1. El jardín de Perry Plume-Poco tiempo después de lo acontecido con Scarlet Beauregarde, Charlie junto a Violeta y su familia se han refugiado en Oompalandia para evitar el acoso de la prensa como de la gente promedio de Wonkaville, colaborando en construir varias maquinarias en caso de un posible ataque. Continuando Charlie la investigación del abuelo Joe respecto a la pérdida de memoria de los Oompa Loompas ayudado de Roy y Violeta, parece realmente un laberinto sin salida al no tener ninguna idea de que pudo causar el desmemoramiento masivo. Avistando los Oompa Loompas unas hadas que creían extintas, descubrirán que es obra de Marvin Prune, un vanidoso y narcisista joven naufrago que fue seleccionado para ser el rey de esas hadas por encajar con su ideal de belleza, queriendo ahora que Violeta sea su reina

2. Bienvenidos a Minuslandia-Sin ninguna pista a la vista de la pérdida de memoria, Charlie seriamente ha estado planteándose abandonar la investigación sin rumbo. Sintiendo que algo malo viene, Wonka ha estado más activo que nunca, incluso comunicándose con los demás. Los problemas regresan cuando una estricta exploradora que odia la diversión y todo lo que cause felicidad llamada Miranda Piker se presenta con el objetivo de estudiar las extrañas especies de la isla, pidiendo ayuda a Charlie y familia para hacer su trabajo, tendiéndoles una emboscada en donde gracias a su magia los reduce de tamaño, debiendo ahora sobrevivir a los horrores microscópicos de la isla en Minuslandia para recuperar su tamaño normal y evitar que Miranda se lleve muestras vivas del lugar.

3. Exploración en México-Nuevamente en su tamaño normal, Charlie está intrigado al respecto de las palabras de Piker sobre una campaña de reclutamiento. Eso mismo le hace recordar a Violeta que su madre una vez le conto sobre unas brujas que son horribles demonios femeninos que buscan matar a niños humanos, confirmándolo Wonka al haber peleado con ellas años atrás, como sus anteriores avatares. Con la pista de Piker en México, Charlie acompañado de Violeta, sus padres y abuelas se embarcan con el adaptable Wonkamovil. Una vez allí, además de reencontrarse con Veruca, Augusto, Matilda y Miguel, diciendo que cosas raras han estado pasando también en donde se quedaron, descubren que las Brujas están haciendo una campaña de reclutamiento a nivel mundial con mujeres de corazón muy oscuro al estar muy debilitadas sus filas, empezando con la rebelde Frida Pascual, dándole habilidades basadas en la mítica Catrina.

(Nota-Frida Pascual es un OC creado por MrLegendXD en su adaptación propia del libro)

4. Conexiones-Con su primera bruja reclutada, las Brujas se dirigen hacia Inglaterra, más que nada a Wonkaville. Debiendo regresar a donde lo odian, las Brujas ahora reclutan a Tronchatoro, liberándola de prisión, asesinando a la familia de Matilda al ya no serles de utilidad, teniendo su tenso reencuentro con la joven ahora con poderes bastante similares, además de Scarlet que desea separar a Charlie y Violeta. A su vez, se presenta Hamlet, un chico afro británico mitad ratón que ha estado viviendo en las alcantarillas junto a sus mascotas William y Mary tras haber sido convertido por las Brujas con la muerte de su abuela, buscando la manera de regresar a ser humano. En base a los acontecimientos, Wonka ha empezado a recordar ciertos sucesos anteriores a la pérdida de memoria, pareciendo indirectamente conectar con William, el padre de Charlie, pensando que él pudo ser otro avatar de Wonka en un pasado.

5. El Gran Aquelarre-Sabiendo por lógica como por palabra de Wonka que deberán estar bien preparados para derrotar a las Brujas, empezando a recordar más sucesos de su vida. Hiendo a Australia al saber que Angina Salt seria la próxima bruja que buscarían, dándose cuenta que varias características de Hamlet encajan con el Señor Zorro y los demás animales antropomórficos, descubren que las Brujas los convirtieron en ello, y que han secuestrado a Bruno Jenkins, un mimado joven obeso y rico bajo la excusa de darle chocolate, convirtiéndolo en otro hibrido. Reuniéndose todas las brujas reclutadas y existentes en un hotel, presentándose en persona la Gran Bruja de todo el mundo, rebelando una pócima para convertir a todos los niños en ratones para así ser sacrificados indirectamente por las personas al matarlos.

