1. Averías peligrosas-Transcurrido un año de la derrota de Spacegodzilla, el equipo Goji ha estado perfeccionando sus habilidades bajo la tutela del Rey Cesar. Tanto Monarca como la GDF ahora están dirigidas por Jet Jaguar y Moguera, además de permitir a los Kaiju ser miembros. Sin embargo, el enorme poder demostrado por parte de Godzilla ha interesado mucho a las naciones del mundo, creando la ONU a Mechagodzilla para su desagrado, viéndose obligado a pelear con él cuando se sale de control en su presentación.

2. Demostración interrumpida-Siguiendo sin gustarle al equipo la idea del clon robótico, Mechagodzilla finalmente ha sido reparado, estando listo para la acción. Ofreciéndose Anguirus como voluntario para una batalla demostración con el androide, el mecha vuelve a descontrolarse, descubriéndose que en realidad está siendo controlado telepáticamente por alguien a una distancia segura, resguardando su enlace neuronal tres mercenarios contratados, Gezora, Ganimes y Kamoebas.

3. Los Guardianes Yamato-La maldad del controlador del mecha ha hecho que tres guerreros antiguos empiecen a despertar por el gran peligro; los Guardianes Yamato; en Camboya despierta Manda, representante del agua, en Laos aparece Baragon, representante del fuego, y en Vietnam surge Varan, representante del aire. Sin embargo, igualmente son de orgullosos, no queriendo colaborar con el equipo Goji, hasta que descubren cierta característica de Godzilla.

4. Visita no deseada-Mecha Godzilla continua desaparecido. Por su gran tatuaje en la espalda, los Yamato creen que Gojira es la reencarnación de Ryūjin, el dios del mar japonés, siendo algo que Mothra y Cesar también intuían, creyendo él que solo es pura coincidencia. De repente, varios Kaijus, incluidos conocidos suyos, desaparecen sin explicación aparente, coincidiendo con la llegada del misterioso Monster X, líder de una raza extraterrestre, que hace presencia en la ONU, junto a los ataques de dos abominaciones genéticas, Gaira y Sanda.

5. Intenciones dudosas-X afirma que viene en son de paz, y que solo desea establecer relaciones diplomáticas pacíficamente con la tierra, ofreciendo su ayuda con las desapariciones a cambio que les den asilo tras la destrucción de su planeta. Suponiendo que dicha raza tiene algo que ver con lo que sucede, haciéndole frente a Orga, un ser con la habilidad de absorber las habilidades de su oponente, en la investigación, las cosas toman un giro inesperado al descubrir que varios Kaijus atacaron a gente sin razón.

6. Descontrol-Sabiendo que los Kaijus solo atacan al ser provocados, el equipo Goji se dirige a Seatopia para interrogar a uno de los viejos enemigos de los Yamato, Megalon, poniéndose en marcha una de las últimas creaciones de Serizawa; el gran vehículo de batalla, Atragon. Una vez allí, el monarca rebela que no sabe nada de lo que pasa, volviéndose igualmente loco atacando al grupo con sus tropas, apareciendo Megaguirus para ayudar al no desear que los últimos de su especie desaparezcan.

7. Invento del mal-Descubriendo al analizar la sangre de Megalon que un compuesto externo está enloqueciendo a los Kaiju, ahora deben averiguar cómo se contagian, viéndose obligados a encerrar a Cesar tras infectarse. Coincidentemente, resguardado por Kamoebas, Gezora y Ganimes, Mecha Godzilla vuelve a hacer acto de presencia en Yokohama. Rastreando esta vez de donde viene su control mental gracias a los Yamato, hacen un horrible descubrimiento; Mechagodzilla fue construido en base a los restos de King Ghidorah, además de estar manejándolo Ren Serizawa, el hermano rebelde y obstinado de Ishiro.

8. Venganza cristalina parte 1-Con Mechagodzilla destruido, se presenta un nuevo problema. Los cristales reaparecen ahora por la abertura de otra dimensión, encerrando pronto al equipo Goji, excepto a Godzilla, Mothra y los Yamato, que rápidamente en Seattle hacen frente a Obsidius, un ser de lava creado por la energía de los cristales en un volcán cercano. Sin imaginarlo, Biollante se presenta en su ayuda, al estar cansada de solo ser la clon de Godzilla.

9. Venganza cristalina parte 2-La fuente de la nueva plaga de cristales encerrada dentro de un capullo está en Nueva York, una de las ciudades más afectadas. Confiando por ahora en Biollante, y con los demás liberados, emerge del capullo Krystalak, otro ser surgido de los cristales, una enemiga siniestra con muchos trucos astutos y sucios de sobra. Sin saberlo, han caído en la trampa de Spacegodzilla, que ha usado la lluvia para escapar y vengarse de Godzilla.

10.Experimentación sádica-Encerrado en otra dimensión Spacegodzilla, la GDF y Monarca descubren que los cristales tienen un compuesto que enloquece a los Kaiju, dando por cerrado el caso al pensarse que con la derrota del falso rey no habrá más desaparecidos ni infectados. Sabiendo que se equivocan, logran seguir a Orga hasta unas instalaciones ocultas en el subsuelo, descubriendo que X está haciendo experimentos con los Kaiju para que los xilianos adopten su forma y habilidades, solo consiguiéndolo al estar su estado alterado.

11.Bajo control-Teniendo control X de Godzilla, Anguirus, Rodan, Megaguirus y Biollante al haberles disparado dardos especiales con el compuesto, lo que hicieron con los demás, Mothra y los Yamato deben hacerlos regresar a la razón antes que ellos también caigan en las garras de X, derrotando a Orga en el proceso tras hacerle creer que los absorberá, llegando Megalon y sus tropas como refuerzos, respaldados por los Kasai de África, al darse cuenta que su odio hacia la superficie no tenía sentido, venciendo a Kamoebas, Ganimes y Gezora.

12.Identidad demoniaca-Ganando la batalla contra X y Des un Godzilla con conciencia retomada, ayudando los Kaijus liberados a contrarrestar a los xilianos, un ser relacionado a Gigan, Gigan Rex y Mechagodzilla inesperadamente reaparecen, complicando la batalla al rey. No habiendo otra alternativa, Mothra sacrifica su vida para destruir a Rex, causando un corto circuito en el cyborg el equipo que fríe el cerebro de Ren, destruyendo también a Gaira y Sanda. Viéndose acorralado, X rebela sus verdadera forma.

13.Las últimas energías-Deprimido por la muerte de Mothra, siendo apaleado sin descanso por Kaiser al no querer ni tener fuerzas para seguir peleando, al ver que no podrán vencerlo ni todos juntos, los Yamato deciden darle su energía a Godzilla así ellos se destruyan en el proceso. Recargado, recordando a sus amigos y seres queridos, el rey de los Kaiju finalmente destruye al embustero espacial al expulsarlo a la atmósfera directo al sol.