1. ¿Quién soy? ¿Cómo llegue a serlo?-Tras haber estado fuera de Ciudad Gótica tres años tras la muerte de sus padres en su infancia, para aprender las mejores artes marciales y estrategias, y a pesar de las dudas que aún tiene en su mente, ayudado de su fiel mayordomo Alfred Pennyworth, haciéndose pasar como alguien fiestero y despreocupado, el joven Bruce Wayne regresa listo para limpiar su ciudad del crimen y corrupción que la ha asolado por décadas gracias al comisionado de policía corrupto Gillian B. Loeb. Para ello, bajo su nombrado alter ego heroico inspirado en los murciélagos, Batman, enfrentara en los muelles en su primera noche a Rupert Thorne, el don de la familia criminal más débil, junto a Hamilton Hill, el corrupto alcalde y sus sobornados jueces corruptos.

2. Manteniendo la pureza-Con Thorne exitosamente tras las rejas, tomándolo como un aviso de Batman, la policía, fiscales, jueces y políticos corruptos de Gótica están bajo alarma, queriendo descubrir quién es el nuevo justiciero para eliminarlo, pronto poniendo Loeb una gran recompensa por su cabeza. Sabiendo que debe tener mejor equipo y mejor traje por las ciertas fallas de la noche anterior, Bruce solicita la ayuda del administrador de Wayne Enterprises, Lucius Fox. Al inicio no muy convencido de lo que hace Bruce por las noches, cambia de parecer cuando casi es víctima de Anarky, un anarquista y supremacista blanco enmascarado, al creer que tiene una relación con Leslie Thompkins.

3. El último banquete-La captura del peligroso Anarky y su banda de neo nazis le da una imagen más positiva a Batman a la población gótica, para cólera de Loeb y sus aliados. Mientras, viendo en Batman la oportunidad para limpiar la policía de la corrupción, y a pesar de no aprobar su vigilantismo, el inspector Jim Gordon contacta con él, ayudado de su amigo Harvey Bullock, pese a no gustarle tanto la idea a este. A pesar de la desconfianza inicial, Batman pronto ve que Jim y Bullock no son como los otros policías, volviéndose sus infiltrados y aliados a la hora de descubrir donde residen Carmine "El Romano" Falcone, un sádico jefe de la mafia encargado de la prostitución de la ciudad, Salvatore "Sal" Maroni, otro jefe mafioso productor de drogas, y Lew Moxon, que cubre un anillo de protección en Gótica, para planificar un ataque al condominio donde se reunirán.

4. El Culto-Estando Falcone, Moxon y Maroni fuera, Loeb se siente cada vez más preocupado que su poder esté en peligro. Mientras, Alfred le insiste a Bruce que aprenda a ser más paciente y analítico en las situaciones al ver lo muy impulsivo que ha sido desde que regreso a Gótica. Un consejo que no solo le servirá a Bruce toda la vida, sino que será crucial en su supervivencia en la iglesia de Joseph Blackfire, un demente y corrupto reverendo aliado de Loeb que ha atraído a Batman a su trampa al secuestrar con sus fanáticos a Harvey Dent, uno de los pocos fiscales honrados que aún quedan en la ciudad, a pesar de sus problemas de ira, para ser sacrificado para "calmar" la ira de Dios.

5. El Círculo del Demonio-Teniendo a Dent como otro aliado en su lucha contra Loeb, a pesar de tampoco gustarle sus actividades, manteniéndose en las sombras y como un misterio, la reputación de Batman ha continuado mejorando. El siguiente paso de Bruce es limpiar el sistema de salud mental de la ciudad en garras de Simon Hurt, un demente psicólogo aliado de Loeb obsesionado con demonios, que ha estado liberando gente loca con certificados de sanidad falsos, así como deshaciéndose de los críticos del comisionado bajo acusaciones de locura. Infiltrándose como un enfermo más, Bruce descubrirá no solo su Círculo del Demonio, sino toda la verdadera obra de un psicópata que se hace pasar por cuerdo al torturar a sus pacientes con hipnosis y la palabra Zur En Arrh.

6. Trabajo de inteligencia-Con Hurt capturado, Loeb ha empezado a sospechar que alguno de los policías ha estado informando a Batman. Creyendo que es Jim por ser el único honrado entre tanta corrupción, le encarga a su compañero corrupto, el xenófobo y racista como experto en inteligencia policial Arnold Flass, el vigilarlo. Salvando a Jim de un grupo de matones en motocicleta, liderados por Flass en secreto, Batman y él deberán realizar un trabajo de contra inteligencia para evitar que Flass descubra su alianza, incluido pelear con él en plena nieve cuando toma de rehenes a Sarah y Bárbara, esposa e hija de Jim.

