Liu Kang và Kung Lao tới học viện Wushi thì đã quá muộn, các sư thầy đã bị giết hại vô số. Có một điều kì lạ rằng các bẫy vẫn đang hoạt động bình thường. Vào trong, họ gặp Scorpion quá khứ cố truy sát hai người. Mặc dù họ đã hạ được Scorpion nhưng hắn đã chạy đi mất, bỏ lại họ bị nhốt trong lồng cơ quan và suýt bị chết ngạt trong khói độc. 

Nhưng may sao Kronika do thấy Revenant Liu Kang và Kung Lao vẫn còn dùng rất tốt và bà không muốn chúng quay ra cắn nên bà quyết định tha cho Liu Kang và Kung Lao quá khứ. Bên phía họ thì vẫn chưa hiểu lý do tại sao mình được tha chết.

Sau đó, Scorpion Revenant quay lại cùng Jade Revenant. Nhưng chúng đã ngay lập tức bị đánh bại rồi phải vội vàng chuồn mất.

Trong lúc đó, Raiden dịch chuyển đến thiên đàng để hỏi ý kiến các cổ thần. Các cổ thần đã chết được đưa tới từ quá khứ còn Cetrion vẫn là bản thể ở hiện tại. Cổ thần thiên nhiên giấu nhẹm về thân thế của mình và vẫn đưa lời khuyên như bình thường.

- Các cổ thần, tôi cần lời khuyên của các ngài. Các cõi đang lâm vào khủng hoảng - Raiden nói

Các cổ thần bắt đầu nói:

- Cơn khủng hoảng này đúng là rất đáng lo ngại, Raiden. Mọi sinh vật sống sẽ bị xoá sổ trong trận chiến giữa thiện và ác cuối cùng này. Ngay cả sức mạnh của cổ thần như bọn ta cũng càng lúc bị suy yếu đi

- Tôi sẽ chiến đấu thưa Cetrion. Nhưng bằng cách nào?

Cetrion mặc dù răm rắp nghe theo lệnh mẹ nhưng cô cũng không nỡ tước đi mọi hy vọng được sống của "đứa con" do cô tạo tác. Sau cùng, cô quyết định sẽ cho Raiden một cơ hội, một cơ hội để thần sấm và "nửa kia của mình" chạm đến nguyện vọng trước kia của Kronika.

- Ngươi phải tìm ra nơi trú ngụ của Kronika và chiếm quyền kiểm soát chiếc đồ hồ cát của bà ta. Chỉ khi đó dòng thời gian mới được phục hồi

Lời khuyên rất rõ ràng nhưng làm sao để thực hiện được nó thì cô không thể nói. Phải đứng ở giữa khiến cho Cetrion rất khó xử.

- Tôi sẽ cố gắng - Nói xong, Raiden cúi đầu buồn bã, có gì đó đang đè nặng trong lòng ngài

Thấy thế Cetrion liền hỏi:

- Nói ra nỗi lòng của ngươi đi Raiden

- Kể từ khi dòng thời gian dung hợp, tôi đã biết về tương lai của mình. Rằng các nhà vô địch của tôi bị sa ngã, tôi thì trở thành một tên độc tài...Nếu Kronika bị đánh bại, liệu tôi có tiếp tục bị trói buộc vào kết cục đau thương này?

- Việc phục hồi lại dòng thời gian sẽ không gượng ép số phận của ai cả. Ngươi vẫn có thể dựng lại vận mệnh của chính mình

Raiden hít một hơi sâu rồi lại trở nên phấn chấn. Ngài chỉ muốn cứu lấy mọi người và ngài sẽ hy sinh tất cả để đạt được điều đó, kể cả bản thân.

Phía Liu Kang và Kung Lao quá khứ, họ đã vào trong hang rồng. Ở đó Geras đang thu thập những lọ năng lượng Jinsei. Họ định lao vào ngăn chặn tên đó nhưng "tương lai của họ" đã đến, Revenant Liu Kang và Kung Lao từ từ xuất hiện khiến cho họ bàng hoàng không thôi.

Revenant Liu Kang và Kung Lao liên tục đổ lỗi cho Raiden về cái chết của bản thân khiến cho phiên bản quá khứ của chính họ càng thêm hoang mang. Liu Kang và Kung Lao quá khứ cố suy nghĩ tích cực hết sức có thể nhưng những gì hiện diện trước mắt khiến cả hai dần nghi ngờ về quyết định của bản thân. Liệu nghe theo Raiden có đúng.

Phiên bản trai tráng quá khứ đã chiến thắng phiên bản tương lai nghiệt ngã mặc dù hiện thực đã không thể thay đổi.

Kung Lao tiện tay phi mũ một cái cắt phăng đầu của Geras. Cu cậu cứ tưởng đã xong nên chủ quan. Ai ngờ phần cơ thể bị thương của hắn biến thành cát rồi đầu hắn lại mọc lại như chưa từng có gì xảy ra.

Geras mặc dù bị Liu Kang và Kung Lao quá khứ đánh hội đồng tới tấp nhưng mỗi khi hắn bị đánh bại thì hắn lại hồi phục và trở nên mạnh hơn nên có đánh thắng được hắn cũng chẳng có ý nghĩa gì.

Geras đã chán chơi với họ rồi nên đã ngưng đọng thời gian hai khiến hai người họ đứng im. Sau đó, Kronika đã xuất hiện và nhận đống năng lượng Jinsei từ Geras.

Khi nhìn thấy Liu Kang quá khứ, Kronika dường như nhận ra được điều gì đó nhưng rồi bà chẳng thể biết được sự thật đó là gì.

