1. Dudas reticentes-A un año de lo ocurrido con Clockman, el Equipo Lost Media continúa tratando de encontrar respuestas, habiendo nombrado a las criaturas Lost Media como los llamo Clockman. Pese a llevarse mejor, Media-Tan aún cree que su hermano le está ocultando cosas, sobre todo cuando anuncia que dentro de unos días ira a Japón del Sur por negocios. Ocurriendo una serie de bromas pesadas, los responsables son Mr. Noseybonk, Ratafak Plachta y Helmut Doork, Chuckles el payaso, tres marionetas disidentes de Candle Cove que ya no quieren hacer maldades, pidiendo por eso la protección del equipo al buscarlos The Butcher.

2. Detrás de la máscara-Trope-Tan organiza un evento friki en la tienda con ayuda de sus amigos como de Noseybonk, Chuckles y Plachta. Su organización va bien inicialmente hasta que se ve afectada por la aparición de una espantosa como cruel criatura que controla todo aparato electrónico dentro de un cartucho de Legend of Zelda: Majora Mask, Ben Drowned. Regresando Sly, tanto para asistir como para ayudar, para alegría de la peli azul, Media-Tan intenta indagar más en la tienda de su hermano, no encontrando nada fuera de lo normal por el momento.

3. Dentro de la granja-Pese a la falta de evidencia, el Equipo Lost Media continúa sospechando de Matthew. Sabiendo que sospechan de él, Matthew intenta desviar su atención al rebelarles un caso del que también ha oído hablar al hacerlo pasar como lo que ocultaba; el caso de la Granja Maligna. Adentrándose en ella, encuentran a un granjero que desesperadamente está buscando a su esposa, ayudándolo sin saber que han caído en la trampa homicida de Evil Farming.

4. Mediatown a la medianoche-Siguiéndole, por ahora, el equipo el juego a Matthew, se reportan varios crímenes inspirados en películas de terror antiguas de blanco y negro por una figura inspirada en el antagonista de la película London After Midnight, el Hombre del sombrero de castor. Curiosamente, se presenta un detective que afirma resolverá el caso, empezando a sospechar el Equipo Lost Media que en realidad se tratan de la misma persona por ciertas similitudes.

5. Secreto revelado-Dejándole a cargo la tienda a su hermana y amigos, Matthew parte hacia la tierra del sol naciente. No es hasta qué Camerahead y Cry Baby Lane atacan el lugar en busca de una máquina que analiza energía fantasmal dejada que Media-Tan y los demás se dan cuenta de la habitación secreta, descubriendo que siempre ha sido un cazador sobrenatural que ha estado en busca de capturar a una yokai sigilosa como de dudosa existencia de la que Media-Tan ya había escuchado, soñado y deseo alguna vez descubrir; el caso de la chica que murió al quedar atrapada en un baño junto a sus compañeras, Saki Sanobashi.

6. El futuro en la palma de la mano-Pese a la molestia inicial de Media-Tan, el grupo decide ir a Japón del Sur. Sin embargo, antes de partir, primero deberán darle cara a Quiromancia, un ser venido de Perú con la capacidad de aparentemente leer el destino de las personas por medio de sus manos, que, a pesar de sonar bueno en teoría, se convierte en un caos cuando la gente como el equipo se lo toma literalmente, siendo el modo en que se alimenta el ser.

7. El sonido del tren-Zarpando hacia Japón del Sur tras infiltrarse en un avión comercial, el equipo teoriza como Saki pudo quedarse atrapada en ese baño, no poniéndose de acuerdo. Aterrizando en Japón del Sur, se dirigen hacia Sapporo, la capital de Japón del Norte al haber llegado a Kioto. Dentro de un tren de carga, el pensado viaje tranquilo pronto se transforma en una pesadilla al presentarse en las vías como dentro del tren un ser similar a Slenderman, pero doble y con una actitud mucho más peligrosa, Hitogata, un yokai que odia a los humanos.

