Thoái hóa giống là hiện tượng sau 1 tgian đưa vào sản xuất  có biểu hiện sức sống kém dần, bộc lộ nhiều tính trạng xấu, năng suất giảm.

Nguyên nhân: do biến đổi về KG, do ảnh hưởng của MT làm xuất hiện các đb gen lặn có hại, khi ở trạng thái dị hợp tử chúng ko dc biểu hiện thành KH. Qua nhiều thế hệ, gen lặn có cơ hội thành đồng hợp tạo thành KH có hại.

Do giao phối gần ở động vật và tự thụ phấn ở những cây giao phấn làm cho tỉ lệ dị hợp giảm, đồng hợp tăng, trong đó các gen lặn có hại có cơ hội thể hiện.

Cách khắc phục: thường xuyên chọn lọc để loại bỏ các dạng bất lợi, đảm bảo tính đồng đều của giống. Không cho giao phối cận huyết và không cho tự thụ phấn bắt buộc đối với cây giao phấn. Khống chế sự biểu hiện KH của các gen lặn đột biến có hại (ss hữu tính để đưa gen lặn vào trạng thái dị hợp)