1. Juegos inocentes-Aun lidiando con el estigma de su madre, tras haber enviado a Dick a la vecina Bludhaven al haber visto que puede cuidarse solo, Batman junto a Batgirl están en un espantoso caso; dos peligrosos como escurridizos homicidas de casa en casa que se hacen llamar Tweedledee y Tweedledum, complicándose más todo cuando el Sombrerero Loco entre al juego en busca de su Alicia.

(Basado en Detective Comics #74)

2. El Trio Terrible-Combatiendo a un grupo de ladrones expertos que se hace llamar el Trio Terrible, los motivos que Batman cree que tienen dan un giro inesperado al descubrir que en realidad son tres mocosos psicópatas de la alta sociedad que solo roban por estar aburridos, aunque eso no les quita lo peligrosos. Mientras, Gordon se retira de la policía, sustituyéndolo Rene Montoya, que no confía tanto en Batman.

(Basado en Detective Comics #253)

3. Lobotomizado-Apareciendo gente asesinada de manera grotesca en diferentes puntos de la ciudad, tras apresar a un tal Mr. Toad, Batman y Batgirl enfrentarán su caso más bizarro al conocer al macabro Profesor Pyg, que utiliza su Circo de lo Extraño, Phosphorus Rex; Luciérnaga bajo una nueva identidad tras caerle hace tiempo un Isótopo de fósforo, Siam, Big Top y Flamingo, junto a sus macabras creaciones, los Dollotrons, para mantener a flote su red de películas snuff.

(Basado en Batman #666)

4. Mutación acelerada-Una viciosa pandilla de delincuentes deformes que se hace llamar Los Mutantes, liderados por el Líder mutante, empieza a aterrorizar la ciudad con sus crímenes extremos, obligando a Batman y equipo a usar por primera vez armamento pesado no letal para contenerlos, deseando mucho su sádico líder luchar cara a cara contra el murciélago.

(Basado en The Dark Knight Returns)

5. El rescate-Batman y Batgirl intentan poner fin al vil secuestro de un niño inocente de familia adinerada. Pero, de repente, todo el infierno se desata gracias al secuestrador, Killer Croc, más monstruoso que nunca, y la inesperada interrupción de Catwoman que hurta el maletín del rescate, a su vez, conocen a un huérfano de la calle llamado Jason Todd, al tratar de robar una llanta del Batimovil.

(Basado en Batman #608)

6. Murciélago en peligro-Yaciendo cerca de la muerte tras una feroz emboscada del Pingüino y Dos Caras al anteriormente tratar de perseguir a Catwoman, Batman indirectamente debe recurrir a la persona menos pensada para que lo ayude; el propio Jason, principalmente por el segundo al haber sido el ejecutor de su familia. Mientras tanto, Catwoman está siendo controlada por Hiedra Venenosa, que está en tratos con alguien desconocido.

(Basado en Batman #609)

7. Reunión de monstruos-Adoptando a Jason como un nuevo Robin, tras interrogar e impedir la fuga de Killer Croc en Arkham, el Espantapájaros vuelve al ataque ahora junto a Man Bat, Clayface y el Trio Terrible, mutados monstruosamente, en busca del dinero que tiene Hiedra, además del ultimátum puesto por Montoya en capturarlos hasta la medianoche o si no la policía ira tras él. Como Bruce, recibe la inesperada visita de un viejo amigo de la infancia, el neurocirujano Thomas Elliot, que anteriormente le salvo la vida al operarlo.

(Basado en Batman #610)

8. La ciudad en batalla-Habiendo aceptado tiempo atrás el hecho que Catwoman no es mala realmente, Batman y ella empiezan una relación informal, con la desconfianza de Batgirl y el nuevo Robin, el equipo sigue el rastro Hiedra Venenosa hasta Metrópolis, solo para descubrir que la ninfa tiene al Líder mutante y su pandilla bajo su control, como que Jason no es igual a Dick en muchos aspectos, principalmente en sus diferentes visiones respecto a la justicia.

(Basado en Batman #611 y 612)

9. Sangre negra-Tratando de unir los cabos de los últimos sucesos, Bruce y Selina tienen una cita en la ópera, siendo tomada por Harley Quinn acompañada de Tweedledee y Tweedledum, sospechando que el Joker puede estar detrás de todo al haber dejado invalida a Barbara tras dispararle, como en asesinar a Sarah Essen, descubriendo que en realidad está muriendo por una enfermedad degenerativa desconocida al secuestrar médicos y enviar su sangre para transfusiones, habiendo puesto su ojo en Jason por su actitud violenta, empezando a verlo Todd a escondidas al hacerle creer que el murciélago no lo valora.

(Basado en Batman #613 a 615)

10. Duelo en África-Con Nightwing ayudándolos, descubriendo que el Joker por transfusión de sangre le ha pasado su enfermedad, no gustándose con Jason, Batman secuestra a Talia para atraer a Ras al descubrir que están vivos y creer que está detrás, sin embargo, el problema es que ambos ya no se hablan, pronto enfrentándose al necrófago en África, mientras Barbara, ahora como Oráculo, le rebela su identidad a su deprimido padre para convencerlo que Batman necesita su ayuda, y Catwoman pelea con la peligrosa mercenaria contratada, Lady Shiva.

(Basado en Batman #616)

11. Red Hood-Habiendo descubierto Batman que alguien más ha usado un Pozo de Lázaro, preguntándose a donde se dirige Jason cuando no está cerca a ellos, Nightwing descubre su alianza con el Joker, con Todd ahora lavado del cerebro como el violento Red Hood, el nombrado sucesor del Príncipe payaso del crimen en base a un aparente pasado suyo, rebelando que siempre ha sabido que Bruce Wayne es su enemigo.

(Basado en Batman #617 y 618)

12. Hush-Aun enfrentando la traición de Jason, Oráculo finalmente ata todos los cabos al mostrar un mensaje decodificado del dispositivo electrónico hallado en la computadora de la Baticueva, reencontrándose Batman en un puente con el asesino de sus padres, Joe Chill, sin embargo, rebela que siempre ha estado arrepentido de todos sus crímenes y que nunca los busco, y pese a que el Caballero de la Noche lo perdona, es asesinado por la mente maestra detrás de todo, Hush, el propio Elliot que ha estado resentido contra Bruce por ser huérfano y el no.

(Basado en Batman #619)

13. La cura-Descubriendo que el Acertijo uso el pozo de Ras, poniéndolo en su lugar en Arkham al hacer que no rebele su identidad por su propia cordura y los problemas que tendría con los necrófagos, Batman enfrentará al Joker por última vez en un teatro tras capturar a Catwoman como por la cura hecha por Hush, al haberse cansado de jugar con él al estar a punto de morir, también enfrentando a Red Hood como a Clayface. Con la muerte del Joker, suicidándose Harley, Batman no está seguro si eso traerá una nueva era de paz o, por el contrario, terminando con Catwoman al ver que no pueden estar juntos.

(Basado en el final de Batman Arkham City y Batman: Under the Red Hood)