6. Traición no vista-Después de localizar a Bruno, el grupo sugiere darle la vuelta a las mesas de las brujas deslizando la poción en su cena. Con muchas dificultades, entran a la cocina y vierten la poción en la sopa de guisantes verdes para las Brujas, confrontando a un minimizado Turkentine como cocinero, además de Scarlet, Tronchatoro, Angina, Miranda y Scarlet. El plan funciona, convirtiendo a todas las brujas en ratones en minutos, matándolas a pisadas a todas. Creyendo que han ganado, sucede lo impensable; Matilda se corona como la nueva Gran Bruja, rebelando que poco tiempo antes la habían reclutado al rebelarle que sus habilidades eran producto de ser descendiente de una, además de rebelar que la abuela Georgina era una bruja, advirtiendo que no quiere hacerles daño y que se vallan o paguen las consecuencias.

7. Remordimientos-Habiendo regresado a casa, se idea un plan para librar al mundo de las Brujas. Haciéndose pasar Miguel por el jefe de policía de Noruega por teléfono, descubren que la Gran Bruja vivía en un castillo en ese país. Georgina explica que en efecto fue una bruja, pero que cambio su camino tras conocer a George, habiéndolo sabido el también como William. Aun así, a Charlie le está costando procesar todo lo acontecido, sintiendo que todos le han estado ocultando cosas. Viajan al castillo noruego de la Gran Bruja, teniendo Charlie una confrontación directa con Matilda, rebelando que lo hizo por querer crear un mundo donde obtuviera todo lo que deseaba; una familia que la quisiera, esparciendo los demás la poción para convertir a los sirvientes en ratones para destruirlos. Derrotada, no sin antes quitarle la vida a Georgina, Matilda desaparece del ojo público al traer Veruca y Augusto a Jennifer que logra calmarla. Resultado de todo, Wonka finalmente ha recordado todo; años atrás con un avatar muy anterior a Joe, en su afán de intentar encerrar a las Brujas, acompañado de los Oompa Loompas y los gigantes, Wonka desmemorió a todos incluido el mismo para evitar que resurgieran, teniendo algo más que haberlas liberado, además de en realidad haber sido Hellen otra Wonka y no William. Aceptando que no volverán a ser humanos, William y Hamlet deciden quedarse con el Señor Zorro y amigos.

8. Un nuevo horizonte-Pese a que las Brujas han sido derrotadas, un nuevo problema se presenta cuando aparece un desastre dimensional resultado de su liberación. Miguel teoriza que varias criaturas desconocidas de otros universos fácilmente podrían llegar al suyo gracias a ello. Su palabra se cumple cuando una versión diferente de Miguel con habilidades telepáticas se presenta buscando venganza contra Charlie y Wonka. Siendo bastante poderoso para detenerlo, pronto el ser se da cuenta que ha caído en un mundo diferente al suyo, que además de dejar más confundidos al grupo, no parece importarle para llevar a cabo algo que ha estado planeando desde que fue atrapado hace tiempo.

9. Espejos vivientes-Habiendo descubierto gracias a su Miguel que existen más versiones de ellos en otras realidades, viniendo el otro Miguel de una de ellas, teoriza que es muy probable que otras versiones de ellos están perdidas en su universo, teniendo que buscarlas para evitar un mayor desastre dimensional. Muy pronto, los chicos, a excepción de Charlie, se ven envueltos en batallas con sus yos de 1971, 2005 y 2013 al estar ellos también confundidos sin saber que ha pasado y menos donde están, además de contar con habilidades similares a las suyas. Mientras, sintiendo culpa que no pudo salvar a su abuela paterna, Charlie se auto exilia pese a las protestas de Wonka. Sintiendo culpa, Matilda ha tenido remordimientos en cómo le fallo a Jenny por sus afanes egoístas.

10.Invasión-Estando en paz los chicos con sus versiones alternas, conociéndose más viendo que son el mismo pese a la apariencia y universo diferente, poniéndolos al día al respecto de lo que paso con Miguel 05 en el universo 05, junto a los estragos que ha causado en el universo 71 y 13, además de lo que paso antes de ello, la nueva preocupación es averiguar dónde está Miguel 05, pronto presentándose con una gran invasión de los Vermicious Knids desde el espacio exterior liderados por su tirano rey, ahora con trajes especiales que les permiten vivir en la tierra cortesía de ese Miguel. A escondidas de la gran batalla, Miguel 05 ha estado buscando el universo clave de todo el multiverso.

11.Hablando conmigo mismo-Con la invasión detenida y el rey aniquilado, no sabiendo nada de Charlie, preocupando a sus padres y abuela como amigos, los chicos en su lugar encuentran a Charlie 71, Charlie 05 y Charlie 13. Reuniéndose ambos con sus respectivos compañeros, deciden hablar con Charlie, encontrándolo en su vieja casa en Wonkaville al saber dónde querría alejarse de todo al ser él. Expresando que tiene muchos deseos de matar a Matilda, le hacen entender que mientras se encierre en la venganza no obtendrá nada, poniendo sus propias experiencias similares como ejemplo, Charlie regresa a la acción. Preparándose todos para la gran batalla contra Miguel 05, los Charlies se conocen más; Charlie 71 ya está casado con su Violeta, mientras que Charlie 05 estaba a punto de hacerlo con la suya antes de que ocurrieran los sucesos, y Charlie 13 ha querido proponerle matrimonio a la suya, además de interactuar con el Wonka espíritu. Mientras, Miguel 05 recluta a Turkentine, Priest y Fickelgruber del 71, como a Slugworth 05 ahora como un monstro de algodón de azúcar, Boggis, Bunce y Bean 05 y Fleshlumpeater 05, además de Jacob, Wilbur, ahora como un monstruo de chocolate obsesionado con asesinar a Charlie, y Han, deseosos de venganza contra Wonka, como a Matilda, obligándola a participar al tener capturada a Jenny.

