1. Fallas biológicas-Transcurrido un año de la derrota de Zod, si bien su relación con Lois es excelente, estando también Kara y Jimmy en una relación formal, y teniendo a Krypto como mascota, Superman ha empezado a sentir miedo de su poder desde que tuvo que matar al general, temiendo que un día se descontrole y haga una locura. Resultado de la última jordana electoral, Lex Luthor se convierte en presidente de los Estados Unidos. Durante un incendio, un segundo Superman se presenta para sorpresa de todos, que pese a empezar bien, pronto su piel se hace grisácea y su apariencia grotesca, además de tener una actitud patanesca, renombrando Lois como bizarro.

2. Energía nuclear-Con su primer intento fallido, aun poseyendo ADN del hombre de acero de su pelea contra Zod, Luthor crea un segundo clon al enviar la sangre dentro de un cohete nuclear al sol, naciendo así Nuclear Man. Pese a ser más estable que el anterior, es mucho más incontrolable para Lex gracias a sus poderes basados en el sol, recibiendo Superman su inesperada ayuda en su traje de batalla. Sabiendo desde tiempo atrás que el empresario tiene muchos trapos sucios, Lois le advierte a Superman que tenga cuidado con él de ahora en adelante.

3. Peleando conmigo mismo-Siendo la tercera la vencida, Luthor finalmente ha creado al clon definitivo con la ayuda de Proyecto Cadmo; su nombrado Superboy. Pese a su gran capacidad destructiva y lealtad a su creador, Superman no quiere dañarlo realmente al recordarle mucho a él en su juventud, sobre todo por su impulsividad, no pensando Kara lo mismo. A su vez, el bloguero y aspirante a periodista Morgan Edge empieza a publicar noticias falsas para desacreditar al hombre de acero en base a lo que hizo Bizarro.

4. Mundo de guerra-Una señal de auxilio proveniente del espacio exterior llega a la tierra. Superman y Kara van a investigar, tratándose en realidad de una trampa hecha por Mongul, el gobernante del planeta Warworld, para usarlos como gladiadores de sus juegos. Para escapar, unen fuerzas con la guerrera y campeona Máxima, a pesar de que sus intenciones son dudosas. Mientras tanto, Lois discute con Morgan sobre sus falsos reportajes contra Superman.

5. El peligroso Mr. Z-Pese a haber aterrizado en la Tierra sin haber dañado a nadie, Morgan continua haciendo ver como que hubo un montón de fallecidos en un pueblo fantasma, pronto volcando al público en contra de Superman, sobre todo gracias a Lex Luthor. Pese a eso, el hombre de acero no se ve intimidado al combatir al peligroso Mr. Z con su habilidad de atrapar almas en su cetro personal al hacerse pasar como un mago de teatro para aumentar su poder.

6. La Élite-Con la gente volcándose cada días más y más hacia él, Superman investiga una serie de ataques raciales causados por un grupo llamado La Élite, liderados por el supremacista blanco Manchester Black, que quiere poner al límite la moral del kriptoniano. Reflexionando como anteriormente Superman lo salvo pese a su descontrol, Superboy empieza a cuestionar su lealtad hacia Lex. Mientras, una monstruosa criatura al azar asesina a cualquiera que se cruce en su camino.

7. Ayuda inesperada-Producto de su destructiva pelea con la Élite y Manchester Black, bajo la excusa perfecta, Luthor finalmente prohíbe cualquier actividad superhumana en el país junto a sus cómplices, apoyándolo Sam Lane ahora como ministro de defensa, convirtiendo a Superman y aliados en fugitivos de la ley perseguidos por el Superman Revenge Squad liderado por un Metallo ahora completamente cyborg al traicionar a la Juguetera. Interceptada la Fortaleza de la Soledad, no pudiendo refugiarse allá, reciben la ayuda de John Henry Irons, un ingeniero de armas inspirado por el hombre de acero que desea ayudar con su traje armadura.

8. Trato con el diablo-Hospedados en el taller subterráneo del ahora Steel, concluyen que Luthor debe ser detenido antes que su megalomanía llegue más lejos. Para ello, planean usar a Silver Banshee para que posea el cuerpo de Mercy Graves y así obtener los códigos para ingresar a la Casa Blanca ahora convertida en fortaleza. Sin embargo, Mr. Mxyzptlk se les adelanto al ofrecerle a Siobhan, su verdadero nombre, retroceder el tiempo para evitar que suceda su tragedia, ahora debiendo convencerla de que el duende en realidad es un embustero.

9. Complicaciones-Con Silver Banshee de su lado, por ahora, el plan se lleva a cabo. Pero, sin intuirlo, descubren que Mercy no puede ser poseída al ser en realidad una androide, complicando las cosas no solo eso, sino el demencial plan de Lex de estar atrayendo un enorme asteroide de kriptonita para desviarlo el mismo y así asegurarse la reelección, entrando la Juguetera a ayudar a regañadientes al no querer que se destruya el mundo por más que odie al kriptoniano.

10. Asalto a la Casa Blanca-Finalmente con los códigos, el grupo asalta la Casa Blanca en busca de detener el asteroide que está muy cerca, enfrentando al Superman Revenge Squad como al ejército personal de Lex compuesto de múltiples Bizarros y Nuclear Mans. Comprendiendo finalmente lo que es ser Superman, Superboy cambia de bando pese a la poca confianza que le tienen, alistando la Juguetera la nave para que Steel desvié el asteroide, dándole fin a Sam al negarse a abandonar sus prejuicios.

11. Cara a cara con Luthor-Cara a cara finalmente con el hombre que le arruinado la vida, Superman y Lex se baten a duelo bajo la energía sola roja instalada en el despacho oval. Pese a que Luthor empieza con gran ventaja, Superman demuestra que si es alguien sin sus poderes al darle una gran paliza con sus habilidades en artes marciales kriptonianas. Con la nave no funcionando, Supergirl decide conducir a Steel al asteroide, salvándose por poco. Sin embargo, el malvado presidente aún tiene un as bajo la manga; su máquina de matar definitiva, Doomsday.

12. La máquina de matar definitiva-La monstruosidad de Lex continua arrasando todo a su paso rumbo a Metrópolis ahora sin nadie que la controle, no pudiendo hacer nada las fuerzas armadas para detenerlo. Ni siquiera la presencia de Supergirl, Krypto y Steel, y menos de Siobhan, logran frenar mínimamente su imparable alboroto al derrotarlos muy fácilmente. Superman llega y los dos luchan por todo Estados Unidos, llegando a la sede de Proyecto Cadmo para encerrarlo en una bóveda indestructible.

13. Un gran sacrificio-Ni siquiera el Proyecto Cadmo ha podido encerrar a Doomsday, llegando finalmente a Metrópolis. En el momento culminante de la lucha frente al Daily Planet, ambos se dan un golpe masivo, matando a Doomsday e hiriendo mortalmente a Superman. En los brazos de Lois, Superman dice que deseaba casarse con ella antes de morir. Todos han sido amargamente testigos de cómo el hombre de acero sacrifico su vida. En el funeral asisten varias personalidades, aunque el cadáver real ha sido enterrado en la Granja Kent. Destituido como presidente, Luthor es juzgado y condenado de por vida en prisión.