Những lợi ích của hội nhập kinh tế đã rõ ràng. Tuy nhiên, bên cạnh những mặt thuận lợi ấy, quá trình hội nhập kinh tế quốc tế cũng đặt ra 6 thách thức to lớn.

Một là, cạnh tranh trở nên quyết liệt hơn. Cạnh tranh không chỉ giữa doanh nghiệp nước ta với doanh nghiệp các nước trên thị trường nước ngoài để xuất khẩu hàng hóa và dịch vụ mà cạnh tranh ngay trên thị trường trong nước. Điều đó gây sức ép không nhỏ đối với nhiều doanh nghiệp, nhất là những doanh nghiệp đã quen với sự trợ giúp của Nhà nước, những doanh nghiệp có tiềm lực tài chính và công nghệ yếu kém mà tình trạng này lại khá phổ biến ở doanh nghiệp nước ta.

Hai là, hội nhập kinh tế quốc tế với sự chuyển dịch tự do qua biên giới các yếu tố của quá trình tái sản xuất hàng hóa và dịch vụtiềm ẩn nhiều rủi ro, trong đó có cả những rủi ro về mặt xã hội.. phải tạo dựng được môi trường để quá trình chuyển dịch cơ cấu và bố trí lại nguồn lực diễn ra một cách suôn sẻ, với chi phí thấp.

Ba là, hội nhập kinh tế quốc tế đang đặt ra những yêu cầu hết sức cấp bách cho việc bổ sung và hoàn thiện thể chế. Trước hết, phải liên tục hoàn thiện môi trường kinh doanh để thu hút đầu tư và phát huy mọi tiềm lực của tất cả các thành phần kinh tế. Đồng thời không ngừng hoàn thiện các quy định về cạnh tranh để bảo đảm một môi trường cạnh tranh lành mạnh và công bằng khi hộp nhập.

Bốn là, hội nhập kinh tế quốc tế cũng đã làm bộc lộ nhiều bất cập của nền hành chính quốc gia. Do một trong những nguyên tắc chủ đạo của WTO là minh bạch hóa nên khi gia nhập WTO, nền hành chính quốc gia chắc chắn sẽ phải có sự thay đổi theo hướng công khai hơn, minh bạch hơn và hiệu quả hơn. Đó phải là nền hành chính vì quyền lợi chính đáng của mọi người dân, trong đó có doanh nghiệp và doanh nhân, lấy người dân, doanh nghiệp, doanh nhân làm trọng tâm phục vụ, khăc phục mọi biểu hiện trì trệ, thờ ơ và vô trách nhiệm. Nếu không tạo ra được một nền hành chính như vậy thì chẳng những không tận dụng được các cơ hội do hội nhập kinh tế nói chung và việc gia nhập WTO nói riêng đem lại mà cũng không chống được tham nhũng, lãng phí nguồn lực.

Năm là, để bảo đảm tiến trình hội nhập đạt hiệu quả, bên cạnh quyết tâm về chủ trươn, cần phải có một đội ngũ cán bộ quản lý nhà nước và đội ngũ doanh nhân đủ mạnh. Đây cũng là một thách thức to lớn đối với Việt Nam do phần đông cán bộ của ta còn bị hạn chế về kinh nghiệm điều hành nền kinh tế mở, có sự tham gia của yếu tố nước ngoài. Nếu không có sự chuẩn bị phù hợp, thách thức này sẽ chuyển thành những khó khăn dài hạn rất khó khắc phục.

Sáu là, hội nhập kinh tế quốc tế dẫn đến sự hợp tác về an ninh và văn hóa. Đồng thời, việc mở cửa thị trường, mở rộng giao lưu trong điều kiện bùng nổ thông tin hiện nay, bên cạnh nhiều mặt tốt, những cái xấu cũng du nhập vào, đòi hỏi các cấp lãnh đạo, quản lý và mọi người dân phải nâng cao bản lĩnh chính trị, giữ gìn bản sắc văn hóa dân tộc nhằm nâng cao sức đề kháng, chống lại sự tha hóa, biến chất, chống lại lối sống hưởng thụ, tự do tư sản