a tiempo cuando ve las noticias reportando todo lo que está pasando, Peter le dice a Mary Jane que se quede en casa, besándose ambos antes de partir deseándole la segunda suerte, y decidiendo Black Cat ir con él, Spider-Man y Black Cat se dirigen a las cloacas, donde son atacados por hombres lagarto, entre ellos Martha, y los buitres robots, pero logran deshacerse de ellos, encontrando el laboratorio del Lagarto y descubriendo su plan de infectar a todo Nueva York en hombres lagarto por medio de la torre de Horizon Labs, sorpresivamente aparece el Buitre, peleando ambos con él, destruyendo el laboratorio en la lucha, huyendo este luego con sus robots, Spider-Man le dice a Black Cat que se encargue de los infectados, saliendo ambos de las cloacas, encargándose Black Cat de los infectados y Spider-Man se dirige a Horizon Labs siguiendo al Buitre y sus robots al ponerle un rastreador al primero, pero antes se contacta con George Stacy diciéndole que tiene un antídoto para curar a todos y que pare el fuego, este duda pero confiando en Spider-Man decide aceptar, Spider-Man llega a Horizon Labs, encontrándose cara a cara con el Lagarto y el Buitre, el Lagarto dice que puede unirse a ellos para formar un nuevo mundo, pero Spider-Man rechaza dicha oferta, procediendo a atacarlo los dos villanos.

Los tres pelean, pero ambos villanos terminan superando a Spider-Man, pero Black Cat aparece y ataca por sorpresa al Buitre, el Lagarto se da cuenta del antídoto y quiere destruirlo pero Spider-Man lo evita tratando de razonar con él, pero el Lagarto dice que Connors ya no está y solo está el, pero la conciencia de Connors vuelve a hacerse presente, dejando al Lagarto en una lucha interna, Spider-Man aprovecha esto para intentar esparcir el antídoto, pero el Buitre lo detiene, en la mente de Connors, este y el Lagarto luchan por el cuerpo, mientras Black Cat se las arregla para sabotear el traje del Buitre y romperle un ala, dejándolo inestable y cayendo al suelo inconsciente, Spider-Man lamenta en lo que se ha convertido pero el Lagarto vuelve a atacar, dejando herida a Black Cat, este pregunta a Spider-Man por que se preocupa por los débiles y que él puede mejorarlos en un mundo sin discriminación, Spider-Man responde que lo hace porque es un héroe, y que lo hace por mantener el bien en la gente, el Lagarto ríe y responde que no necesitara héroes en su nuevo mundo, pero la conciencia de Connors vuelve a atacar, Spider-Man se da cuenta y le dice a Connors que luche, golpeando a su vez con toda su fuerza al Lagarto, diciéndole que él no es Connors y que es un monstruo, Black Cat herida y sin fuerzas coge el antídoto, el Buitre se levanta y saca una pistola e intenta dispararle pero falla, finalmente el antídoto se esparce por todo Nueva York, curando a todos los hombres lagarto, el Lagarto da un rugido de dolor viendo como su plan se desmorona, dándole Spider-Man un último golpe y este cae al suelo, mientras Connors en su mente gana diciendo que es hora de despertar, volviendo a su estado humano, sin brazo y desmallándose, Toomes al ver esto decide llamar a sus robots, pero Black Cat le pisa la mano y destruye su control.

Con todo acabado, la policía se dirige a Horizon Labs, Spider-Man y Black Cat se llevan a Connors, mientras Toomes es encontrado de cabeza enredado por telarañas con una nota que dice: "Aquí les entrego al Buitre, cortesía de su vecino amistoso, Spider-Man", ya despierto, Connors se reúne con su familia y agradece a Spider-Man su ayuda, prometiendo no investigar sobre lagartos de nuevo, de vuelta en casa, Mary Jane agradece a Black Cat su ayuda mientras esta se va diciendo que buscara su propia aventura, al irse Peter y Mary Jane se abrazan cariñosamente, en la mañana, la gente se calma con el fin del terror publicándose que el Lagarto fue destruido por el antídoto esparcido, ocultando Peter que Connors fue el Lagarto para no destruir su reputación, Connors declara en televisión que el Lagarto lo secuestro a el primero y luego a su esposa para obligarlos a participar en su plan, continuando enseñando normalmente en la universidad, y aunque no tenga un brazo, es feliz con su familia, Toomes en Ravencroft solo piensa el día en que salga para vengarse de Spider-Man, Alistair es arrestado por conspiración y Michael se hace nuevo jefe de Horizon Labs, Peter finalmente decide ir con Mary Jane al departamento de su tía para contarle todo, respondiendo esta que siempre lo supo y que lo sospechaba por sus misteriosas desapariciones, y que solamente tenga cuidado, tras la visita Peter y Mary Jane caminan por la calle tranquilamente hasta llegar a casa, Peter piensa en sacar el anillo para proponerle matrimonio, pero surge otra emergencia, dándole Mary Jane un beso y que los atrape, Peter sonríe, guarda el anillo y va a la acción, balanceándose Spider-Man de noche por Manhattan.