Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định tại Khoản 12 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp.

1. Doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi hoặc miễn thuế, giảm thuế); trường hợp có khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ không thể hạch toán riêng được thì khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ đó xác định theo tỷ lệ giữa chi phí được trừ hoặc doanh thu của hoạt động sản xuất, kinh doanh hưởng ưu đãi thuế trên tổng chi phí được trừ hoặc doanh thu của doanh nghiệp.

2. Không áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định tại Khoản 1, Khoản 4 Điều 4 và Điều 15, Điều 16 Nghị định này và không áp dụng thuế suất 20% quy định tại Khoản 2 Điều 10 Nghị định này đối với các khoản thu nhập sau:

a) Thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng quyền góp vốn; thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản, trừ thu nhập từ đầu tư kinh doanh nhà ở xã hội quy định tại Điểm d Khoản 2 Điều 15 Nghị định này; thu nhập từ chuyển nhượng dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền tham gia dự án đầu tư, chuyển nhượng quyền thăm dò, khai thác khoáng sản; thu nhập nhận được từ hoạt động sản xuất, kinh doanh ở ngoài Việt Nam;

b) Thu nhập từ hoạt động tìm kiếm, thăm dò, khai thác dầu, khí, tài nguyên quý hiếm khác và thu nhập từ hoạt động khai thác khoáng sản;

c) Thu nhập từ kinh doanh dịch vụ thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt theo quy định của Luật thuế tiêu thụ đặc biệt;

d) Các khoản thu nhập khác quy định tại Khoản 2 Điều 3 Nghị định này không liên quan đến hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế (đối với trường hợp đáp ứng điều kiện ưu đãi về lĩnh vực, ngành nghề quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định này).

3. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.

4. Trong thời gian được ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu trong năm tính thuế mà doanh nghiệp không đáp ứng đủ một trong các điều kiện ưu đãi thuế quy định tại các Khoản 7, 8 và Khoản 12 Điều 1 Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và quy định tại Điều này thì năm tính thuế đó không được hưởng ưu đãi thuế mà phải nộp thuế theo mức thuế suất 22% và doanh nghiệp có tổng doanh thu năm không quá 20 tỷ đồng quy định tại Khoản 2 Điều 10 Nghị định này nộp theo thuế suất 20%. Kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2016 mức thuế suất chung là 20%.

Đối với dự án đầu tư quy định tại Điểm đ Khoản 1 Điều 15 Nghị định này, trường hợp sau 03 năm kể từ khi được cấp phép đầu tư (không kể bị chậm tiến độ do nguyên nhân khách quan trong khâu giải phóng mặt bằng, giải quyết thủ tục hành chính của cơ quan nhà nước hoặc do thiên tai, hỏa hoạn được cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư chấp thuận, báo cáo Thủ tướng Chính phủ phê duyệt) hoặc năm thứ tư kể từ năm có doanh thu mà dự án đầu tư của doanh nghiệp không đáp ứng các điều kiện nêu tại Điểm đ Khoản 1 Điều 15 Nghị định này thì không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, đồng thời doanh nghiệp phải kê khai, nộp số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp đã kê khai hưởng ưu đãi của các năm trước (nếu có) theo quy định của pháp luật và không bị coi là hành vi khai sai theo quy định của pháp luật về quản lý thuế. Trong thời gian hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu có năm tính thuế mà doanh nghiệp không đáp ứng đủ một trong các điều kiện ưu đãi thuế quy định tại Điểm đ Khoản 1 Điều 15 Nghị định này thì năm đó doanh nghiệp không được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

5. Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế quy định tại Khoản 1, Khoản 3 Điều 15 và các Khoản 1, 2 và 3 Điều 16 Nghị định này là dự án thực hiện lần đầu hoặc dự án đầu tư độc lập với dự án đang thực hiện, trừ các trường hợp sau:

a) Dự án đầu tư hình thành từ việc chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi hình thức doanh nghiệp theo quy định của pháp luật;

b) Dự án đầu tư hình thành từ việc chuyển đổi chủ sở hữu (bao gồm cả trường hợp thực hiện dự án đầu tư mới nhưng vẫn kế thừa tài sản, địa điểm kinh doanh, ngành nghề kinh doanh của doanh nghiệp cũ để tiếp tục hoạt động sản xuất kinh doanh).

Dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế theo quy định tại Điều 15, Điều 16 Nghị định này phải được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy phép đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đầu tư. Trường hợp dự án đầu tư trong nước có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng Việt Nam và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện mà gắn với việc thành lập doanh nghiệp mới thì hồ sơ để xác định dự án đầu tư là giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp.

Thủ tục thực hiện ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Doanh nghiệp tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ (-) vào thu nhập tính thuế để tự kê khai và tự quyết toán thuế với cơ quan thuế.

Cơ quan thuế khi kiểm tra, thanh tra đối với doanh nghiệp phải kiểm tra các điều kiện được hưởng ưu đãi thuế, số thuế thu nhập doanh nghiệp được miễn thuế, giảm thuế, số lỗ được trừ vào thu nhập chịu thuế theo đúng điều kiện thực tế mà doanh nghiệp đáp ứng được. Trường hợp doanh nghiệp không đảm bảo các điều kiện để áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn thuế, giảm thuế thì cơ quan thuế xử lý truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính về thuế theo quy định.