Năm 1209 triều đình xảy ra binh biến Thái tử Sảm ( Huệ Tông ) phải chạy đến Hải Ấp. Tại đây, Huệ Tông đã được ông chủ thuyền cá Trần  Lý che chở . Hoàng Thái  Tử nhìn thấy Trần thị Dung lần đầu tiên liền đem lòng yêu mến biết ý nên cha bà đã gả bà cho Thái tử, nhờ đó Trần Lý được trao cho tước "Minh tự" năm đó Huệ Tông 16 tuổi.

Nhưng cuộc hôn nhân này không được vua cha là Lý Cao Tông chấp thuận. Tháng 3 năm 1210, Lý Cao Tông đã sai quan thượng phẩm phụng ngự là Đỗ Quảng đến Hải Ấp đón Huệ Tông về cung, còn Trần Thị Dung thì bắt phải trở về với cha mẹ đẻ.

Mấy tháng sau, Lý Cao Tông mất, Lý Huệ Tông lên nối ngôi và công việc đầu tiên của nhà vua trẻ tuổi này là cho người đi đón Trần Thị Dung. Gia đình Trần Thị Dung lấy cớ giặc giã chưa yên nên chưa cho đón.

Sau nhiều lần bị ngăn trở cuối cùng Trần Thị Dung cũng đến được với Lý Huệ Tông. Song cũng kể từ đó, bà luôn bị Đàm thái hậu tìm cách bức hại. Sách Đại Việt sử kí toàn thư (bản kỉ, quyển 4, tờ 29 a-b) chép rằng:

“Mùa xuân (năm Bính Tí, 1216) sách phong ngự nữ (chỉ bà Trần Thị Dung) làm phu nhân Thuận Trinh. Thái hậu cho Trần Tự Khánh (anh Trần Thị Dung) là kẻ phản trắc, thường chỉ phu nhân mà nói là bè đảng của giặc, bảo vua bỏ và đuổi đi. Thái hậu lại sai người nói với phu nhân rằng phải tự sát. Vua biết bèn ngăn lại. Thái hậu bỏ thuốc độc vào đồ ăn thức uống của Phu nhân, nên mỗi bữa ăn, vua chia cho phu nhân một nửa số đồ ăn thức uống của mình, và không lúc nào cho xa rời. Thái hậu lại sai người cầm chén thuốc độc đến bắt phu nhân phải uống mà chết, vua lại ngăn không cho. Đêm ấy, vua cùng với phu nhân lẻn đến chỗ quân của Tự Khánh”

Khi thấy Trần Thị Dung đau đớn, mệt mỏi, lại luôn bị Thái hậu dày vò, vua Lý Huệ Tông cảm thấy xót xa. Nhà vua vẫn rất yêu bà, nên bất chấp mọi thị phi, vào mùa xuân năm 1216, vua lại sắc phong cho bà làm Thuận Trinh phu nhân. Mùa hè năm đó Trần Thị Dung sinh hạ Thuận Thiên công chúa và cuối năm đó thì được sách phong làm hoàng hậu. Trần Thị sinh được 2 người con gái là Lý Phật Kim và Lý Oanh.

Rồi dần dần, quyền lực triều chính rơi vào tay họ ngoại - "nhà Trần". Con cháu họ Trần thừa cơ hội lọt vào triều đình cung cấm, nắm những chức vụ trọng yếu.

Không lâu sau Huệ Tông bị điên không quản được chính sự , mọi công việc trong triều đều do Hoàng hậu và Thái Uý Trần Thừa , Điện tiền chỉ huy sứ Trần Thủ Độ quản lý.

Đến tháng 10 , Công chúa Chiêu Thánh Lý Phật Kim được phong làm Hoàng Thái nữ rồi lên kế vị . Huệ Tông trở thành Thái Thượng hoàng , rồi cạo đầu đi tu ở chùa Chân Giáo trong nội cung lúc ông mới khoảng 30 tuổi .

Chiêu Hoàng còn nhỏ đã làm hoàng đế, Trần Thủ Độ đưa Trần Cảnh vào cung hậu hạ. Trần Thị đã cùng với Thủ Độ  sắp đặt để Chieu Hoàng buộc phải nhường ngôi. Ngày 11/12 năm Ất Dậu (1225), Vua bà Chiêu Hoàng (con gái Vua Lý Huệ Tông và Trần Thị Dung) trút bỏ áo ngự, mời Trần Cảnh lên ngôi Hoàng đế... và phong Trần Thủ Độ làm Quốc thượng phụ, coi việc thiên hạ. Trần Thị Dung bị giáng làm Thiên Cực công chúa . Không lâu sau đó bà gả cho Trần Thủ Độ .

Về phần Huệ Tông từ lúc ông phát điên đến khi thắt cổ tự tử mà chết dường như chưa từng có sự xuất hiện của hoàng hậu Trần thị. Hai người tưởng như đã ân đoạn nghĩa tuyệt, không bao giờ gặp lại . Liệu người con gái ấy có từng thật lòng yêu trẫm dù chỉ một chút thôi không? Có lẽ là không trong câu chuyện này chỉ có mình ông đơn phương một phía thôi , chắc hẳn nàng ấy đã mong thoát khỏi kẻ ốm yếu , điên dại như ông lâu lắm rồi . Ván cờ này người nào yêu nhiều người ấy thua và ông đã thua rồi, thua triệt để không còn lại gì . Cả đời ông chỉ lập thê tử một lần nhưng nhận lại được gì  ngoài là người đời chê trách , là đất nước đổi chủ , là người mà mình yêu nhất lại đang đứng cùng phía với kẻ thù chỉa mũi kiếm vào ông vào cơ đồ trăm năm nhà họ Lý thử hỏi còn gì đau lòng hơn.

Sau khi em gái Lý Chiêu Hoàng trở thành Hoàng hậu  (năm Chiêu Hoàng mới 15 tuổi đã mang thai nhưng lại chết yểu )cộng với sức khỏe yếu ớt, dễ bị bệnh một thời gian nên khó mang thai .Một lần nữa,chỉ vì hai chữ "quyền lực" mà Linh Từ Quốc mẫu Trần Thị Dung đã cùng với người chồng mới của mình là Thái sư Trần Thủ Độ nhẫn tâm sắp bày một chuyện trái với lẽ thường, làm cho mối quan hệ giữa chị em Công chúa Thuận Thiên đổ vỡ. Đó là ép Trần Cảnh phế truất ngôi vị Hoàng hậu của Lý Chiêu Hoàng với lý do là không sinh được con và bắt chị vợ, đồng thời cũng là chị dâu - Công chúa Thuận Thiên lúc này đang mang thai 3 tháng con của Trần Liễu về thay thế để sinh con nối dõi cho mình. Một người con gái nữa của Vua Huệ Tông và bà Linh Từ lại rơi vào bi kịch mờ mịt không lối thoát.

Cha Huệ Tông cả đời ốm yếu, điên dại rồi bị bức chết. Đến cả hai người con gái của ông cũng đều trở thành những con cờ chính trị, số phận bị người khác chi phối . Trong cuộc chiến tranh giành quyền lực này có ai mà không khổ.