- Lại một lần nữa, ngươi lại chọn sai định mệnh rồi Liu Kang

Đội quân của Kronika giờ đây đã có sự tham gia của Cyber Lin Kuei, quân của Shao Kahn và Netherrealm. Một lực lượng có sức mạnh hùng hậu nhất lục giới.

Raiden sau đó đã về lại Earthrealm để nói giải pháp cho Liu Kang và Kung Lao quá khứ. Ngài hứa rằng ngài sẽ không để tương lai tăm tối đó bắt được hai cậu học trò.

Lúc này Kuai Liang và Hanzo đã cùng nhau đột nhập nhà máy Cyber Lin Kuei được đem tới từ quá khứ.

Ở đó họ gặp lại Cyrax, Sektor, Noob Saibot và sự xuất hiện bất ngờ của Frost dạng cyber. Hai giáo chủ đã sát cánh bên cạnh đánh bại chúng. Cyrax sau đó được hồi phục trí nhớ và giúp Kuai Liang phá hủy nhà máy.

Sau vụ nổ của nhà máy Cyber Lin Kuei, Geras đã mang xác Cyber Sektor về cho hai Kano nghiên cứu nhằm nhân bản ra thêm nhiều Cyber Lin Kuei nữa.

Bên phía Outworld, vì một phút bất cẩn mà Kotal Kahn bị Shao Kahn bắt. Đề nghị liên minh với tộc Shokan thì vẫn đang giang dở.

Raiden đã rất tuyệt vọng khi không thể tìm ra được hang ổ của Kronika dù ngài đã dùng khả năng dò tìm diện rộng của mình. Ngài quay lại thiên đàng, tìm kiếm một lời khuyên.

Nhưng khi đến nơi, những gì Raiden có thể thấy chỉ là một đống đổ nát, các cổ thần thì đã tan biến. Trong lòng ngài hoảng loạn, mất đi phương hướng.

- Đã...quá trễ rồi sao...

Từ phía sau, một giọng nói nữ vang lên:

- Vì ngươi mà các cổ thần phải chết Raiden à

Raiden bất ngờ khi chỉ còn lại mỗi Cetrion, ngài vẫn chưa biết được bí mật của cổ thần này.

Cetrion lả lướt trên không trung, bay tới đối diện với Raiden, cô nói:

- Việc làm của ngươi đảo lộn trật tự ánh sáng và bóng tối của Kronika. Việc chặt đầu Shinnok là giọt nước tràn ly

Raiden thắc mắc vì sao Cetrion lại tiếc thương cho Shinnok và đổ tất cả tội lỗi lên ngài. Ngài có chút tức giận nói:

- Bà là biểu tượng của đức hạnh. Bà nên mong mọi cái ác biến mất mới phải!

- Ta ủng hộ ý chỉ của mẹ mình...

Raiden lúc này mới vỡ lỡ ra là mình bị lừa.

- Bà là con rối của Kronika?

Cetrion nói tiếp:

-  ...Em trai Shinnok của ta cũng thế. Thứ bóng tối nghịch với ánh sáng của ta. Tự nhiên thì cần có sự cân bằng nhất quán. Cân bằng cũng chính là sự hoàn hảo

Raiden thì sụp đổ hoàn toàn, ngài mất lòng tin hoàn toàn vào các cổ thần nói chung và Cetrion nói riêng. Mặc dù Cetrion tuân theo ý chỉ của mẹ mình nhưng cô vẫn đang âm thầm giúp đỡ Raiden cho đến thời điểm này. Nhưng bây giờ đã chấm hết rồi, cái kết của thần sấm đã điểm bởi Kronika rồi, không ai có thể chống lại.

Cetrion tiến sát lại gần Raiden, cô đặt tay lên vai Raiden. Cô muốn hy vọng vào sứ mệnh của Raiden đã định trước nhưng rồi lại buông lơi. Ánh mắt hy vọng lập tức hoá thành tuyệt vọng. Cô nói tiếp:

- Ngươi đã quá phận công việc của mình, khiến cho cán cân bị phá huỷ. Đó là lý do kỷ nguyên mới không cho phép ngươi tồn tại

Raiden siết chặt nắm đấm của mình, như quyết không để số phận của mình bị áp đặt lần nữa.

- Ngươi sẽ không thành công đâu

Cetrion quyết định cố giúp Raiden thêm lần nữa bằng cách đưa ra một thông tin quan trọng. Xem ra cô vẫn chưa muốn buông "đứa con của định mệnh" này ra. Nhưng cô không muốn lộ liễu để tránh phật ý mẹ mình. Suy cho cùng kẻ nắm giữ thời gian có thể biết được tất cả mọi thứ trong vũ trụ kia mà.

- Kotal Kahn đã bị bắt giữ rồi Raiden. Sự kết hợp giữa Netherrealm và Outworld sẽ cản trở viện binh của ngươi...Trong khi mẹ ta đang cố hoàn thành công việc - Nói xong, Cetrion quay gót từ từ rời đi

- Đừng có đánh giá thấp các chiến binh của Earthrealm

- Ngươi đã làm đúng khi tin có niềm tin vào đám người phàm đó. Bọn họ đều là người tốt

Raiden sau đó rời đi, trở về với Earthrealm, hy vọng cho ngài là không còn nhưng ngài vẫn muốn vùng vẫy.

Cetrion lúc này đang ở một mình quan sát Raiden qua quả cầu ma thuật của mình. Cô nói:

- Quả là đứa trẻ cứng đầu. Mong con sẽ làm được. Hãy cứu lấy mẹ của chúng ta hoặc ít nhất dừng sự điên rồ này lại