1. El principio del fin-Tras haber sido adoptado por el Dr. Ishiro Serizawa por la muerte de sus progenitores, el problemático joven de 25 años con poderes que aún no comprende del todo, Gojira, llamado comúnmente Godzilla, ha crecido dentro de la Global Defense Force (GDF), organización encargada de monitorear, rastrear y contener fenómenos sobrenaturales y paranormales. Castigado por una última pelea, sin querer descubrirá el complot de una misteriosa organización para robar armas nucleares con fines siniestros.

2. Batalla en el Ártico-Tras haber interrogado al último hombre, un ser robotizado que usa motosierras intercambiables como armas, respondiéndole en un idioma completamente desconocido antes de suicidarse, a escondidas de Serizawa, Godzilla se aventurara en el Ártico donde nuevamente se encontrará con dichos hombres, como con Anguirus, joven surcoreano también con habilidades especiales que igualmente ah estado buscando respuestas, desatándose pronto la batalla al creer que el japonés está con dicha organización.

3. Furia voladora-Tras desbaratar la organización en el Ártico, ganando a Anguirus como su primer amigo tras aclararse el mal entendido, el dúo ahora se dirige a México al descubrir que otra base está movilizando sus soldados para recolectar muestras de un mineral desconocido similar a un cristal, entrando pronto en conflicto con el rápido y escurridizo Rodan, la encarnación del dios azteca Quetzalcóatl, como con su principal enemiga, la peligrosa Megaguirus.

4. La Isla Infant-Con Rodan formando parte del grupo, le siguen el rastro al ahora identificado Bambo Rojo, organización terrorista de tendencia anárquica radical, a una desconocida isla en el océano pacífico, la Isla Infant. Al llegar, no solo Godzilla tiene un nuevo choque con Gigan, el tipo que interrogo, sino con los nativos dirigidos por su reina, Mothra.

5. El Reino Kasai-Viendo que Godzilla y compañía no son el enemigo, y pese a su aún desconfianza hacia Gojira, Mothra decide acompañarlos a descubrir que planea el Bambo Rojo, dirigiéndose esta vez a África, exactamente al oculto Reino Kasai, atravesando la inusual fauna y flora, tratando de advertir a su monarca, Gorosaurus, que no cree en la historia, viéndose obligado Godzilla a luchar contra él para ganarse la confianza del reino.

6. La burbuja tóxica-Reforzando Gorosaurus la seguridad de su reino al ver que ya no están seguros, Serizawa finalmente se ah enterado de la aventura de su hijastro, pero, pese a la molestia inicial, le permitirá seguir con el caso, ordenándole regresar a Tokio con sus compañeros, justo en el momento de la visita del ala estadounidense de la GDF, Monarca, encabeza por el antipático Mark Russell, que guarda un odio hacia todo lo sobrenatural. A su vez, se reportan avistamientos de un ser hecho de fango que ha estado absorbiendo todo lo contaminante, llamándosele pronto Hedorah.

7. Oportunidad oceánica-En medio de las tensiones de Gojira y Mark, el líder del Bambo Rojo, Alan Jonah, anuncia que el fin de los tiempos se acerca y que ni se molesten en buscarlo, dejando a todos pensativos a que se refiere. Mientras, el emperador de Seatopia, Megalon, viendo que la humanidad está ocupada en otros temas, ve la oportunidad perfecta para atacar a la superficie, empezando en India, contratando además a Gigan, poniéndose en acción la llamada obra maestra de Serizawa, Jet Jaguar.

8. Asalto a ocho pares-Relacionando todo lo que saben hasta ahora, la sede de la GDF es sorpresivamente atacada por dos misteriosas ladronas profesionales, Kumonga y Kamacuras, para entregárselo al Bambo Rojo, complicando la tarea de defender el lugar por sus inusuales habilidades. En Seatopia, Alan se presenta ofreciéndole su ayuda a Megalon a cambio de su tecnología, viéndose también que ha estado hablando con un ser desde otro planeta.

9. Intenciones ocultas-Habiéndose hurtado el Orca, Serizawa rebela que es un aparato prototipo que serviría para rastrear y quizá controlar a los que la GDF ha llamado Kaiju, humanos que nacen con poderes, tomando como inspiración las antiguas historias de monstruos gigantes, aunque nunca le gustó la idea. Molesto con su padrastro, Godzilla y Rodan enfrentarán nuevamente a Megaguirus en Perú al buscar sobrevivientes de su raza.

10.Terror en África-Gorosaurus pide ayuda a la GDF cuando su reino es atacado por Megalon. Sin embargo, no es el único problema, ya que Hedorah en Mombasa, Kenia, ha estado absorbiendo mucha contaminación, haciéndose más fuerte. El equipo se divide en dos; Godzilla y Mothra irán tras Megalon, mientras que Rodan, Anguirus y Jet Jaguar se ocuparán de Hedorah.

11.Larga vida al rey-Ahora sabiendo donde está el cuartel general del Bambo Rojo tras interrogar a Megalon, Godzilla y compañía, acompañándolos Jet Jaguar al querer probar que es más que un androide de pelea, se dirigen hacia allá para acabar con el plan de Jonah, ahora Ebirah tras mutarse en su afán de querer acabar con el responsable de matar a sus hombres, rebelando que el robo de material nuclear solo era una distracción para, por medio del Orca alimentado de los cristales, traer a la tierra al fin de los tiempos; el conquistador intergaláctico, King Ghidorah.

12.El rey del terror parte 1-Pese a haber acabado con Ebirah, es tarde; King Ghidorah está en la tierra junto a su gran ejército xiliano, recibiéndolo su segundo al mando Gigan, presentándose en San Francisco causando muerte y terror en su afán de conquistar el planeta para su gente. Confrontándolo Godzilla, siendo mucho para él, la GDF y Monarca se encaminan a su más grande batalla hasta el momento, uniéndose Kumonga y Kamacuras al combate al no haber sabido que lo que hurtaron causaría el fin, como Gorosaurus con sus guerreros.

13.El rey del terror parte 2-Acompañado de sus compañeros, la balanza se inclina en favor de Godzilla y la GDF, acorralando al temible King Ghidorah al destruir el Orca que trae a sus tropas, acabando Mothra con Gigan, justo lanzándose la nueva arma de la organización, el Destructor de Oxígeno, que acaba con su vida, como debilitando a Godzilla. Por su parte, a escondidas, Mark se ve con un contrabandista que le muestra algunos cristales en buen estado, respondiendo que los quiere todos.