Thần thoại Việt Nam được chia ra làm 5 nhóm chính:
1. Nguồn gốc vũ trụ và các hiện tượng tự nhiên
2. Nguồn gốc muôn loài
3. Nguồn gốc con người và dân tộc Việt Nam
4. Anh hùng thời khuyết sử, các anh hùng văn hóa, tổ sư các nghề
5. Biến tướng từ phật thoại, tiên thoại, truyện cổ tích, truyện ngụ ngôn, truyện cười

Bản sưu tầm này tổng hợp thần thoại Việt Nam theo hệ thống (mục lục) sau:

Phần 1: Nguồn gốc vũ trụ và các hiện tượng tự nhiên
Chương 1: Vũ trụ
Chương 2: Ông Trời
Chương 3: Các vị thần

(Phụ chương) Chương 4: Yêu ma quỷ quái

Phần 2: Nguồn gốc muôn loài
Chương 5: Sự tích muôn loài

Phần 3: Nguồn gốc con người và dân tộc Việt Nam
Chương 6: Nguồn gốc con người
Chương 7: Họ Hồng Bàng và thời Hùng Vương

Phần 4: Anh hùng thời khuyết sử, các anh hùng văn hóa, tổ sư các nghề
Chương 8: Những anh hùng thời khuyết sử
Chương 9: Các anh hùng văn hóa
Chương 10: Tổ sư các ngành nghề

Phần 5: Một số tác phẩm mang yếu tố thần thoại hoặc dấu ấn của xã hội nguyên thủy
Chương 11: Một số Phật thoại và tiên thoại
Chương 12 : Một số truyện cổ tích, truyện ngụ ngôn, truyện cười
Chương 13: Một số thần thoại khác (dị bản của truyền thuyết nước ngoài)