1. Las cosas cambian-Pasado un año de la llamada Crisis de los Kaiju, Godzilla se ah enfocado más en entrenar junto a Anguirus y Biollante, aun visitando el lugar de Mothra petrificada. Rodan ah desarrollado una relación con Megaguirus tras conocerse mejor el año anterior. La GDF y Monarca se han disuelto al vivir los Kaiju en paz y armonía con los humanos. Listo para probar el resultado de su entrenamiento, una nueva abominación surgida de los restos de Gaira y Sanda nombrada Frankenstein aparece para devorar seres vivos.

2. Trabajo de arqueología-Mientras tanto en Indonesia, la pareja de investigadores Zilla y Titanosaurus ha estado rastreando e investigando las ruinas de una civilización desconocida. La exploración va bien hasta que son atacados por otra pareja, los llamados Muto, intentando robar su trabajo por órdenes de una figura no identificada. A su vez, el mundo se ah cubierto de una atmosfera roja.

3. Superior a las pesadillas-Teniendo Godzilla pesadillas recurrentes sobre lo que paso con Mothra, pronto afectando a los demás con lo que más temen, Caesar sospecha que es obra de su viejo enemigo Gabara. Al ser dañado únicamente en sueños, el equipo Goji deberá aprender a manejar sus habilidades dormidos, presentándose la luz de esperanza en las figuras de Mothra, en una nueva apariencia, junto a los fantasmas de los Yamato.

4. Destrucción anunciada-Explicando Mothra que regreso por ser el fin de su etapa de larva, ahora debe cumplir la promesa que le hizo a Battra; el detener un horror inmenso que viene del espacio exterior, el planeta viviente Gorath, que quiere devorar la tierra, encaminándose a una batalla en el espacio exterior por el Atragon y por los asteroides, siendo un rival realmente terrible por sus habilidades psíquicas.

5. Encuentro inesperado-Debiendo encontrar la manera de destruir o desviar al planeta errante, los caminos del equipo Goji con Zilla y Titanosaurus chocan por primera vez al coincidir en ruinas que tienen energía muy similar a Gorath, combatiendo al despiadado Gryphon, un ser compuesto de materia viviente del planeta. Al observar pinturas rupestres que lo representan en forma profética, Godzilla finalmente entiende su rol como guardián de la tierra y encarnación de Ryūjin.

6. Caído del cielo-Enterándose de lo que está pasando, Kumonga, Kamacuras, Gorosaurus, Jet Jaguar, Megalon y Moguera se ofrecen a ayudar, desarrollando diversas ideas para contrarrestar a Gorath. Fuera de la tierra, satélites en órbita desaparecen sin explicación, pronto pasando lo mismo con minerales en el planeta, siendo obra de Dogora, un extraterrestre tóxico imposible de tocar.

7. Regreso infernal-Concluyendo que lo mejor será desviar a Gorath, Godzilla alista su plan B secreto. Buscando lo que conecta al planeta errante con el suyo, se da un nuevo enfrentamiento con los Muto, rebelados como sobrevivientes del Bambú Rojo, acompañados de Frankenstein y Dogora, rebelándose finalmente la identidad de su líder, una figura que nadie quería que regresara; King Ghidorah ahora como un mecha, acompañado de su hermana Desghidorah.

8. Viaje al centro de la tierra parte 1-Adentrándose al centro de la tierra en busca de Ghidorah, preocupados por que Gorath llegue más rápido de lo previsto, se descubre todo un nuevo ecosistema tanto fascinante como peligroso que nunca pensaron, descubriendo el origen de los Kaiju como tal al ser mayoría encarnación de grandes bestias o dioses mitológicos que perecieron en una gran guerra contra un ser poderoso y muy oscuro.

9. Viaje al centro de la tierra parte 2-Desatada una nueva batalla en el templo del lugar, se consigue dar fin a los Muto, Dogora y Frankenstein, complicando la pelea las nuevas habilidades de Ghidorah como androide, junto a la fiereza y sadismo que exhibe Desghidorah, apareciendo Gryphon para ayudar al no ser realmente una figura mala, rebelándose sus intenciones; despertar al peligroso como guerrero antiguo, ahora con las células de Godzilla y Ghidorah juntas, para usarlos a sus fines, Bagan.

10.Juego terminado parte 1-Liberado de su confinamiento, Bagan destruye a Ghidorah y Desghidorah, procediendo a luchar contra todo el que este en su camino sin importar si es amigo o enemigo. En el espacio exterior, Gorath cada vez esta más cerca de la tierra.

11.Juego terminado parte 2-Viendo que la debilidad de Bagan es su propio amuleto, logran arrebatárselo tras un duro combate, siendo nuevamente encerrado. Improvisando el plan de desviar a Gorath al tocar las placas tectónicas de la tierra para mover el planeta, funciona gracias a la intervención de último minuto de Godzilla y Mothra cargados de mucha energía de todo tipo, consiguiendo desviar y destruir al planeta errante, solo para liberar accidentalmente al oscuro ser que se hallaba dentro suyo como planeaba originalmente Ghidorah; el dios malvado Orochi.

12.Guerra final parte 1-En la superficie, Godzilla tiene su mayor batalla hasta el momento con Orochi, el rival más fuerte y poderoso que ha tenido en toda su vida. Ni siquiera la ayuda de Mothra equilibra la balanza a su favor de alguna forma. Orochi explica que hace siglos Ryūjin lo derroto y encerró en el espacio tras una colosal batalla, sacrificándose para ello. Para empeorar las cosas, producto de la presencia del dios maligno, acompañado de Krystalak y Obsidius, Spacegodzilla una vez más se ha liberado, buscando su venganza definitiva contra el rey y el equipo.

13.Guerra final parte 2-Sabiendo que Godzilla no podrá detener a Orochi en su estado base, el equipo drena la energía del Atragon hacia él para sobrecargarlo y darles energías extra, destruyéndose en el proceso. Cansados de los maltratos de Space Godzilla, Krystalak y Obsidius se rebelan, ayudando en la destrucción definitiva del engendro de cristal. El experimento funciona, surgiendo así la forma más poderosa de Godzilla; Super Godzilla.

14.Guerra final parte 3-Equilibrando la pelea su estado de Super Godzilla, pese a aun ser un rival poderoso, Orochi finalmente es destruido al lanzarle un ataque combinado de toda la energía dada de los Kaiju. Al regresar a su estado original, sabiendo su función, Godzilla se retira a vivir con Mothra, Caesar y los Yamato al mundo de los dioses, prometiendo regresar si la tierra se ve amenazada nuevamente, despidiéndose de sus amistades. Antes de dejar la tierra, el rey de los Kaiju suelta un último rugido, respondido por sus amigos, conocidos y demás Kaijus alrededor del mundo al escucharse en toda la Tierra.