所有活着的人类，都是海里一条巨大的鱼；出生的时候他们从海的此岸出发。他们的生命就像横越大海，有时相遇，有时分开……死的时候，他们便到了岸，各自去各自的世界。

在天空与人类世界的大海相连的海洋深处，生活着掌管着人类世界万物运行规律的“其他人”。十六岁生日那天居住在“神之围楼”里的女孩“椿”，变作一条海豚到人间巡礼，被大海中的一张网困住，一个人类男孩因为救她而落入深海死去。为了报恩，她需要在自己的世界里帮助男孩的灵魂——一条拇指那么大的小鱼，成长为比鲸更巨大的鱼并回归大海。历经种种困难与阻碍，男孩死后终于获得重生，但这一过程却不断地违背“神”的世界规律而引发种种灾难。