1. Reino de los Supermanes-Pasado un año del fallecimiento del hombre de acero, Metrópolis se ah sumido en el más absoluto caos. Pese a sus intentos por mantener el orden, ni la policía ni el ejército ni siquiera la Guardia Nacional han podido estabilizar la situación. Metrópolis ahora es una tierra de nadie dominada por una guerra de bandas entre Intergang, dirigida por Bruno Mannheimm, un retorcido gigante caníbal y adorador de la Religión de la Delincuencia que ha retomado su poder destruido, estando Morgan Edge entre sus filas, Titano y sus simios inteligentes, Manchester Black y su Élite, Parásito con su pandilla de mutantes y su segunda al mando Livewire, y Puzzler con su banda tecnológica. Ante ese escenario, es deber de los llamados Supermanes el detenerlos y estabilizar la ciudad.

2. Un extraño regreso-En medio de una batalla con Titano y su banda, se presenta un suceso inesperado; el regreso de Superman en forma de cyborg. El Cyborg afirma ser Superman renacido con tecnología, afirmándolo Emil Hamilton. Muy pronto obtiene el apoyo de todos gracias a sus actos heroicos como detener una fusión nuclear, salvar al presidente, y ayudar a los Supermanes a exiliar a un resucitado Doomsday en el espacio. Pese a todo eso, los Supermanes aun tienen dudas si realmente se trata de Kal El o Clark resucitado. A lo lejos, una figura observa al equipo.

3. Flashback-Investigando por su lado, Lois, Jimmy y Perry, uniéndose luego Lana, descubren que el nuevo Proyecto STAR, fusión de Proyecto Cadmo y STAR Labs, dirigido por Emil Hamilton, no solo revivieron a Doomsday, sino que pretenden robar el cadáver del kriptoniano para hacer clones combinados con la tecnología remanente de Brainiac. Infiltrándose en su sede compartida, accidentalmente despiertan a uno de esos ejemplares, el llamado Brainiac 5, que, sin embargo, se muestra amable y no destructivo, únicamente más confundido.

4. Restableciendo el orden-Conservando a Brainiac 5, por ahora, al tener desconfianza al respecto por su parentesco obvio, los Supermanes lanzan finalmente una operación masiva que pone fin a las pandillas en Metrópolis, gracias principalmente a la traición de Edge contra Mannheimm por ser el jefe del crimen de la ciudad, ayudándolos nuevamente el Cyborg, notando más diferencias con Superman respecto a la actitud y comportamiento desde su ayuda en Proyecto STAR. Las dudas continúan al respecto sobre el Cyborg.

5. Transferencia caótica-Obsesionado con ser inmortal, el demente científico de Proyecto STAR Delores Thunder, llamándose así mismo Ultra Humanidad, ayudado de sus abominaciones genéticas roba el cadáver de Superman de su tumba original para transferir su mente en él. Lamentablemente su plan funciona, complicando el asunto a los Supermanes al no querer atacar a su compañero caído, pese a no tratarse realmente de él. Lo único bueno del hecho es que finalmente están seguros de que el Cyborg es un impostor, no solo por el verdadero cadáver, sino por traicionarlos al dejarlos a su suerte.

6. Vagando sin rumbo-Sin que casi nadie lo sepa, el alma de Superman está atrapada vagando en una especie de limbo. Consciente de lo que ah pasado y podría estar pasando en la tierra, Kal hace todo lo posible para regresar frente a la persecución de las almas de Zod, Faora y Jax Ur. En agradecimiento por hacerle entender que su vida no se acabó con su tragedia, Silver Banshee lo ayudará por el largo camino que deberá recorrer, también haciendo las paces consigo misma al encontrar a sus compañeras.

7. El juicio-Faltándole muy poco para salir, Superman se reencuentra con su padre adoptivo Jonathan Kent, conociendo también a sus padres y tíos. Echándole la culpa de la destrucción del planeta por su nacimiento, como por no respetar la cultura tradicional kriptoniana, Kal enfrentará al consejo de su planeta que ni muerto escucha razones como sucedió con su padre, sobretodo al estar bajo influencia de Zod, recibiendo una vez más la ayuda de Siobhan junto a sus compañeras. En la Fortaleza de la Soledad, su recuperado cadáver ha sido nuevamente hurtado.

8. Regresando al pasado-Aunque ha regresado a la vida, careciendo de sus habilidades, Superman se haya atrapado en la Europa, más específicamente en Bélgica, de la Segunda Guerra Mundial, enfrentando a una versión más joven como consciente de su derrota en el futuro de Mr. Z en el cargo de un impredecible general nazi. El hombre de acero usará su ingenio, además de ser apoyado por una familia judía refugiada, para obtener su bastón al ser la clave para regresar a su tiempo.

9. Una segunda oportunidad-De vuelta en el presente al ser salvado por el Erradicador, un androide kriptoniano mandado años atrás por su padre como explorador, siendo el responsable de regresarlo a la vida gracias a una máquina experimental de regeneración celular. Aún sin sus habilidades, el androide le da un traje negro que las recrea, aprendiendo a dominarlas ante la amenaza de Lobo al cazar a los Equus que quedan.

10. Alianza mortal-Reencontrándose finalmente con Lois y los demás, sabiendo todo lo que han pasado en su ausencia, en un principio atacándolo al creer que es el Cyborg, la conmovedora reunión tendrá que esperar con la alianza del Cyborg con Mongul y Titano para invadir Metrópolis. El Ciborg ayuda a Mongul a destruir Coast City, empezando en sus ruinas Titano a construir Engine City, una fortaleza que recrea el planeta natal del tirano espacial, Warworld.

11. Asalto a Engine City-Desmoralizados, pero no rendidos, por la destrucción de Coast City, que ha desarrollado un lazo con Lana, los Supermanes ejecutan su trazado plan. Viajan a Engine City, donde el Cyborg lanza un misil a Metrópolis con la intención de destruirla y construir una segunda Engine City en su lugar. Superboy logra detener el misil antes de que golpee la ciudad. Liderando las defensas de la ciudad, Emil Hamilton, rebelado como un aliado del Cyborg, se presenta como Ruina, un meta humano con la habilidad de crear terremotos al ser un firme partidario de que Superman es una amenaza para la humanidad al creer que agotara al sol.

12. Ciudad de la muerte-Tras derribar sus potentes defensas y murallas, los Supermanes ingresan a Engine City y derrotan a Mongul. El Cyborg finalmente rebela su identidad; Hank Henshaw, el capitán de la tripulación que llevo a Titano al espacio, habiendo tejido todo un plan de venganza contra el hombre de acero al culparlo de todos sus problemas, principalmente la muerte de su esposa.

13. Volver para bien-En medio de la batalla entre Superman y el Cyborg, Erradicador protege a Superman del gas kriptonita. El gas mata al androide, pero también evoluciona dentro de él. Pasa a Superman, lo que le permite recuperar sus poderes y derrotar al Cyborg. Con Metrópolis nuevamente bajo control, aún hay mucho que hacer para que recupere su gloria. En su celda, Mannheimm es visitado por una figura de túnica que dice que a su señor le interesaría hacer un intercambio tecnológico a cambio de su lealtad incondicional a su señor.