12.Batalla multidimensional-Citando a Miguel 05 a una cantera abandonada, la batalla final se desata entre los Charlies, sus respectivos amigos y su familia contra Miguel 05, Turkentine, Priest, Fickelgruber, Slugworth, Boggis, Bunce, Bean, Fleshlumpeater y Matilda, además de los drones de Miguel 05. Los Augustos son los encargados de darle fin a Turkentine 71. Las Violetas se encargan de Priest 71. Las Verucas destruyen a Fickelgruber 71. Los Miguels destruyen a Slugworth 05. Boggis, Bunce y Bean son liquidados por William, Hellen y Josephine. Fleshlumpeater deja de existir gracias a los Jacobs. Los Charlies hacen frente al Jacob de esa dimensión, Han y Wilbur. Charlie 71 destruye a Wilbur. Charlie 05 derrota a Han. Y Charlie pelea contra Jacob y Matilda, desertando la segunda tras contarle que Miguel 05 tiene a Jenny como rehén, salvándola Roy y los Oompa Loompas como refuerzos que destruyen los drones. Presintiendo Charlie 05 y sus amigos que su Miguel está planeando realmente algo malo al no haber estado presente en la pelea, Charlie recuerda sus palabras de buscar el universo original, Gracias a esa pista, finalmente descubren lo que Miguel 05 quiere hacer; eliminar a las versiones originales de Charlie y Willy del universo base que creo sus universos.

13.El universo original-Gracias a sus ingenios e inteligencias juntas, sabiendo que el multiverso está a punto de colapsar si no detienen a Miguel 05, los Charlies logran armar un portal que los lleva al universo donde empezó todo, no pudiendo acompañarlos los demás por estar demasiado débiles para continuar, prometiéndoles a todos, especialmente a sus Violetas, que regresaran. Charlie también perdona a Matilda. Una vez en el universo original, además de estar un poco desubicados como sorprendidos de lo diferente que es al ser más caricaturesco, los Charlies logran dar no solo con el Charlie original, sino con el Willy Wonka original. Tratando de explicarles que su existencia está en peligro, ambos se niegan a creerles hasta que Miguel 05 ataca, estando realmente impotentes con sus habilidades que superan su tecnología con mucha diferencia, llegando a poner orden ciertas personas que nunca esperaron ver; las versiones de Wonka del 71, 05 y 13, que ya se habían perdido en ese universo, trayendo a los chicos de la gira originales como refuerzos para sorpresa del Charlie original. Pese a intentar hacerle entender que si elimina al Charlie y Wonka originales el también dejará de existir, a Miguel 05 no le importa acabar con si mismo con tal de darle fin a las personas que más odia en todo el multiverso.

14.Un sacrificio por todos (Final de la serie)-Con Miguel 05 derrotado para siempre gracias a la intervención de Jacob que se había colado, el último de sus problemas radica en el quiebre de las realidades producto de tener a tantas personas en una dimensión. No teniendo ninguna solución a la vista al haber fallado intentar cerrar los portales dimensionales, con tal que la vida de su familia y amigos se mantenga igual hasta ese punto, Charlie está dispuesto a hacer que todos los olviden con tal que eso no haya pasado. Sin embargo, Jacob es el que da su vida para cerrarlos, disculpándose por los problemas causados, habiendo entendido que no fue culpa de nadie lo que le paso. De esa forma, las versiones alternas regresan a sus mundos, despidiéndose cada personaje de su versión, comprendiendo que es mejor que todo sea así. Tiempo después, Charlie y Violeta contrajeron matrimonio, habiendo logrado comprar la ex fábrica de Slugworth junto a sus amigos, llenándola de todo tipo de secciones fascinantes inspiradas en lo que los Charlies le relataron de sus dimensiones, pensando en hacer alguna vez un concurso de boletos dorados para encontrar su sucesor, sabiendo Wonka que él lo sabrá una vez lo sienta. El Charlie original finalmente logra amistarse con sus compañeros de gira. En el mundo real, en 1964, Roald Dahl da los toques finales a su nueva novela Charlie y la Fábrica de Chocolates, con la esperanza de que el libro se venda, antes de salir a comer chocolate.