7. Guerra declarada-Ahora que Flass está tras las rejas, como dispuesto a testificar contra Loeb, aunque más por amenaza de Batman, desesperado, desea contactar a un asesino a sueldo realmente temido como de creencia mítica obsesionado con mantener en equilibrio el bien y el mal; Equinox. Afortunadamente para él, tal figura ya se había interesado en Batman desde su primera aparición, habiéndolo estado observando. Por primera vez, el ahora nombrado Caballero de la Noche enfrentara a un rival que pondrá a prueba tanto su mente como su cuerpo y fuerza física, al hacerlo dudar de sus intenciones y el por qué se convirtió en Batman. A su vez, Loeb empieza a sospechar que Harvey podría ser Batman, mientras Sarah sospecha que es Bruce.

8. Oscuro amanecer-La anterior pelea de Batman y Equinox ha hecho que el primero quede atrapado en un edificio en llamas. Habiendo puesto Loeb anteriormente el toque de queda para atraparlo, el corrupto líder de los SWAT Howard Branden aprovechara la oportunidad para cazarlo junto a su equipo, aunque más por el dinero que por el deber policial. Sin embargo, lo que no sabe es que ha caído en la trampa de Batman, pronto emboscándolo con una enorme bandada de murciélagos gracias a un nuevo dispositivo que también usa para escapar. Justo a tiempo, Bruce hace ver que estuvo en Suiza para borrar las sospechas de Jim y Sarah de que es Batman.

9. Amigo en peligro-Con Branden también, aunque forzado, dispuesto a testificar contra Loeb, las cosas parecen mejorar en Ciudad Gótica. Sin embargo, esa ilusión se desvanece cuando hace acto de presencia un cruel asesino serial que está buscando venganza contra Gordon y su familia. Investigando, Batman descubre que se trata de su hijo mayor Jim Gordon Jr. que por sus claras conductas psicopáticas fue internado en Ciudad Central hace años. Contra el reloj, tendrá que descubrir donde está exactamente antes que haga algo realmente malo con su hermana Bárbara, de la cual ha estado bastante obsesionado incestuosamente. Mientras, en la estación de policía, Harvey y Loeb se enfrascan en una batalla física por la insistencia del segundo que el primero es Batman.

10. Manteniendo el equilibrio-Fuertemente sospechando que Harvey es Batman, en base a su actitud extraña y la buena pelea que le dio en su encuentro anterior, violando reglas constitucionales, Loeb lo pone bajo arresto domiciliario y lo obliga a vestir un disfraz del vigilante para corroborar sus sospechas. Debiendo demostrar indirectamente que el fiscal no es Batman, Bruce no solo volverá a ser perseguido por la policía, sino por Equinox que ha regresado para continuar su batalla, ahora por iniciativa propia, aunque nunca pidió dinero con anterioridad, estando Batman más seguro de lo que es. Batman también tendrá su primera confrontación con Loeb en la casa de Dent, habiendo sido todo una trampa para intentar arrestarlo, terminando su batalla en un empate, por ahora.

11. El estafador estafado-Realmente desesperado por ver como todo lo que construyo se desmorona ante sus ojos gracias a Batman, Loeb toma medidas más radicales; disfrazar al demente hijo de Carmine, Alberto, como Batman, para así inculparlo de todo lo malo que realice. Sin embargo, su plan se vuelve en su contra cuando forma su propia identidad como Festivo, pronto amenazando al corrupto comisionado en rebelar todos sus trapos sucios si no le da lo que quiere, hiendo de cosas simples a absurdas. Por su impredecible personalidad, Batman realmente deberá ser más rápido que Festivo si quiere detenerlo.

12. Equilibrio logrado-La intromisión de Festivo, y a pesar de su muerte, ha dado pruebas físicas a Batman para finalmente encerrar de por vida y exponer a Loeb. Lastimosamente, un pequeño descuido de Bruce respecto a su paradero anoche también hace que empiece a sospechar que es Batman. Puesto bajo arresto domiciliario y vigilado por la policía, ayudado de Alfred y Leslie, que se encargan de los policías, deberá descubrir la manera de escapar de su propia casa para exponer a Loeb como el criminal que siempre ha sido, además de también resguardar la entrada a la Baticueva. Sin embargo, Batman también confrontará por última vez a Equinox, debiendo demostrarle que ya no tiene dudas sobre quién es y lo que hace.

13. Una nueva Gótica-Convencido Equinox que Batman no es el niño rico que hace lo que hace por diversión, placer u orgullo, le deja el paso libre para detener a Loeb, prometiendo que no es lo último que verá de él, desapareciendo. A punto de huir Loeb al aeropuerto conduciendo un camión de bomberos, gracias a la orden de arresto en su contra emitida por el gobernador, Batman estrena su nuevo vehículo, el Batimovil, para perseguirlo. Tras un forcejeo entre vehículos, asegurándose el Batimovil que el camión sin conductor no se salga de control, encima del camión, Batman y Loeb tendrán su pelea final como definitiva. Siendo una dura batalla, el Caballero de la Noche pone en práctica todo lo que ha aprendido para derrotarlo. Arrestado Loeb, Jiim es nombrado nuevo comisionado, terminando de limpiar la policía, también anunciando que colaborara con Batman. Viendo Ciudad Gótica una nueva era, un tiempo después de los sucesos, Batman se reúne con Jim en el tejado de la comisaría central para hablar sobre una nueva amenaza; el Monje Loco.