8. La niña de las camelias-Muy cerca de Sapporo, apresurando el paso al saber que Hitogata también busca a Saki, en las afueras el equipo choca con un inusual circo de verdaderos fenómenos dirigido por el enano Masamitsu con poderes psíquicos, atrayendo a un montón de público por los mórbidos shows que presenta cada noche. Sin embargo, el espeluznante espectáculo toma otro rumbo cuando se descubre que han estado involucrados en la desaparición de niños desde el siglo XIX, buscando al espíritu de una joven de nombre Midori y su mascota, un ser similar a Doraemon pero más grande llamado Doracat.

9. ¿Soy hermosa?-Agradecida por haberla librado del malvado circo que le arruino la vida, además de darle confianza en sí misma, Midori da más datos sobre Saki, rebelando que desde hace tiempo se cuidan una a la otra al encontrarse desde lo que le ocurrió en un baño, cosa de la que no ha hablado con ella. Guiados por la menor para encontrar a Saki, escucharan sobre desapariciones de alumnos en diversas secundarias, encontrándose con la malvada y temible Kuchisake-Onna con la que Saki ya había tenido un choque al conocer a Midori.

10. Atrapados en el baño-Encontrándose finalmente con Saki, pensando que quieren o han querido hacerle daño a su "hermana menor", el equipo es encerrado en su dimensión espejo en forma de baño, desatándose una batalla psicológica de sobrevivir y hallar una salida en el lugar sin puertas ni ventanas, presentándose justo a tiempo Media-San para ayudar, descubriendo que Saki era la chica del café. En el proceso, entienden más sobre la tragedia que le dio origen, como lo que sufrió al tener ella que acabar con la vida de varias de sus compañeras, como viendo morir a otras.

11. Embuste demoniaco-Arreglándose el mal entendido, aun teniendo mucha tensión Saki con Media-San por la desconfianza que le tiene por ser una yokai, todos deberán dejar sus diferencia a un lado cuando Media-Kun cae en la trampa de Joruri, una espantosa criatura embustera que solo está sacándole dinero y cosas valiosas al joven para su gusto personal al querer saber la verdad de las apariciones en su pueblo, sobre todo por haber sido siempre humillado a base de bromas de seres falsos que solo Media-Tan podrá detener. Media-Tan intenta acercarse a Saki, negándose a hablar con ella y con el grupo, surgiendo sentimientos encontrados en su hermano.

12. Ayuda médium-Alejándose las hermanas del grupo para retomar su misión inicial; encontrar a las médium que en su adolescencia resolvieron varios misterios de su secundaria, Mizuki y Meiko, pudiendo ayudarlas a encontrar a las amigas de Saki y volver a ser humanas. El equipo se ofrece a ayudar pese a la negativa de la yokai y Media-San. El problema radica en que Hitogata, el circo, Joruri y Kuchisake también están en su búsqueda para fines más siniestros; desatar el mundo yokai. Saki finalmente se abre con Media-Tan, contando su infancia, como conoció a sus amigas y como quedaron atrapadas al ser también buscadoras de Lost Media, siendo ella la representante en Japón del Norte. Media-San se da cuenta que Saki no es una amenaza o una mala persona como creía y decían, hablando en privado haciendo las paces y empezando nuevamente.

13. Supremacismo yokai-Debiendo salvar a Mizuki y Meiko antes que abran el mundo yokai, enfrentando finalmente Midori al circo en igualdad de condiciones, como los demás a Kuchisake y Joruri, Hitogata da sus razones para desatar el mundo yokai; hace tiempo era un trabajador de ferrocarril que murió partido en dos al no darle nadie nunca ayuda en toda su vida, considerándose por eso que los yokai son mejores. Terminado el asunto con los Yokais encerrados, las médium afirman que no han podido dar con las compañeras de Saki, y menos tienen la capacidad de volverlas humanas de nuevo. Pese a eso, teniendo nuevos amigos y viendo sus habilidades para el bien, Saki y Midori se unen al equipo al mudarse a Mediatown en buscar las respuestas que aún deben resolver. En su oscura dimensión, una oscura figura afirma que ya es hora de ser liberada para cantar el fin.