1. Con la calma viene la tormenta-Un año después del incidente de San Francisco, la opinión pública está dividida respecto a los Kaiju, habiendo gente a favor como en contra suya. Para empeorar las cosas, una lluvia de cristales azota el planeta, desatando cambios climáticos. Sin embargo, pese a juntarse nuevamente el Equipo Goji, oficialmente no pueden investigar el caso por ser Mark el nuevo líder de Monarca, viéndose obligados a hacerlo a escondidas, enfrentando a los Shockirus y Matango, piojos y hongos mutantes crecidos producto de los cristales.

2. Ciencia corrupta-Estudiando el retirado Serizawa los cristales, se reporta la aparición de un ser capaz de controlar la flora en París, Francia. Lo peor no es eso de la nombrada Biollante, sino su relación con Godzilla al ser un intento previo de clonarlo por el Bambo Rojo. Mientras, Monarca descubre el uso energético de los cristales, mucho más potente que cualquier fuente de energía existente, llamando mucho la atención de Russell.

3. Yin y yang-Biollante ha desaparecido tras su último encuentro. Mothra tiene sus propios problemas en la Isla Infant al reclamar su rencoroso hermano mayor, Battra, aliado con un viejo enemigo de su hermana, Dagahra, queriendo venganza por destruir la isla su civilización, el trono que dice ser legítimamente suyo, al haber sido expulsado por romper una de las reglas de la isla; el no matar por que sí. Pese a que la reina intenta que los demás se alejen por ser un problema personal, Godzilla no puede evitar interferir, considerándolo Battra también su enemigo.

4. Ambiciones-Serizawa descubre que los cristales no solo son una fuente de energía, sino que contienen propiedades que mutan y alteran organismos, muchas veces amoldándose, corrompiéndolos en el proceso. Por eso mismo, Megalon vuelve a causar problemas al tratar de usar los cristales para sus fines siniestros, teniendo Jet Jaguar su revancha. Privadamente, Mark ah estado más frustrado, deseando liberar al mundo de los Kaiju, especialmente de Godzilla.

5. El falso rey-Sabiendo que los cristales son un verdadero peligro, un nuevo problema aparece, de hecho, muy relacionado; el auto proclamado rey de los Kaiju, un ser idéntico a Godzilla de no ser por ser un poco más musculoso y sus cristales propios, el nombrado Spacegodzilla, demostrando ser un terrible enemigo por sus habilidades fuera de lo común al manipular y controlar los cristales como quiera.

6. Recuerdo del pasado-Recorriendo el mundo destruyendo los cristales, ayudados de la nueva creación de Serizawa, Moguera, no son los únicos que han causado estragos; tras haber sido detonado, los restos del Destructor de Oxígeno despertaron a una colonia de crustáceos prehistóricos que ha estado fusionándose con gente, creándose así el impredecible cambia formas Destoroyah, confundiendo a todos por no saber quién es quién, o si es el verdadero o falso. Además de eso, Godzilla ha estado debilitándose considerablemente.

7. El guardián de Okinawa-En Okinawa, la gente empieza a despertar completamente loca con resultados fatales. Por ello, una orden de monjes despierta al guardián mítico del lugar, el Rey Caesar, para hacerle frente a Gabara, un cruel ser antiguo capaz de meterse en los sueños de las personas para enloquecerlas, alimentándose en el sádico proceso.

8. Formando alianzas-Aunque la orden de captura de Mark complica las cosas, el equipo Goji no se da por vencido, pronto cruzando camino con Caesar al ver el peligro en general, haciéndole frente a los potenciados Hedorah y Megaguirus en Río de Janeiro, Brasil. A su vez, Spacegodzilla se le presenta a Battra y Dagahra, ofreciéndole ser su segundo al mando al expresar que son bastante parecidos, aceptando con la única condición de no dañar más el planeta.

9. Llamada del caos-Spacegodzilla establece su fortaleza en Berlín, Alemania, empezando a llamar a todos los Kaiju diciendo que ya no deben tener miedo a esconderse de la humanidad que los discrimina, pronto montándose un éxodo en masa. Pese a hacerle frente, mostrando Rodan y Anguirus su nueva habilidad, la energía de uranio y platino, respectivamente, obtenida por los cristales, el continuo debilitamiento de Godzilla complica las cosas, como la presencia de los potenciados Battra, Dagahra y Biollante que los obligan a retroceder y planear un mejor plan.

10.Enemigo interno-Infiltrados en Monarca al sospechar la despreocupación de Mark respecto a la plaga, el equipo Goji no solo descubre que la organización planea hacer armas con el poder de los cristales, sino que Mark es Spacegodzilla, al haber amoldado su cuerpo a la imagen de Godzilla, además de ser el responsable de la lluvia y el querer atraer a los Kaiju para destruirlos, debilitándose Godzilla al punto del colapso, siendo por esto capturados, aunque logran escapar gracias a la inesperada reaparición de Kumonga y Kamacuras.

11.Renacimiento-Siendo bajos sus signos vitales al descubrir los efectos secundarios del Destructor, tanto en la acción como cerca, Serizawa decide sacrificarse detonando una bomba nuclear antigua para darle nuevas fuerzas al que fue un hijo para él. Revitalizado al extremo, como decidido a honrar la memoria de su padrastro y mentor, ahora con una apariencia similar al magma, Godzilla confronta primero a Destoroyah, encargándose los demás de destruir los cristales que quedan, como en aislar a Spacegodzilla en Tokio.

12.Batalla decisiva-Acabado Destoroyah, acompañado de Mothra, Godzilla enfrenta una vez más a Spacegodzilla o Mark, con Battra como su segundo al mando, aún con dudas respecto a sus intenciones, siendo una batalla dura como más pareja, descubriendo el equipo que los cuarteles de Monarca guardan su fuente poder, no siendo fácil llegar hasta ella por la presencia de Biollante. En medio de la batalla, la energía que ha recibido Godzilla es tanta que tiene peligro de explotar peor que una bomba atómica.

13.El verdadero rey-Tras una dura batalla, sacrificándose un arrepentido Battra al darle su energía a su hermana y Godzilla tras vencer a Dagahra, que lo estabiliza, el falso rey finalmente es derrotado al explotar su fuente de poder Anguirus y Rodan, como Moguera los cristales de sus hombros, quedando completamente indefenso. Sin embargo, Godzilla decide no acabarlo al ver que no vale la pena, siendo arrestado. Con el falso rey fuera del tablero, Godzilla asume su rol como el verdadero rey Kaiju, reconociéndolo como tal ellos y la gente.